Испытания средств обеспечения взлета и посадки завершились в 1992 году. Аэрофинишер, аварийный барьер и катапульта были предъявлены на межведомственные испытания. Однако катапульта «Нитки» так и не запустила в воздух ни одного самолета. К 1990-м годам идея использования разгонного устройства на авианесущих кораблях была отвергнута (четыре крейсера проекта 1143 — «Киев», «Минск», «Новороссийск» и «Баку» — поступили на флот без катапульты), проект 1153, «большой крейсер с авиационным вооружением», был свернут, и дальнейшее развитие авианосной программы приостановили.
«Уже завезли даже блоки для этой катапульты, все делали, но не успели достроить — СССР развалился. Должны были установить катапульты на атомном авианосце „Ульяновск", а их собирали и испытывали в Крыму», — вспоминает Валерий Бабич.
Для обеспечения обучения и отработки действий летчиков на «Нитке» в 1986 году в гарнизоне Саки-4 был сформирован 100-й отдельный корабельный истребительный авиационный полк. Первым его командиром стал выпускник Военно-морской академии им. А. А. Гречко подполковник Т. А. Апакидзе, блестящий летчик, будущий командир 57-й смешанной авиадивизии, зам. командующего авиации ВМФ, Герой России.
Полк образовался практически на пустом месте. Контр-адмирал запаса, бывший начальник связи ЧФ 3. Г. Ляпин вспоминает:
Поначалу не было даже места под штаб. Самолетов тоже не хватало, и инженерно-техническому составу часто приходилось работать по ночам, чтобы готовить технику. Но никто не жаловался. Напротив, в людях жил необыкновенный энтузиазм, потому что все чувствовали, что нужны своей стране. Апакидзе сам отбирал лучших пилотов по всей стране, так как будущие палубники должны были решать совершенно новые и чрезвычайно трудные задачи, требующие высочайшей квалификации. Поэтому и требования к его подчиненным были очень жесткими.
После распада СССР уникальный комплекс ждала печальная судьба. «Нитку» передали флоту Украины, в составе которого не было ни одного авианесущего корабля. Крейсер «Адмирал Кузнецов», стоявший в 1991 году в Севастополе, был отправлен в Североморск (судно изначально строилось для Северного флота), и его миновала участь стать предметом раздела ЧФ между Россией и Украиной.
Полеты палубной авиации приостановились на несколько лет. Многие офицеры, не желая присягать другой стране, уволились. В гарнизоне Саки-4 никто не знал, чем все это закончится и что ждет впереди. Т. А. Апакидзе вспоминал:
С этим аэродромом уходило то, что составляло смысл моей жизни. Я понимал, что второй такой тренажер нам не построить. На людей было страшно смотреть: на чаше весов, с одной стороны, была честь, желание служить и неопределенное будущее, а с другой стороны — обустроенный быт, квартиры, которых многие ждали годами, дачные участки, которые кормили семьи, благодатный крымский климат.
Когда накал страстей достиг апогея, я что угодно мог сделать, у меня тогда был авторитет большой. Я мог увести весь полк в Россию, но там отказались. Мятежные полки не любят нигде.
Командующий ВВС Украины В. Г. Васильев разрешил Апакидзе провести на плацу построение 100-го отдельного полка и попрощаться со знаменем части. Из Крыма на Север улетели 15 летчиков и 85 специалистов инженерно-технического состава, которые и составили впоследствии на СФ основной костяк палубной авиации.
В 1997 году Москва и Киев подписали соглашение о предоставлении «Нитки» в аренду ВМФ России. По условиям соглашения, Россия являлась единственным арендатором комплекса, и ее пилоты могли тренироваться только на истребителях Су.
В 1999 году на «Нитке» снова взлетала и приземлялась русская палубная авиация. За использование комплекса Россия расплачивалась запчастями для самолетов Су на сумму, эквивалентную расходам Украины на поддержание «Нитки» в исправном состоянии. Позднее Киев запросил за комплекс 700 тыс долларов в год.
Тренировки на «Нитке» проходили регулярно вплоть до августа 2008 года. На следующий день после начала конфликта в Южной Осетии, 9 августа, министерство иностранных дел Украины инициировало запрет на использование крымского тренажера российской авиацией.
