В связи с активным наступлением войск Красной армии на Южном и Юго-Восточном фронтах, начавшимся 11 октября 1919 г., и занятием красными районов, в которых действовали флотилии, с осени 1919 г. началось свертывание их деятельности и эвакуация кораблей и личного состава в Крым 12 февраля 1920 г. из остатков Волжской флотилии сформировали 1-й отряд судов Речных сил Юга России, а корабли Верхне- и Средне- Днепровских флотилий вошли во 2-й и 3-й отряды. Штаб Речных сил Юга России существовал, скорее всего, до середины апреля 1920 г. Затем, в период, когда основные боевые действия развернулись в Крыму, необходимость в существовании его отпала, и штаб расформировали (комиссия по его ликвидации работала до середины июля). Моряки флотилий, оказавшиеся в Крыму, продолжили службу в составе Черноморского флота.
Действовали на Юге и морские бронепоезда. В боях с противником отличился бронепоезд «Дмитрий Донской», созданный в августе 1918 г. и ставший одним из первых бронепоездов Добровольческой армии. Неофициально бронепоезд носил имя трагически погибшего адмирала Великой войны — «Адмирал Непенин», поскольку основу его команды составляли офицеры флота. Уже в начале службы, под командой капитана 2-го ранга В.Н. Маркова, бывшего артиллерийского офицера линейного корабля «Слава», бронепоезд помог двум тысячам дроздовцев отбиться у Армавира от 30-тысячной армии «красного казака» И.А. Сорокина. 15 ноября «Адмирал Непенин» под командой артиллерийского офицера с линейного корабля «Иоанн Златоуст» старшего лейтенанта А.Д Макарова попал в западню и погиб у разъезда Базовая. Смертью храбрых пали старший лейтенант Макаров, лейтенант А. Варгасов, мичманы Н. Турцевич, А.Н. Хрущев и гардемарин Иван Завадовский. Остальным морякам с замками от орудий удалось после тяжелого боя пробраться к белым частям. Находившемуся на соседнем участке бронепоезду «Единая Россия», на котором служили также морские офицеры и гардемарины, после ожесточенного боя удалось пробиться к своим Впоследствии «морской бронепоезд» восстановили, и он провоевал до 2 ноября 1920 г. До середины августа 1919 г. им вновь командовал морской офицер — старший лейтенант (с 27 марта 1919 г. — капитан 2-го ранга) Б.Н. Бушен.
При взятии Харькова в 1919 г. особенно отличился бронепоезд «Князь Пожарский», которым командовал капитан 1-го ранга Потемкин, бывший командир Морской роты, потерявший глаз в февральских боях 1918 г. Моряки также входили в состав еще ряда бронепоездов, действовавших на Юге России.
Как говорилось в предыдущей главе, в период революционных событий 1917 г. Черноморский флот значительно дольше сохранял свою боеспособность. Но всеобщий развал, постигший Россию к концу 1917 г., не миновал и наиболее стойкие части ее вооруженных сил. В конце 1917 — начале 1918 г. на Черноморском флоте произошли массовые убийства офицеров, а затем флот охватила анархия. Часть матросов в составе различных красногвардейских отрядов отправилась воевать на суше против австро-германских войск, активно наступавших на юге, и белых частей. Офицеры либо скрывались, опасаясь новой волны террора, либо поступали на службу в вооруженные силы Украины, недавно получившей независимость. Только меньшая их часть приняла участие в зарождавшемся антибольшевистском сопротивлении. После официальною роспуска «старого» флота большевиками в начале 1918 г, корабли и морские части начали комплектоваться на добровольческой основе, и к началу апреля в Черноморском флоте числилось около 7 тысяч человек, но не готовых к напряженной боевой деятельности. По-прежнему действия флота сводились к участию отрядов в различных операциях на суше.
Весной 1918 г. наступление австрийских и германских войск продолжалось. В связи с угрозой захвата базирующихся в Севастополе кораблей интервентами 23 апреля 1918 г. Совет народных комиссаров предписал Черноморскому флоту перебазироваться в Новороссийск. Вот тут-то революционные матросы с удивлением обнаружили, что управлять флотом оказалось гораздо труднее, нежели безнаказанно убивать офицеров и грабить винные склады. Как писал очевидец и участник тех событий Монастырев, «
