Маршала заставили признаться в том, что он — давний английский агент и был причастен к расстрелу двадцати шести бакинских комиссаров. Из Худякова выбили показания на командование военно-воздушных сил и руководство авиапромышленности, которые, дескать, принимали на вооружение дефектные самолеты и моторы. (Кроме того, его заставили подписать протокол, в котором он «признавался», что участвовал в расстреле двадцати шести бакинских комиссаров в 1918 году и работал на британскую разведку.)
16 марта 1946 года Совет министров принял решение снять главного маршала авиации Александра Александровича Новикова с должности командующего военно-воздушными силами как «не справившегося с работой».
23 апреля Новикова арестовали у подъезда собственного дома. У чекистов даже не было ордера, его просто схватили и засунули в автомобиль.
На основании материалов, подписанных Абакумовым, были арестованы нарком авиационной промышленности Алексей Иванович Шахурин, офицеры штаба ВВС — за принятые на вооружение некачественные самолеты и моторы.
На основе полученных от них показаний можно было брать всех крупных авиаконструкторов — Яковлева, Туполева, Ильюшина, Лавочкина. Это было перспективное для чекистов дело.
Куратором авиационной промышленности был член политбюро и секретарь ЦК Георгий Максимилианович Маленков. Были арестованы два сотрудника управления кадров ЦК, которые занимались авиационной промышленностью и непосредственно подчинялись Маленкову.
Эти аресты подорвали позиции Георгия Максимилиановича.
Разоблачал его ошибки и промахи новый выдвиженец Сталина — секретарь ЦК и начальник управления кадров Алексей Александрович Кузнецов, выходец из Ленинграда.
Но опала Маленкова не была результатом интриг Жданова, как принято считать, хотя в политбюро все друг друга ненавидели. Абакумов Жданову не подчинялся, и Жданов знал, что не имеет права давать какие-то указания министру госбезопасности или вообще вести с ним какие-то беседы без прямого поручения Сталина.
Вождь был недоволен Маленковым и 4 мая 1946 года специальным постановлением политбюро лишил его должности секретаря ЦК:
«1. Установить, что т. Маленков, как шеф над авиационной промышленностью и по приемке самолетов — над военно-воздушными силами, морально отвечает за те безобразия, которые вскрыты в работе этих ведомств (выпуск и приемка недоброкачественных самолетов), что он, зная об этих безобразиях, не сигнализировал о них в ЦК ВКП(б).
2. Признать необходимым вывести т. Маленкова из состава секретариата ЦК ВКП(б)».
Судьба Маленкова висела на волоске. В Министерстве государственной безопасности уже стали собирать показания на Маленкова, готовясь к его аресту. Следователи, занимавшиеся «авиационным делом», не без удовольствия говорили: «Маленков погорел».
Сын Маленкова пишет: «Некоторое время он находится под домашним арестом, а потом Сталин решает послать его на хлебозаготовки в Сибирь».
Георгий Максимилианович предупредил свою мать, которая постоянно просила его помочь тем или иным людям:
— Не смогу я тебе больше помогать, мама. Самому бы кто помог…
Маленков тоже ждал ареста. Но Сталин передумал и вернул Маленкову свое расположение. Так что опала продолжалась недолго, всего три месяца — до 2 августа, когда Сталин сделал Георгия Максимилиановича своим заместителем в правительстве. Правда, для начала Маленкову поручили всего лишь «наблюдать за работой Министерства электропромышленности, Министерства промышленности средств связи и Министерства связи». 1 июля 1948 года Сталин подписал постановление политбюро: «Ввиду расширения работы ЦК дополнить секретариат ЦК т. Маленковым…» Сталин вновь ввел его в состав политбюро. А позиции Жданова вскоре ослабли.
11 мая 1946 года Шахурин, Новиков, член военного совета ВВС Н.С. Шиманов, заместитель командующего ВВС А.К. Репин, начальник Главного управления заказов ВВС Н.П. Селезнев, заведующие отделами управления кадров ЦК А.В. Будников и Г.М. Григорьян, отвечавшие в аппарате за авиапромышленность, были осуждены Военной коллегией Верховного суда на разные сроки тюремного заключения.