В апреле 1912 года Е. Бош арестовали. За год заключения в Екатеринбургской тюрьме её здоровье (к этому она уже страдала болезнями сердца и лёгких) значительно ухудшилось. Тяжело больную чахоткой Е. Бош Киевская судебная палата осудила к лишению гражданских прав и пожизненной ссылке в Сибирь.
Однако в отдалённой Качугской волости Верхоленского уезда Иркутской губернии, куда была сослана Е. Бош, она задержалась недолго. Вместе с другим руководителем киевских большевиков, который проходил по одному делу с Е. Бош, — Г. Пятаковым, она бежала через Владивосток в Японию, а потом переехала в USA и наконец — в Швейцарию. На Бернской конференции заграничных секций РСДРП Е. Бош и Г. Пятаков образовали оппозицию В. И. Ленину, примкнув к так называемой «Божийской группе» (по названию предместья Монтрё — Божьи), в которую входили Н. Бухарин, Н. Крыленко, Е. Розмирович. После обострения разногласий между руководителями ЦК РСДРП (главным образом, в оценке национального вопроса) Е. Бош и Г. Пятаков переехали в столицу Швеции — Стокгольм, а потом в столицу Норвегии — Христианию.
Возвратившись в первые дни после свержения самодержавия в Россию, Е. Бош и Г. Пятаков приложили немало сил, чтобы организовать оппозицию ленинскому курсу на социалистическую революцию — сначала в Петрограде, а потом в Киеве. Однако после Апрельской конференции РСДРП(б), (Е. Бош была её делегатом), она перешла на ленинские позиции. Была избрана главой окружного, потом секретарём областного комитета РСДРП(б) Юго-Западного края. Как делегат принимала участие в работе VI съезда большевистской партии.
К тому времени достиг максимума конфликт с секретарём Киевского комитета РСДРП(б) Г. Пятаковым. Идейные споры привели даже к разрыву их супружеских связей (они находились в гражданском браке). В октябрьские дни 1917 года Е. Бош находилась в Виннице, была одним из руководителей вооружённого восстания против войск Временного правительства, которое было подавлено верными Временному правительству войсками. Принимала деятельное участие в подготовке Областного (краевого) съезда РСДРП(б) в Киеве (3–5 декабря 1917 г.), который стремился создать всеукраинскую организацию большевиков — РСДРП(б) — социал-демократия Украины, вошла в состав избранного съездом главного комитета этой организации.
Е. Бош была одним из организаторов Всеукраинского съезда Советов, провозглашения Украины советской республикой — Украинской Народной Республикой Советов (УНРС), формирования её органов государственной власти. В декабре 1917 года по её инициативе делегаты-большевики и представители левых течений ряда других партий покинули съезд Советов в Киеве, на котором они оказались в меньшинстве, переехали в Харьков, объединились там с делегатами III Донецко-Криворожского областного съезда Советов и провели 11–12 декабря I Всеукраинский съезд Советов. Съезд провозгласил Украину республикой советов, заявил о её федеративной связи с Советской Россией, объявил власть Центральной Рады в Украинской Народной республике недействительной, а законы и распоряжения — недействующими. На Украину распространялось действие декретов Совнаркома Советской России.
Е. Бош стала одним из членов ЦИК Советов Украины — высшего органа власти в советской республике, который сформировал исполнительный орган власти — Народный секретариат. Это оказалось нелёгким делом. К разногласиям между «хозяевами» (харьковчанами) и «приезжими» (киевлянами) о нормах представительства своих сторонников прибавился и существенный недостаток кадров украинского происхождения. Наконец, сошлись на том, что претенденты на правительственные должности должны иметь прежде всего высокие деловые и политические качества и быть «по возможности с украинскими фамилиями». Поскольку на должность руководителя правительства «настоящего украинца» не нашли, было решено «главу Совета народных секретарей временно не избирать». Также постановили, что «народный секретарь внутренних дел будет координировать работу Народного секретариата», иными словами, станет исполняющим обязанности главы правительства. Эту должность 17 декабря заняла Е. Бош. В тот же день ЦИК Советов Украины решил «организовать при президиуме ЦИК отдел управления, который должен работать под руководством народного секретаря внутренних дел». Этим постановлением дополнительно подтверждался статус Е. Бош как фактического руководителя правительства. До конца января 1918 года правительство находилось в Харькове, 30 января перенесло свою работу в Киев, в начале марта — в Полтаву.
