31 января 1919 г. был создан Морской штаб Всевеликого Войска Донского. На данный период основные морские и речные силы войска составляли следующие части: Донская военная и Донская транспортная флотилии, Управление Главного командира портов, Таганрогская портовая контора, Управление инспектора и дивизионы морской тяжелой артиллерии. Приказом главнокомандующего ВСЮР от 27 июня 1919 г. Морской штаб Всевеликого войска Донского преобразовали в Штаб речных сил Юга России. В этот период началось наступление белых армий в северном направлении, в связи с чем части Донской флотилии и Морской тяжелой артиллерии были переброшены на Волгу, Днепр и Черное море.
В мае — июле 1919 г. из переведенных с Азовского моря и Дона кораблей белым удалось сформировать Средне-Днепровскую (капитан 2-го ранга, с 23 августа 1919 г. — капитан 1-го ранга С.В. Лукомский) и Нижне-Днепровскую (капитан 2-го ранга В.И. Собецкий) флотилии. Средне-Днепровская флотилия первоначально имела в своем составе дивизионы канонерских лодок (4 единицы), бронекатеров (8 единиц) и морской тяжелой артиллерии (2 — 152-мм орудия). В ходе наступления ВСЮР в 1919 г. флотилия поддерживала войска на участке Екатеринослав (Днепропетровск) — устье р. Припять. В начале сентября она провела рейд на реку Десна к Чернигову и захватила девять пароходов, пополнивших ее состав. 2 октября в бою с кораблями красной Днепровской военной флотилии у деревни Печки при попытке высадить в тыл советских войск десант противнику удалось нанести тяжелые повреждения плавбатарее, потопить катер и захватить канонерскую лодку. Впоследствии флотилия активных действий не вела, а при отступлении в конце 1919 г. ее корабли пришлось разоружить и вывести из строя.
Нижне-Днепровская флотилия (именовалась также Отрядом судов особого назначения) — дивизион речных канонерских лодок (6 единиц), 3 буксира, 2 катера — в октябре — ноябре 1919 г. вела боевые действия против повстанческих формирований (в частности, руководимых Н.И. Махно) в районах Каховки, Берислава, Никополя и Херсона. Периодически усиливалась легкими кораблями Черноморского флота. С выходом войск Красной армии к устью Днепра зимой 1920 г. корабли флотилии перебазировались в порты Крымского полуострова.
В литературе также встречается упоминание о Верхне-Днепровской флотилии, но архивные документы не подтверждают ее существования.
С созданием ВСЮР была учреждена должность начальника морских и речных сил Дона (контр-адмирал С.С. Фабрицкий). Донская флотилия, сформированная в 1918 г., летом 1919 г. состояла из Речного отряда Сил Дона, Морского отряда Сил Дона и Транспортной флотилии. Основной задачей речного отряда стала поддержка действий сухопутных частей артиллерийским огнем и высадка десантов. К концу июня 1919 г. корабли отряда вышли в верховья Дона. Донская флотилия (ее речная часть) взаимодействовала с отрядом обороны Азовского моря. Боевых столкновений с красной Донской военной флотилией белые моряки не имели. В августе 1919 г. расформированный 1-й дивизион кораблей перешел на Днепр, личный состав и вооружение двух других дивизионов были направлены на формирование Волжского отряда под Царицын (совр. Волгоград). Окончательно Донскую флотилию расформировали 29 декабря 1919 г.
На Нижней Волге в июне 1919 г. был сформирован Волжский отряд судов, впоследствии называвшийся Волжской военной флотилией. Флотилия формировалась в освобожденном от красных Царицыне. На Волгу из Ростова по железной дороге прибыли сторожевые катера из состава Черноморского флота, моторные катера Донских флотилий и четыре броневых катера флотилии Кубанского казачьего войска. Был также сформирован ряд береговых частей. Части флотилии действовали до конца 1919 г. в прибрежной полосе у Царицына, Черного Яра и Солодников, занимались минными постановками и провели ряд артиллерийских боев. В конце 1919 г. при отступлении белых эвакуировать в Керчь удалось только шесть катеров (в том числе все четыре броневых) 7-го дивизиона, а артиллерию и остальные 28 катеров пришлось оставить в Сарепте, Царицине, Мариуполе и в эшелонах на станции Караванная. Во время отступления отстала и пропала без вести бóльшая часть личного состава флотилии. В начале 1920 г. остатки личного состава флотилии собрались в Симферополе.
