Иногда при обороне северных конвоев применялись ракеты с самолетов. При возвращении союзного конвоя JW-57 его прикрывал авианосец «Честер». В очень сложных метеорологических условиях бипланы «свордфиш» с открытыми кабинами, в которых летчики замерзали до окостенения, потопили три субмарины. 4 марта 1944 года самолет из 816-й эскадрильи повредил одну из германских лодок; потерявшую способность погружаться, ее добил английский эсминец. На другой день залпы ракет с самолета той же эскадрильи разнесли U-366 обер-лейтенанта Бруно Лангенберга, а 6 марта точно так же погибла U-973 обер-лейтенанта Клауса Пепенмёллера. Все эти лодки принадлежали группе «Хартмут», не одержавшей ни одной победы. Похоже, командиры лодок не имели достаточного опыта…
Движение конвоев не было сколько-нибудь заметно нарушено «волками» ни зимой 1944 года, ни в последнюю зиму войны. С августа 1944 по апрель 1945 года более 250 судов достигли русских портов и только два из них были потоплены.
К концу 1944 года Дениц потерял все 26 подводных лодок, действовавших в северных широтах. Несколько субмарин просто пропали без вести и погибли, очевидно, из-за больших трудностей навигации в ледовых условиях.
В Балтийской зоне немецкие лодки базировались на Киль — главную базу германского флота в Балтийском море, Гдыню, Пиллау, Данциг, Мемель, Хельсинки и на большое количество опорных пунктов на оккупированных территориях Дании и советской Прибалтики. Лодки этой зоны, служившей прежде всего в качестве тыловой, действовали главным образом в Балтийском море и частично в Атлантическом океане.
В июне 1941 года все лодки типа II были отозваны из Атлантики и переведены на Балтику, где использовались в основном для тренировочных целей и реже — против советского балтийского флота. В первые месяцы войны против Советского Союза немецкие субмарины действовали на Балтике в составе военно-морского флота. За это время Дениц потерял здесь три «волка». 9 августа 1941 года U-144 капитан-лейтенанта Герта фон Миттельштедта была потоплена в Финском заливе советской субмариной Щ-307, или «Треской», под командованием капитан-лейтенанта Николая Петрова. Весь экипаж немецкой подлодки — 27 человек — погиб. Таким образом «Треска» отомстила немцам за лодку М-78 старшего лейтенанта Дмитрия Шевченко, потопленную Миттельштедтом 23 июня.
Две другие немецкие лодки — U-580 и U-583 — погибли в ноябре 1941 года из-за аварий. «Семерка» U-580 обер-лейтенанта Ханса-Гюнтера Кульмана погибла 11 ноября в районе Мемеля во время учебных стрельб, когда столкнулась с кораблем-мишенью «Альтенберг». При этом утонули 12 человек. Вторая субмарина, U-583 капитан-лейтенанта Хайнриха Рача, вечером 15 ноября в районе Данцига столкнулась с U-153 корветен-капитана Рейхмана. На этот раз погиб весь экипаж U-583.
В конце 1941 года германский подводный флот практически прекратил боевые действия в восточной части Балтики вплоть до весны 1944 года.
На Балтийском море для своих жизненно важных перевозок Германия имела две основные трассы, обе протяженностью порядка 900 миль. Одна связывала Германию со шведскими портами, вторая тянулась к Финляндии.
Неблагоприятное развитие событий в первые месяцы после вторжения Германии в СССР заставило Краснознаменный Балтийский флот перебазироваться в восточную часть Финского залива.
И тем не менее удары по коммуникациям причиняли немцам сильное беспокойство, иногда вызывая перебои в снабжении дивизий, действовавших у Ленинграда. Эхо взрывов на Балтике докатывалось до Берлина, откуда требовали: «Намертво запечатать красный флот в Финском заливе!»
В конце 1941 года в ставке Гитлера было принято решение создать такой противолодочный рубеж, который бы начисто перекрыл советским морякам выход в Балтику. Были выставлены системы заграждений «Зееигель» — более 5700 мин, «Рукаярви», а также «Насхорн», «Онтаярви», «Норппе» и другие. Более 12 000 мин находились в воде, а расстояние между ними в иных местах не превышало 20 метров.
Однако фарватеры Балтики едва ли стали спокойнее для немцев. Несмотря на смертельный риск советские подводники выходили в море. Нескольким «щукам» удавалось форсировать нашпигованный минами Финский залив, напоминавший суп со смертельными клецками, расположенными под водой в несколько ярусов, и проникать из Кронштадта в Балтийское море. Когда же лодки всплывали, чтобы зарядить аккумуляторные батареи, они подвергались либо артиллерийскому обстрелу с берега, либо налетам вражеской авиации, либо атакам противолодочных кораблей. Как все это происходило, подробно описывает в своих мемуарах командир Щ-303 Герой Советского Союза капитан 3 ранга Иван Травкин, мастер «бесперископных атак»:
