В новых советско-германских переговорах мог быть поставлен вопрос и о Коминтерне. Характерно, что в заявлении германского правительства о начале войны против СССР 22 июня 1941 года утверждалось: «Вскоре после заключения германо-русских договоров возобновил свою подрывную деятельность против Германии Коминтерн с участием официальных советских представителей, оказывающих ему поддержку».
По свидетельству Димитрова, присутствовавшего на заседании Политбюро ЦК ВКП(б) 21 мая 1943 года, Сталин сказал: «Мы переоценили свои силы, когда создавали Коммунистический интернационал, и думали, что сможем руководить движением во всех странах. Это была наша ошибка. Дальнейшее существование Коминтерна — это будет дискредитация идей Интернационала, чего мы не хотим».
В тот же день Политбюро приняло постановление о роспуске Коминтерна, которое в виде постановления Президиума ИККИ было опубликовано в «Правде» 22 мая 1943 года.
Функции отделов Коминтерна были поделены между отдельными советскими ведомствами и иностранными компартиями. Телеграфное агентство «Супресс» и другие пропагандистские органы были переданы во вновь созданный Отдел международной информации ЦК ВКП(б). На базе Отдела печати и радиовещания ИККИ был создан НИИ-205. (Сразу после окончания Второй мировой войны уехали на родину 140 иностранцев — сотрудников НИИ-205 — хорошо подготовленных в профессиональном отношении членов зарубежных компартий).
Служба связи была передана в ведение советской разведки. Первый отдел ИККИ был преобразован в НИИ-100. Его директором стал И. Морозов, бывший начальник Первого отдела, сотрудник НКВД. В задачи НИИ-100 входило: осуществление специальных курьерских связей с компартиями, подготовка документов для нелегалов, отправляемых за границу или в фашистский тыл, отправка «специальных грузов» (оружия, боеприпасов, медикаментов, литературы, шрифтов, матриц, кино— и радиоимущества) для ЦК зарубежных компартий, обеспечение руководства радиосвязью с этими компартиями, техническое снабжение радиоточек и подготовка кадров радистов.
В состав НИИ-100 входили оперативный и технический отделы, радиопередающий и радиоприемный центры в Щелкове и Подольске, радиотехническая лаборатория, спецшкола в Пушкино, готовящая радиооператоров для засылки в оккупированные и воюющие на стороне фашистской Германии страны.
НИИ-100 также занимался работой по подготовке и заброске в тыл противника партийных работников — политэмигрантов; по оказанию помощи партизанскому движению в соседних с СССР странах; по перестройке нелегального аппарата применительно к условиям послевоенного времени.
С окончанием Великой отечественной войны функции к задачи «наследников ИККИ» изменились, соответственно изменилась и их ведомственная принадлежность.
