Флотилия существовала до декабря 1919 г. Затем в связи с общим отступлением белых армий Восточного фронта она была ликвидирована.
Помимо вышеперечисленных флотилий в подчинении Морского министерства Всероссийского правительства Колчака находились Морские силы на Дальнем Востоке в составе Сибирской и Амурской флотилий.
Сибирская военная флотилия Российского Императорского флота была создана в 1856 г. На 1 января 1917 г. в ее составе значились вспомогательный крейсер, канонерская лодка, 14 миноносцев, транспорт-заградитель, 4 минных заградителя, посыльное судно и 2 тральщика. Личный состав флотилии насчитывал 6055 матросов и кондукторов. Основные силы этой флотилии располагались в районе Владивостока. По примеру матросов других флотов и флотилий моряки-тихоокеанцы в конце 1917 — первой половине 1918 г. приняли достаточно активное участие в революционных событиях и в борьбе против зарождавшихся в этот период очагов сопротивления большевикам С весны 1918 г. на Дальнем Востоке началась вооруженная интервенция «союзных» держав.
29 июня 1918 г. с помощью чехословацких войск советская власть во Владивостоке оказалась свергнута, а к осени 1918 г. от нее освобожден весь Дальний Восток.
Морские силы на Дальнем Востоке были образованы 23 ноября 1918 г. Их возглавил контр-адмирал С.Н. Тимирев, которого 1 августа 1919 г. сменил контр-адмирал М.И. Федорович. Морские силы на Дальнем Востоке подчинялись Морскому министерству, а в оперативном отношении с 19 июля 1919 г. подчинялись командованию Приамурского военного округа. После освобождения Владивостока от большевиков там начала восстанавливаться Сибирская флотилия. Не обошлось без трудностей: пришлось вести интенсивные переговоры с японцами о возврате ими захваченных кораблей Амурской флотилии. Соответственно, началось формирование команд для кораблей флотилии. Но японцы их так и не отдали…
В серьезных боевых действиях в 1919–1920 гг. Морским силам на Дальнем Востоке принять участие так и не довелось, их деятельность ограничивались местными рейдами против прибрежных баз красных партизан Приморья. Однако роль владивостокского порта переоценить тяжело, поскольку он являлся главным (по существу, и единственным) транзитным пунктом для поставок вооружения, обмундирования и других припасов из-за рубежа для армии адмирала Колчака. Огромную роль для белых сил на Дальнем Востоке играли представители союзных миссий, опиравшиеся на значительные контингента собственных войск, поэтому русскому военному и морскому командованию приходилось во всем считаться с их «пожеланиями». Эта зависимость стала одним из факторов, затормозивших развитие белых сил в Приморье. Достаточно вспомнить непримиримую позицию японцев по вопросу о возвращении ими кораблей Амурской флотилии.
В результате переворота 31 января 1920 г. власть белых на Дальнем Востоке перешла в руки Приморской земской управы. В ходе восстания в ночь на 30 января моряки Сибирской и Амурской военных флотилий избрали Военно-морской революционный штаб, который должен был «руководить движением революционных моряков».
Работа по подготовке флотилии к новой кампании 5 апреля 1920 г. прервалась вооруженными выступлениями японских войск, которые ввели в Приморье полуоккупационное положение. Только в июле 1920 г. японское командование вернуло Приморскому правительству суда Сибирской флотилии. В итоге в начале 1921 г. Сибирская военная флотилия насчитывала 3 действующих миноносца (из 10) и 5 посыльных судов. На 1 февраля 1921 г. на кораблях и в учреждениях флотилии находились 324 человека командного и административного и 1385 рядового составов.
В течение зимы на флотилии проводились восстановительные и ремонтные работы. 6 апреля 1920 г. на территории Забайкальской, Амурской и Приморской областей было провозглашено создание Дальневосточной республики — просоветского, «буржуазно-демократического» по форме, государственного образования, призванного служить «буфером» между территориями, подконтрольными белым правительствам и Советской Россией. В составе вооруженных сил новой республики имелся и Народно-революционный флот, куда вошла и Сибирская флотилия.
