Однако следует учитывать, что значительная часть этих сокровищ не достигала конечного пункта в метрополии из-за нападений пиратов и ещё больше от штормов, плохих мореходных качеств галеонов и неправильной навигации.
Только четвертая часть ценностей, ежегодно вывозимых из Перу, Новой Гренады и Новой Испании в течение 26 лет со времени заключения Утрехтского мира в 1714 году, достигала метрополии. Доходы порта Кадис (около 12 миллионов песо в год) сократились до 3 и менее миллионов песо. Из 286 миллионов песо, которые испанские галеоны должны были вывезти из Америки в Испанию за эти 26 лет, до нее дошли лишь только 62 миллиона, остальное — 224 миллиона — были утеряны и достались главным образом французским, голландским и английским пиратам.
Между 1500 и 1820 годами около 17 000 испанских кораблей отплыли в метрополию из Американских колоний. Подсчёты показывают, что примерно 5% (850 кораблей) были потеряны в море и примерно 2% (340 кораблей) так и не были найдены и исследованы испанскими спасателями. По другим данным, только за период с 1619 по 1659 год из 2431 судна, курсировавшего между Испанией и Америкой, были захвачены морскими пиратами или затонули 673 судна.
Испанский флот, перевозивший ценности через океан, быстро приходил в упадок. Между 1570 и 1599 годами Испания в Карибском море еще держала флот из 110 кораблей, а в 1610 году их было всего 55. В 1640—1650 годы испанский флот в Карибском бассейне составлял лишь 25 кораблей, а в 1661 году для перевозки сокровищ через Атлантику Испания была вынуждена арендовать корабли у Голландии.
Не меньших трудов стоило испанцам удержать перевозимые сокровища в своих руках. В соответствии с отчетом, подготовленным в 1670 году для Кольбера (министр финансов Франции с 1665 года), общий торговый баланс с островами Вест-Индии достиг в этом году суммы, превышавшей 38 миллионов лир. При этом доля Франции составляла 6 миллионов, Англии — 5, Голландии, Гамбурга и Данцига — 10, Фландрии, Швеции и Дании — 4, Генуи, Неаполя, Ливорно — 7, Португалии, Галатии и Биссаи — 2 и Берберийских государств — 1 миллион. На долю же Испании приходилось всего 3 миллиона лир.
Таким образом, огромные богатства, стекавшиеся в Испанию из Америки, не приносили этой стране процветания, а впоследствии стали настоящим проклятием, стоившим жизни многим морякам.
С конца XV столетия испанские и португальские мореплаватели обратили свой взор в сторону Востока, который считали источником неисчислимых богатств. Прежде всего завоевателей привлекали пряности, золото и серебро, которыми так славились восточные страны.
Ограничение возможностей получения золота и серебра в Европе, накануне Великих географических открытий толкали мореплавателей к поиску новых источников драгоценных металлов. После открытия Америки испанцы получили в свои руки огромный источник золота и серебра, который тут же вызвал в Европе так называемую «революцию цен». Обесценивание драгметаллов вызвало ещё большую необходимость в их получении. Стремление к приобретению предметов роскоши и специй охватило аристократию Европы.
Удовлетворить потребности в золоте, шёлковых тканях, китайском фарфоре, специях и других товарах оказалось возможным только путём создания прочной системы транстихоокеанской торговли. Колонизировав Филиппинские острова, испанцы получили устойчивые базы не только в Америке, но и в Азии, что позволило начать создание межконтинентальных торговых связей. Большим стимулом к этому процессу являлась огромная разница между соотношением цен на золото и серебро в Европе и в Азии и стремление таких стран, как Китай, получать всё больше серебра для удовлетворения потребностей внутреннего рынка. Так, в 1574 году соотношение стоимости золота и серебра в Китае составляло от 1: 8 до 1:4, а на Филиппинах доходило до 1:2. Учитывая, что в Европе это соотношение составляло 1:12, становится ясно, что чрезвычайно выгодно было бы обменивать мексиканское серебро на китайское золото, фарфор, шелка и специи. Именно это и объясняет появление такого феномена, как манильский галеон.