В ноябре 1735 года повстанцы перекрыли дорогу в Оренбург большому продовольственному обозу, в итоге несколько сот солдат, не дождавшись провианта, умерли в крепости от голода.
И тогда Кирилов двинул против восставших карательные отряды. При ожесточенных схватках с регулярными войсками башкирские конники почти всегда несли поражения, десятками попадали в плен. Злостных бунтовщиков вешали, сажали на колья, до смерти засекали розгами, ссылали на каторгу. А тех, кто приходил с повинной, отпускали домой, но с условием, чтобы каждый принял присягу в верности и уплатил одну лошадь в качестве штрафа. Румянцев требовал запретить во всех селениях башкирам «носить ружья и по домам иметь; в уездах кузниц и кузнецов не иметь, магазины наполнить провиантом».
К зиме восстание поутихло. Но русское правительство держало ухо востро. Оно понимало, что в Башкирии нужны не только войска. Важно было привлечь на новые земли купечество, ремесленных людей, хлебопашцев. С этой целью Сенат указом от 11 февраля 1736 года определил весомые льготы всем переселенцам. Кроме ранее объявленных «Привилегий городу Оренбургу», дававших право селиться в нем людям всяких вер и званий, вышеназванный указ разрешил новоселам приобретать и «крепить за собой» земельные угодья на всей башкирской территории. Планировалось поселить при Оренбурге и других городах более тысячи яицких казаков, построить Табынскую, Сорочинскую, Бузулукскую, Борскую, Сакмарскую крепости, десятки форпостов и укреплений, три медеплавильных завода и множество других военно-хозяйственных объектов.
Всюду не хватало рабочих рук, стройку вели в основном солдаты. Кирилов разрывался в поиске людей. Наконец его осенила мысль: на строительных работах и пограничной службе использовать ссыльных. Однако при ознакомлении с ними Кирилов с грустью и возмущением обнаружил, что люди эти в большинстве своем не годны для трудовой и тем более строевой службы. Их изувечили во время допросов.
27 октября 1736 года Иван Кириллович обратился в Сенат с просьбой «милостиво» рассмотреть ради «сбережения простых людей и поселения их в новых местах» его доклад «О пытках и публичных наказаниях…». По тогдашнему времени это был смелый документ. Призывая правительство к милосердию, Кирилов обращал внимание на то, что, несмотря на громадное количество казней, преступления не прекращаются.
— Отчего же так много простого народа впадает в вины? — рассуждал он. — А все дело в худом воспитании без наставления и утверждения в законе от духовных чинов, которые сами вследствие своего невежества впадают в преступления и сами ссылаются…
Не народ плох, развратен, считал Кирилов, а его управители вместо добрых примеров жизни подают дурные.
В своем докладе Кирилов предложил при судах и следствиях отменить пытки железом и вырезание ноздрей для молодых людей от 16 до 25 лет, заменить их «не портящими», то есть не калечащими людей, наказаниями. Он вскрыл также ущерб, наносимый государству бюрократическим судопроизводством, злоупотреблениями и лихоимством следователей и тюремщиков-костоломов, по году и более державших «винных людей» под следствием и приводящих их к болезням. Он просил сократить эти сроки и увеличить «дневное пропитание ссыльных с одной копейки до трех».
Сенат рассмотрел проект Кирилова и постановил: всем ссыльным, направляемым в Оренбургский край, ноздрей не вырезать, оставив в силе наказание кнутом, увеличить для них дневное пропитание с одной копейки до двух; смертные казни оставить.
Усмиряя восставших, Кирилов одновременно с усердием хлопотал о благоустройстве края. Заключил договоры с купцами и подрядчиками на поставку продовольствия, вербовал добровольцев для новых поселений, налаживал между городами коммуникации. Он представил в Сенат проект «Об учреждении почты» на перегонах: Москва — Нижний Новгород — Казань — Уфа — Оренбург, рассчитав промежутки между станциями, потребное количество ямщиков и лошадей, стоимость и содержание, установил порядок отправки почты.
* В одном из писем в Петербург Кирилов сообщал, что в своем странствии по Башкирии «десяти дней на одном месте не живет». Замотанный служебной круговертью, окруженный со всех сторон вооруженными бунтовщиками, он не прекращал работу по картографированию новых земель.