С университетом попечитель был в ссоре и искал примирения, которое понимал, правда, по-строгановски, как полное подчинение своей воле. Университетские профессора мириться не хотели, они помнили, как в мае 1826 года флигель-адъютант Строганов исполнил поручение Николая I провести ревизию Московского университета. Граф обнаружил тогда много «беспорядков»: казеннокоштные студенты нарушали дисциплину, в университетском Благородном пансионе читали запрещенные книги. Ревизор посетил вступительную лекцию Ивана Давыдова по курсу философии. Давыдов родился под несчастливой звездой. С 1821 года Совет университета трижды избирал его профессором кафедры философии, но кафедру не открывали. Наконец, в феврале 1826 года философию дозволили к преподаванию, но сомнения, нужна ли она, оставались. Давыдов составил вступительную лекцию «О возможности философии как науки» в осторожных выражениях, старался уловить перемены, наступившие после 14 декабря. Но не преуспел. Полковник граф Строганов (по образованию военный инженер) нашел лекцию вредной. Чтение философии было запрещено, печатные экземпляры лекции изъяты из продажи. Давыдова перевели на преподавание математики, он прослыл либералом. Николай I строгановские действия одобрил, вскоре сам посетил университет, после чего были уволены ректор Прокопович-Антонский и некоторые инспектора, а студент Полежаев угодил в солдаты. Это был погром, истребление ненавистного вольнодумства. Строганов в Москве действовал подобно Руничу в Петербурге в 1821 году.
Впрочем, не всегда гнев властей направлялся по верному адресу. Когда в 1831 году Давыдов получил кафедру российской словесности и приступил к чтению лекций, студенты встретили опального профессора рукоплесканиями, но скоро наступило разочарование. Давыдов поражал корыстолюбием и раболепством. Студенты ославили его в стихах, которые начинались словами: «Подлец по сердцу и цз видов…» Научный уровень его лекций был крайне низок, он внушал слушателям, что о великих людях поэты пишут длинными стихами, ибо воображают их большого роста. Строганов обрушился на Давыдова понапрасну, в невежестве своем не уразумев, что университетский лектор читал «по Шеллингу», немецкому философу, для умов безвредному. Шеллинг в те годы жил в Эрлангене, затем в Мюнхене, московские гонения на философию его не тревожили. Невинно пострадавший Давыдов затаил обиду и, когда Строганов стал попечителем, примкнул, естественно, к уваровской партии, которую составляли старые профессора — Перевощиков, Спасский, Снегирев, Шевырев, Погодин. Они привыкли быть под началом Уварова и не ждали от Строганова добра. Другие старые профессора — Болдырев, Каченовский, Брашман, Альфонский, Фишер фон Вальдгейм, Щуровский, Морошкин — отнеслись к попечителю равнодушно. Погромы не забываются.
Строганову, чтобы утвердиться в университете, нужно было его обновить. Труд предстоял нелегкий, но попечитель был человек решительный. В несколько лет университет изменился. В нем стали преподавать Крюков, Редкин, Чивилев, Грановский, Крылов, Печерин, Баршев, Анке, Иноземцев, Армфельд, Филомафитский, Лешков, Драшусов — ученые молодые и талантливые. Попечитель покровительствовал молодым профессорам, исподволь стремился подчинить их своему влиянию, и они вскоре составили в университете новую, строгановскую партию, поначалу немногочисленную. Умный консерватор не торопился, он умел ждать, умел показать себя в выгодном свете, приласкать. Он не походил на николаевских сановников, не терпел лакейства, был способен запретить статью, где верноподданнические чувства отдавали передней. Редкая независимость, брезгливое отношение к уваровским интригам, доступность, которую так легко спутать с демократизмом, вводили в заблуждение людей очень, по-видимому, проницательных. Герцен, к примеру, полагал, что Строганов «хотел поднять университет в глазах государя, отстаивал его права, защищал студентов от полицейских набегов и был либерален, насколько можно быть либеральным, нося на плечах генерал-адъютантский «наш» с палочкой внутри и будучи смиренным обладателем строгановского майората».
