Мое отрицательное отношение к рельсовой войне сделало Пономаренко моим врагом. Он настроил против меня начальника главного управления кадров генерала Ф.М. Голикова. Надо заметить, что до начала рельсовой войны Пономаренко всячески старался приблизить меня к себе, вплоть до того, что взял к себе в помощники по диверсиям и одновременно назначил начальником технического отдела ЦШПД, сохранив при этом за мной должность начальника Высшей оперативной школы особого назначения, — генеральская должность.
В результате чехарды со штабами партизанского движения я в мае 1943 года стал заместителем начальника Украинского ШПД по диверсиям под руководством Т.А. Строкача.
В начале мая в Москве я встретился с Пономаренко. Мы беседовали о том, как отрезать вражеские войска от источников снабжения и он предложил осуществить это путем подрыва 800 000 рельсов за месяц. Я же остался верен своему мнению, что это можно сделать только крушением поездов. Он хотел, чтобы я принял участие в разработке операции "рельсовая война", Мои возражения не стал выслушивать и мы холодно расстались. Больше я с ним не встречался. В своей книге о партизанской борьбе он обо мне не пишет ни слова. Более того, его отрицательное отношение ко мне нашло отражение в отчете центрального штаба, где моя работа оценивается негативно. Кроме того пропало много документов с моими предложениями Так, не было ни слова упомянуто об оперативно-учебном центре Западного фронта, который подготовил около 1600 человек и свыше 300 из них перебросил через линию фронта. Только в отчете отмечено, что мины ПМС нашли самое широкое применение среди партизан, но может это потому, что он мог не знать, что ПМС мгновенного и замедленного действия изобретены мной.
В июне 1942 года меня потрясло сообщение о взрыве самолета на аэродроме Внуково с минно-подрывным имуществом, направляемом партизанам. Будучи заместителем УШПД по диверсиям; я, ошеломленный, вылетел в Москву. К этому времени были следующие версии взрыва: наличие в перевозимых грузах таких средств, которые могли взорваться при транспортировке из-за плохой упаковки; что это может быть диверсия; я выдвинул новую версию.
В это время я получил еще одно страшное известие: из нашей школы исчезли три испанца, в том числе, Сальвадор Кампильо — участник "ледовых походов" и партизанских действий на Северном Кавказе. Кампильо привлекался к упаковке отправляемых партизанам минно-взрывных средств. В результате этого Строкач принял решение об откомандировании испанцев из школы. Мне удалось договориться с А.П. Судоплатовым, в распоряжении которого была отдельная мотострелковая бригада специального назначения (ОМСБОН), являвшаяся по сути оперативно-учебным центром по подготовке и переброске партизан в тыл противника по линии НКВД, чтобы он принял испанцев к себе. Это спасло меня и Судоплатова. Но после ареста Берии был арестован и Судоплатов. Ему грозил расстрел, но Долорес Ибарурри обратилась к Хрущеву и попросила смягчить наказание в благодарность за спасение испанцев. Судоплатову дали 15 лет.
А самолет, как было установлено следствием, взорвался потому, что на его борту находились дополнительные баки с бензином, которые не сняли с самолета утром, а днем произошло испарение бензина и взрыв.
Позже установлено было и про испанцев: оказалось, что Кампильо с друзьями решили уйти в Испанию и там бороться с фашистами. Их задержали уже в Тегеране и осудили на 10 лет.
В 1964 году к изданию была подготовлена моя книга воспоминаний "Мины ждут своего часа", но после падения Хрущева из нее было изъято целых 8 печатных листов. В 1965 году «Воениздат» расторг со мной договор об издании второй книги. В том же году журнал «Подъем» прекратил публикацию этой книги, предпринятую ими раньше.
Я почувствовал, что, пришедшие к власти руководители, не допустят правды о вкладе Хрущева в войну в тылу врага и моего отношения к "рельсовой войне". Я попал в опалу. Этому способствовало и то, что в сентябре-ноябре 1944 года я в должности начальника военной миссии СССР при Главнокомандующем народно-освобедительной армии Югославии, дружно работал с Тито.