Для большей плодотворности трудов по истолкованию Священного Писания и по преподаванию богословия, Ориген изучил еврейский язык и познакомился более основательно с греческой философией. Он слушал философию Платона у философа Аммония Сакка. Упражнения его в философии, беседы и диспуты с еретиками послужили поводом к нареканиям и стали источником его огорчений, особенно когда еретики лукаво пускали в оборот записи о его диспутах, остававшиеся большей частью непроверенными им. Но ободрением для него служило то, что некоторые из еретиков и язычников приходили к истине. Таковым был, например, Амвросий со своей семьей, оставивший гностика Валентина и ставший преданнейшим учеником, последователем и помощником Оригена, иждивением которого последний смог издать многие свои труды. Амвросий приставил к Оригену семь тахиграфов (стенографов), посменно писавших под его диктовку; многочисленные переписчики и каллиграфистки перебеливали и размножали сочинения Оригена.
Во время гонений на Александрийскую Церковь при императоре Каракалле (216 г.) верующие понудили Оригена удалиться в Палестину, где два преданные епископа, Александр Иерусалимский (ученик Климента Римского) и Феоктист Кесарийский, дали ему почетное убежище. По их настоянию Ориген, будучи еще мирянином, изъяснял Священное Писание пред многолюдными собраниями верующих в храмах. За это он подвергся сильному порицанию от епископа Димитрия Александрийского, заставившего его вернуться в Александрию. По приглашению Юлии Маммии, матери императора Александра Севера, Ориген посетил ее в Антиохии и дал ей начальное наставление в Христианстве.
В 228 году Ориген был вызван по церковным делам в Грецию и проездом через Палестину в 230 году принял в Кесарии рукоположение во пресвитера от упоминавшихся выше епископов Александра и Феоктиста. Еп. Димитрий Александрийский в связи с этим сильно обиделся, так как рукоположение было совершено без его согласия. И тогда он на двух местных Соборах осудил Оригена и объявил его недостойным звания учителя, исключенным из клира Александрийской Церкви и лишенным пресвитерского сана (231 г.). Сообщив этот приговор через Окружное послание прочим Церквам, еп. Димитрий получил согласие многих, кроме палестинских, финикийских, аравийских и ахайских Церквей. Акты египетских Соборов, осудивших Оригена, не сохранились. По существующим же свидетельствам основаниями приговора, кроме прежней вины «проповедания мирянина в присутствии епископов» и сомнительного факта самоизувечения, служили принятие рукоположения от иерархов других Церквей и некоторые неправославные мнения обвиняемого.
После этого Ориген перенес свою ученую и преподавательскую деятельность в Кесарию Палестинскую, куда привлек множество учеников. Его пребывание в этом городе положило начало существованию там богословского училища. В этот же период Ориген ездил по церковным делам в Афины, затем в Бостру (в Аравии), где ему удалось обратить на истинный путь местного епископа Берилла, неверно учившего о Лице Иисуса Христа.
За неутомимую и пламенную деятельность Ориген был прозван адамантовым (алмазным). Ведя аскетическую жизнь, он в то же время широко благотворил нуждающимся и помогал гонимым.
В гонение Декия, Ориген был заточен в тюрьму, где пережил страшные пытки. После заточения, окончательно разрушившего его здоровье, он скончался в 254 году, семидесяти лет от роду. Могила Оригена находилась в Тире, на юге современного Ливана и долгое время являлась излюбленным местом христианских паломничеств.
Как уже было сказано, в правиле первом Пято-Шестого Вселенского Собора мы находим имя Оригена в перечне лиц соборно преданных проклятию и отринутых святыми отцами за различные лжеучения.
Осуждение Оригена было продиктовано нуждами церковной пользы, т. к. после его кончины некоторые последователи активно развивали ошибочные частные мнения Оригена. В то же время к числу его учеников и приверженцев относится целый ряд выдающихся святых отцов Православной Церкви.
Можно смело сказать, что Ориген является одной из самых трагических фигур в христианской истории.