Свою миссию толстовцы видели прежде всего в том, чтобы защитить российского гражданина от социалистических экспериментов, в самой сути которых таится презрение к человеку, к личности (Академик физиолог Иван Петрович Павлов, не будучи толстовцем, точно сформулировал эту же мысль в терминах своей науки: "Если то, что делают большевики с Россией, есть эксперимент, то для таких опытов я пожалел бы дать даже лягушку". (Лекция перед студентами Военно-Медицинской Академии в 1918 г. Цит по автобиографии проф. Бабкина. Чикаго, 1951.)) Они не принимали деления общества на классы и не соглашались с идеей большевиков о том, что личность имеет смысл и значение, только если она принадлежит к большинству, к классу угнетаемых. Секретарь Л.Толстого Н.Н.Гусев в статье "За кого бы был Лев Толстой" писал в разгар Гражданской войны, что Лев Николаевич, буде он жил в эпоху братоубийственной войны, не стоял бы ни на стороне красных, ни на стороне белых, но обличал бы насилие обеих сторон . ("Голос Толстого и Единение", №12, 1919. Николай Гусев. "За кого бы был Л.Толстой".). Надо ли говорить, что большевистское руководство с раздражением реагировало на подобные высказывания и постоянно закрывало толстовские издания. Впрочем, в пределах столицы в те неустойчивые для них времена власти предпочитали действовать увещевающим словом.
Начиная с декабря 1919 года по август 1920 между наркомом просвещения старым большевиком А.В.Луначарским и толстовцами, а также деятелями различных культов состоялось несколько диспутов. Дебаты происходили в большом зале Политехнического музея и собирали тысячные аудитории. В первый вечер нарком Луначарский сделал доклад, в котором объяснил точку зрения своей партии на религию. В качестве вывода он заявил, что благодетелем человечества является не Христос, а большевики как авангард рабочего класса. Спустя два месяца, 5 марта 1920 года, состоялась дискуссия, в которой кроме Луначарского принимали участие поэт-символист Вячеслав Иванов, еврейский рабби и православный священник. От толстовцев выступил В.Булгаков. Среди прочего Булгаков обратил внимание аудитории на то, что Луначарский, в силу малой своей подготовленности, не различает между собой таких понятий, как вера, религия и церковь. Для большевика Бог таков, каким его представляет православная церковь. Между тем, все растущее количество сект показывает, что образ Божий в сознании людей чрезвычайно разнообразен. Соответственно различны формы веры, различен и тот смысл, который люди, верящие по-разному, вкладывают в свою веру. Призывая народ к безверию, следовало бы прежде всего понимать, от чего именно отвращаешь людей.
В дальнейших диспутах с большевиками Валентин Булгаков и Владимир Чертков занимали наиболее непримиримую позицию. Во время встречи 7 августа 1920 года В.Чертков прямо заявил, что большевистские вожди в России надругались над самым высоким чувством народа, над его верой в Бога; отсюда проистекает недоверие народа к большевизму. Несмотря на то, что Луначарский считался наиболее интеллектуальной личностью среди большевиков, и ему ассистировали такие специалисты по проблеме атеизма, как Емельян Ярославский (будущий глава советского антирелигиозного ведомства) и профессор Рейснер, публика отмечала, что позиция толстовцев аргументирована более солидно. Толстовские ораторы показали себя людьми более образованными и просто более умными, нежели их оппоненты и даже их союзники.
Высшего накала дебаты достигли на двух последних вечерах в Политехническом музее 18 и 26 августа 1920 года. В докладе, который он озаглавил "Лев Толстой и Карл Маркс", Валентин Булгаков заявил, что всякий социализм, который обещает рай на земле, есть лишенная всякого смысла фантазия. Человеческие инстинкты не меняются от того, что в стране возникают новые формы власти. В социалистическом государстве, как и во всяком другом, основанном на насилии, не исчезнут ни корысть, ни собственничество, ни ненависть. Революция, которая сосредоточена только на внешних, экономических аспектах жизни, будет вливать новое вино в старые мехи. Обновить человека изнутри может только революция умственная, революция духа (В.Ф.Булгаков. "Лев Толстой и Карл Маркс" в кн. "Лев Толстой и современность". Стр. 55-66.).