Тем не менее, осетины Алагирской долины и чеченцы Веденского округа доставили властям особенно много хлопот. Около 5 тысяч вооружённых осетин разгромили госучреждения, освободили арестованных, сожгли захваченные документы. Это восстание с трудом было подавлено крупными армейскими силами с артиллерией. Чеченцы, изгнав назначенных правительством старшин, более года жили самостоятельно, создав своеобразный вольный джамаат. Только в декабре 1906-го правительственные войска разгромили «Веденскую республику». Многие крестьяне бежали от царских репрессий в горы, поэтому в эти годы в Чечне и Ингушетии расцвело абречество.
Застрельщиками громких протестов в различных районах Туркестана выступали, несмотря на их малочисленность, русские рабочие, вокруг которых концентрировалась городская и сельская мусульманская беднота, мардикоры — т. е. батраки и разнорабочие. Эта специфическая черта революции 1905–1907 годов не имела аналогов в других регионах российского мусульманства. Даже те байско-клерикальные круги Средней Азии и национальная интеллигенция, что приняли то или иное участие в революции, играли за малым исключением гораздо более консервативную роль, чем их кавказские и поволжские единоверцы. Ни о каком свержении монархического строя они не помышляли, уповая на реформы при соблюдении законности.
Часть образованных казахов, которые были воспитаны в татарских, башкирских и иных мусульманских школах (группировались вокруг журнала «Айкап») пыталась направить протестную волну по пути пантюркизма. Другая их часть, получившая воспитание в русских школах и тесно связанная со службой в административном аппарате (группировалась вокруг газеты «Казак»), была против сепаратизма и стремилась всячески ослабить революционный порыв мусульманских масс. Кое-кто из её представителей примкнул к кадетской партии и даже входил в состав ЦК.
Такой же идеологический разброд наблюдался среди узбекских и таджикских интеллигентов. Несколько иное положение касалось джадидов в Бухаре и Хиве. Здесь по-прежнему господствовал реакционнейший деспотизм феодальной власти, сохранённой царизмом для облегчения своего управления окраинами империи. Джадидская интеллигенция выступала за ликвидацию средневековых норм и внедрение более прогрессивных буржуазных порядков. Работая в подполье, в условиях жесточайшего террора, бухарские и хивинские джадиды стремились перетянуть на свою сторону все недовольные элементы. Поскольку царь поддерживал эмирскую власть в Бухаре и ханскую власть в Хиве, джадиды были резко отрицательно настроены к российской монархии.
Важно, что наряду с буржуазно-националистической интеллигенцией среди казахов, узбеков и других местных национальностей уже после 1905 года развился очень тонкий, но перспективный слой интеллигенции, вышедшей из трудящихся низов (например, учителя начальных школ). Она встала в оппозицию не только к царизму, но и к буржуазно-байской интеллигенции, использовавшей религию в качестве рычага руководства мусульманскими массами.
Манифесты царя 1905 года, учредившие Государственную Думу, даровавшие подданным империи куцые, но неслыханные прежде права и свободы, были изданы под давлением «снизу». В этом давлении чисто исламская составляющая относительно невелика. Но и незаметной её назвать нельзя.
В том же году в Нижнем Новгороде состоялся первый съезд мусульман России, на который съехались более ста делегатов. (Всего удалось провести три съезда.) Там обсуждались политические, религиозные и светские проблемы. Одно из принятых решений гласило, что мусульмане будут законными средствами стремиться к их уравнению во всех политических, гражданских и религиозных правах с остальными россиянами. Съезд проходил под лозунгом сотрудничества с русскими либералами, и выдвинул лишь умеренные требования национально-культурного и гражданско-правового характера. И это в то время, когда «противозаконные» стачки, митинги, демонстрации, не говоря о восстаниях, сотрясали страну.
Царские каратели действовали решительно. Достаточно сказать, что только по приговорам военно-полевых судов было казнено свыше 1.000 человек. Общее число жертв столкновений с войсками доподлинно неизвестно, но в любом случае счёт идёт на многие тысячи.
