Ушаков согласился следовать в Неаполь, намереваясь оттуда направить десантный отряд для освобождения Рима совместно с союзными войсками.
На принятие такого решения повлияло непредвиденное обстоятельство: взбунтовались турки. Находившиеся сверх обыкновения долгое время в море, не привыкшие к порядку и дисциплине, лишенные возможности грабить захваченные города и купеческие суда в море, они были озлоблены. Последним поводом для взрыва явился решительный отпор, данный местными жителями их попытке учинить разбой в окрестностях Палермо. В разыгравшемся побоище 14 турок было убито, 53 доставлены на суда ранеными, до сорока человек пропали без вести.
Разъяренные галионджи потребовали немедленного возвращения домой, грозя в противном случае выбросить за борт своих командиров. Но и сами офицеры были не против возвратиться в Стамбул: поход им тоже ничего не давал.
Перепуганный Кадыр-бей стал умолять главнокомандующего усмирить его команды. Ушаков тут же направился на турецкий флагманский корабль. Галионджи боялись Ушак-пашу, и порядок был быстро восстановлен. Однако Ушаков понимал, что это ненадолго, что лишается не очень надежного союзника. Понимал и турецкий адмирал, что удержать свою эскадру у берегов Италии не удастся, но за самовольный уход он мог лишиться головы. Поэтому на следующий день Кадыр-бей обратился к Федору Федоровичу с просьбой выдать ему оправдательный документ. Главнокомандующий подготовил соответствующее письмо для незадачливого адмирала. И хотя роль турецкого флота в экспедиции не была значительной, все же взаимодействие с ней было полезным. Это положительно сказалось на ходе кампании. Адмиралы действовали в тесном контакте и согласии. Кадыр-бей охотно подчинялся во всем главнокомандующему объединенной эскадрой, считая его своим учителем, а Ушаков относился к нему с доверием.
Ранним утром 1 сентября 1799 года один из турецких кораблей снялся с якоря и направился в открытое море. За ним, становясь под паруса, последовали остальные суда. Замыкал бегство корабль Кадыр-бея…
Эскадра Ушакова прибыла в Неаполитанскую бухту 8 сентября. Перед тем, 28 августа, А. В. Суворов, неожиданно получив предписание Павла I, покинул освобожденную им Северную Италию и повел своих чудо-богатырей в Швейцарию через Альпы, покрытые снегом. На это неоправданное решение император пошел под влиянием союзников России. Австрия стремилась, воспользовавшись плодами суворовских побед, укрепить свое господство в Северной Италии и поэтому пыталась под любым предлогом вытеснить оттуда русские войска. Англия же боялась усиления российского влияния на Средиземноморском театре.
Армия Суворова находилась еще в пути, когда эрцгерцог Карл, командовавший австрийской армией к Швейцарии, с которой должен был соединиться Суворов, увел свои потрепанные войска, оголив двухсотверстный фронт, оставив русский корпус А. М. Римского-Корсакова перед противником, втрое превосходившим его по силам. Французы нанесли ему тяжелое поражение, и он вынужден был отступить за Рейн.
С прибытием к месту назначения в тяжелое положение попала и 20-тысячная армия Суворова: была зажата со всех сторон французскими войсками, насчитывавшими 80 тысяч человек. И все же фельдмаршал со своими чудо-богатырями сумел вырваться из окружения — вывел свою прославленную армию через труднодоступные хребты Глариса и Паникса к Верхнему Рейну.
Эскадра Ушакова и после ухода из Италии армии Суворова продолжала действовать у берегов Апеннинского полуострова.
В Неаполе адмирал готовил экспедицию для похода на Рим, сформировав отряд своих морских гренадеров и моряков из корабельных команд численностью более 800 человек во главе с подполковником Скипорой и лейтенантом Балабиным.
В сентябре десантный отряд двинулся к итальянской столице. Узнав о приближении к городу русских и итальянских войск, французский гарнизон капитулировал. 19 сентября 1799 года впервые в истории древнего Рима на его улицах появились колонны русских моряков с развевающимися знаменами. Это событие лейтенант Петр Балабин так описал в донесении командующему: «Вчерашнего числа с малым нашим корпусом вошли мы в город Рим. Восторг, с каким нас встретили жители, делает величайшую честь и славу россиянам. От самых ворот св. Иоанна до солдатских квартир обе стороны улиц были усеяны обывателями обоего пола. Даже с трудом могли проходить наши войска… „Вот, — говорили жители, — вот те, кои бьют французов и коих они боятся! Вот наши избавители!..“ Я приметил, что на всех лицах было написано искреннее удовольствие»
