В.А. Маклаков вступил в масонский Орден под непосредственным влиянием и при посредничестве М. М. Ковалевского. Диплом парижской ложи Масонский Авангард Великого Востока Франции, выданный Маклакову, свидетельствует о его вступлении в Братство 18 апреля 1906 г., причем сразу в 3-ю масонскую степень мастера, что, в принципе, допускалось правилами Ордена. Однако переписка Маклакова с Ковалевским показывает, что дело обстояло несколько иначе. В письме от 3 мая 1905 г. (это была среда) Ковалевский пишет своему адресату: «Многоуважаемый Василий Алексеевич! Прошу Вас быть у меня в пятницу в 4 часа. Придут масоны, и Ваш прием в ложу может состояться в понедельник». Пятница выпадала на 5 мая, следовательно, понедельник — на 8. В письме от 17 мая Ковалевский обращается к Маклакову по масонскому обычаю «Дорогой собрат», что свидетельствует о вступлении последнего в Орден между 4 и 17 мая 1905 г. (скорее всего, как и планировалось, 8 мая в неизвестную масонскую ложу). В апреле же 1906 г. он перешел в Масонский Авангард, получив к этому времени степень Мастера, что и засвидетельствовал масонский диплом.
Верность масонским идеалам и принципам Маклаков пронес через всю жизнь. Он стал одним из основателей масонства в России. На его квартире происходила инсталляция ложи Возрождение в мае 1908 г. высокопоставленными эмиссарами Великого Востока Франции. Ими же он был возведен в 18-ю степень.
На сегодняшний день не обнаружено прямого влияния М.М. Ковалевского и его группы на вступление в масонский орден известного петербургского общественного деятеля Евгения Ивановича Кедрина (1851–1921), Сергея Андреевича Котляревского (1873–1939), Василия Ивановича Немировича-Данченко (1844–1936)».
В августе 1905 года во время революции М. М. Ковалевский возвратился в Россию и активно включился в политическую жизнь. В сентябре 1905 участвовал в съезде земских и городских деятелей в Москве. В 1906 году Ковалевский основал партию демократических реформ, просуществовавшую до 1907 года. В 1906 году он был избран депутатом первой Государственной думы от Харьковской губернии. В июле 1906 он же возглавлял думскую делегацию на 14-й международной межпарламентской конференции в Лондоне. В составе 1-й Государственной думы всего 11 депутатов из 499 были масонами: А. Г. Вязлов, Е. И. Кедрин, М. М. Ковалевский, С. А. Котляревский, В. Д. Кузьмин-Караваев, В. П. Обнинский, А. А. Свечин, С. Д. Урусов, К. К. Черносвитов, Д. И. Шаховской, Ф. Р. Штейнгель. 8 июня 1906 года бывший заместитель министра внутренних дел С. Д. Урусов обвинил Департамент полиции в организации еврейских погромов.
Во 2-й Государственной думе было 8 депутатов-масонов из 518: А. А. Булат, Ф. А. Головин, А. А. Демьянов, В. Д. Кузьмин-Караваев, В. А. Маклаков, О. Я. Пергамент, К. К. Черносвитов, А. И. Шингарёв. Председателем 2-й Государственной думы был избран Ф. А. Головин.
С 1906 года в Петербурге под руководством М. М. Ковалевского работала ложа «Полярная звезда». В ней состояли: Н. В. Некрасов (1879–1940), Е. И. Кедрин (1851–1921), А. А. Свечин (1865–1929), А. И. Шингарёв (1869–1918), П. Е. Щёголев (1877–1931). В 1908 году в Москве им же была создана масонская ложа «Возрождение» Великого востока Франции, патент на открытие которой М. М. Ковалевский получил ещё в 1906 году. М. М. Ковалевский был её досточтимым мастером и 1-м стражем. В ложе состояли 25 членов, в числе которых были: Ю. С. Гамбаров (1850–1926), В. А. Маклаков (1869–1957), В. И. Немирович-Данченко (1848–1936), В. П. Обнинский (1867–1916), С. Д. Урусов (1862–1937). Для официального открытия этих лож в Петербург и Москву в 1908 году заезжали французские масонские эмиссары Ж. Буле (1855–1920) и Б. Сеншоль (1844–1930).
В ноябре 1908 года в Петербурге прошёл первый съезд российских масонов, на котором присутствовало до 60 человек. На нём были созданы два руководящих органа российских масонов: Верховный совет во главе с князем С. Д. Урусовым и Совет для членов высоких степеней посвящения во главе с князем Д. О. Бебутовым.
В 3-й Государственной думе заседали 11 депутатов-масонов из 446: А. А. Булат, Ф. А. Головин, Г. Р. Килевейн, А. М. Колюбакин, В. А. Маклаков, Н. В. Некрасов, О. Я. Пергамент, Н. С. Розанов, В. А. Степанов, К. К. Черносвитов, А. И. Шингарёв.
