Царь Иван с женой, братом Юрием и боярами бежал из Москвы в село Воробьево и оттуда наблюдал за пожаром в Москве.
На следующий день царь с боярами поехал в Новоспасский монастырь навестить митрополита. Там царский духовник, благовещенский протопоп Федор Бармин, боярин князь Федор Скопин-Шуйский, Иван Петрович Челядин сообщили царю, что Москва сгорела волшебством, что чародеи вынимали человеческие сердца, мочили их в воде, водой этой кропили по улицам — от этого Москва и сгорела.
Вряд ли читателя удивит подобное суеверие средневековых людей. Ведь в первой половине XVI века был пик колдовских процессов в Западной Европе. Однако на самом деле пожар стал поводом для заговора против клана Глинских. Во главе его встали старейшие из Захарьиных — Юрьевых: Григорий Захарьевич и князь Федор Иванович Скопин-Шуйский. В числе заговорщиков были Иван Петрович Челядин,[16] протопоп Федор Бармин, князь Юрий Темкин, Федор Нагой и другие.
Узнав о колдовстве, царь Иван велел произвести розыск. Заговорщики провели его весьма оригинально — в воскресенье 26 июня они, собрав бояр, приехали в Кремль на площадь к Успенскому собору. Там собрали «черных людей» и спросили их: «Кто зажигал Москву?» Из толпы послышались крики: «Княгиня Анна Глинская с своими детьми волховала: вынимала сердца человеческие да клала в воду, да тою водою, ездя по Москве, кропила, оттого Москва и выгорела!»
Не ведая о готовящейся провокации, на кремлевскую площадь вместе с другими боярами приехал и Юрий Васильевич Глинский (родной брат Елены, дядя царя). Услышав о себе и своей матери такие речи, князь Юрий быстро оценил ситуацию и убежал в Успенский собор. Но как гласит летопись, «…бояре, злобясь на Глинских, напустили чернь». Народ ворвался в собор и буквально растерзал там Юрия Глинского. Затем его труп выволокли из Кремля на Красную площадь и положили перед торгом на месте, где казнили преступников. Таким образом, толпа поступила с Глинским так, как через 60 лет поступит с Лжедмитрием I.
Затем чернь бросилась грабить дворец Глинских. Дружинники и слуги Глинских оказали сопротивление, но были все перебиты. Но смерти одного Глинского заговорщикам было мало. На третий день после убийства князя Юрия толпа черни явилась в село Воробьево к царскому дворцу и потребовала, чтобы Иван выдал им на растерзание свою бабку, княгиню Анну Глинскую, и ее сына князя Михаила, которые прятались у него в покоях. В ответ Иван велел схватить крикунов и казнить. Остальная толпа в панике разбежалась.
Как видим, царь Иван пытался защитить Глинских, но тем не менее у них были все основания опасаться за свою жизнь. Князь Михаил Васильевич Глинский от страха совсем потерял голову. Вместе с давним приятелем князем Турунтаем-Пронским он решил бежать в Литву. Однако по дороге беглецы были перехвачены конным отрядом князя Петра Ивановича Шуйского. Эта операция еще раз показывает, как хорошо был спланирован заговор.
За побег в Литву в былые годы московские князья казнили смертью или заточали в темницу, но царь Иван был очень расположен к родне. Поэтому Глинский и Турунтай-Пронский посидели несколько дней под стражей, а затем были отпущены на поруки. Естественно, что Михаил Глинский потерял чин конюшенного боярина.
Теперь Глинские окончательно лишились влияния на государственные дела. Тем не менее Михаил Васильевич Глинский продолжал служить, участвовал во взятии Казани. После смерти Михаила Васильевича обширные владения Глинских отошли к его сыну Ивану Михайловичу. В конце XVI века Иван Михайлович Глинский владел как минимум 10 тысячами четвертей вотчинной земли. В начале XVII века род Глинских пресекся.
В советское время историки пытались представить события июля 1547 года как народное антифеодальное восстание. Но концы с концами у советских историков не сходились. К примеру, если бы это было стихийное восстание «черни», то неизбежно пострадали бы не только дворы Глинских и их сторонников, но и дворы других бояр, тех же Захарьиных, но, увы, этого не произошло.
После устранения Глинских значительно усилилось влияние Захарьиных-Яковлевых и Шуйских. В частности, ближайшим советником царя становится Александр Борисович Горбатый-Шуйский. Никита Романович Захарьин вскоре вступает во второй брак с его дочерью Евдокией.