Принсипалия монополизировала власть на местах. Система управления была целиком олигархической по своему характеру и в общем таковой и осталась, несмотря на различные' законодательные изменения в период американского колониального господства и после предоставления независимости. Превращение родовой аристократии в бюрократическую олигархию — одно из главных наследий испанского колониального режима. Власть, причем уже не власть вождя, а политическая, сосредоточилась в руках немногочисленных семейств, которые и сейчас творят суд и расправу по своей прихоти.
То, что верхушка по-прежнему была связана с более низкими социальными слоями отношениями, во многом сохранившими родовой, патриархальный характер, делало ее позиции особенно прочными. При испанцах ее власть кончалась на уровне муниципалитета, в настоящее время распространяется на всю страну, причем осуществляется одними и теми же семействами. Если просмотреть список имен крупнейших политических деятелей современных Филиппин, почти после каждого можно найти добавление «младший», а то и «третий», «четвертый»: отцы, деды и прадеды этих деятелей играли важную роль в политической жизни страны, потомки унаследовали власть и не намерены делиться ею ни с кем.
Более крупная административная единица — алькальдия майор, впоследствии переименованная в провинцию, управлялась алькáльдом, и им мог быть исключительно испанец. Он получал довольно скромное жалованье, поскольку предполагалось, что остальное он «доберет» на месте, и, надо сказать, подобные предположения всегда оправдывались. Возможности к тому имелись немалые. Алькальд был высшим административным, судебным, финансовым и военным лицом в провинции. Он собирал налоги обычно сверх размеров, предписанных законом. Ему давалось право заниматься коммерческой деятельностью (и с ним никто не осмеливался конкурировать), а также ростовщичеством.
Верховная власть над архипелагом сосредоточивалась в руках испанского генерал-губернатора, который, будучи главным военачальником, именовался и капитан-генералом. Ему предоставлялись самые широкие полномочия, ибо при тогдашних средствах связи управлять непосредственно из Мадрида было невозможно. Даже королевские указы вступали в силу только после его одобрения, т. е. он самостоятельно решал, применим ли тот или иной указ в конкретных филиппинских условиях.
Чтобы как-то бороться со злоупотреблениями генерал-губернаторов, корона посылала в колонию ревизоров и помимо того в конце срока службы генерал-губернаторов проводила расследование их деятельности, без чего эти чиновники высокого ранга не могли получить нового назначения. Контроль, однако, был недостаточным, и, как правило, они использовали свои посты для личного обогащения. Поэтому их часто отзывали — с 1565 по 1898 г. на Филиппинах сменились 116 генерал-губернаторов, а только за период с 1835 по 1897 г. — 50 (т. е. каждый служил в среднем чуть больше года). Естественно, в таких условиях ни о какой преемственности в деятельности высших колониальных чиновников говорить не приходилось. Дела не доводились до конца, редкие положительные начинания не претворялись в жизнь.
Созданная колонизаторами система управления охватывала всю страну. Различные народности Филиппин страдали от одного и того же зла, подчинялись одним и тем же лицам, должны были соблюдать одни и те же законы. Это явилось сильным объединяющим фактором.
Однако объединение не было результатом развития исстари сложившихся форм организации общества, оно было проведено насильственно извне и осуществлялось варварскими способами. Испанцы отнюдь не ставили своей целью образование филиппинского государства — они думали исключительно об эффективности колониального режима.
Особое место в системе угнетения принадлежало церкви и монашеским орденам, сыгравшим зловещую роль в филиппинской истории. — Духовная власть выступала реальной политической силой и постоянно оспаривала права светской. Корона боялась укрепления и той и другой и была не прочь сознательно стравливать их, сохраняя за собой последнее слово. Исполнительная власть, принадлежавшая генерал-губернатору, была бессильна перед церковной (известной автономией пользовались суд и фиск, подчинявшиеся Мадриду). Борьба между ними шла непрерывно, причем часто принимала крайние формы. Один губернатор был растерзан фанатичной толпой, которую вели монахи, другой — публично обесчещен и сослан на отдаленный остров, где провел пять лет, тщетно пытаясь связаться с Мадридом, третий — брошен в подземелья августинцев. Один архиепископ был заключен в казематы манильского форта, другой подвергся нападению губернаторских солдат, и напрасно он, цепляясь за алтарь, твердил о неприкосновенности священнослужителей, это его не спасло.