Но Никон, в свою очередь, и не думал об уступках. Раз решив смирить непокорных силою своей власти, он уже не отступал от избранного плана, и по мере того, как протест разгорался и в нем принимали участие новые лица, на их головы обрушивались жестокие кары, направляемые рукой патриарха. Неронов первый поплатился за свою смелость: сперва он лишен был скуфьи и заточен в Симонов монастырь, а затем, 4 августа 1653 года, отправлен в Вологду, в Спасокаменный монастырь. Его приверженцы решились попытать еще средство отстоять своего вождя и вместе спасти от гибели свое дело и с этой целью подали царю челобитную о возвращении Неронова из ссылки, написанную протопопом Аввакумом. Последний в этот момент вообще выдвигается вперед и даже пытается после удаления Неронова руководить деятельностью всего кружка: его пламенная энергия, горячее убеждение в правоте защищаемого дела и способность умелой пропаганды вместе с готовностью идти до последней крайности в значительной степени оправдывали такие притязания, выделяя его из среды товарищей по кружку.
Далеко не все члены кружка и сторонники Неронова склонны были, однако, признать Аввакума своим вождем. В глазах некоторых из них начало гонения на кружок протопопов явилось преддверием предсказанного в Кирилловой книге отпадения русской церкви от правоверия, но у других еще преобладало примирительное настроение и нежелание доходить до безусловного разрыва с главой русской церкви, к чему явно вел протопоп. Попы Казанского собора, где он заменил было Неронова, решительно отказались признать его главенство, будучи особенно недовольны тем, что он в своих поучениях народу “много лишнего говорил”, крайне резко нападая на распоряжения церковных властей, и предложили ему служить в соборе по очереди, на правах товарищества. Напрасно Аввакум ссылался на свой сан протопопа и на то, что ему Неронов, уезжая, поручил церковь; попы отвечали, что протопоп он в Юрьевце, а не в Москве, что же касается Неронова, то он им ничего не говорил насчет подчинения Аввакуму. Тогда последний, раздраженный и оскорбленный, удалился из собора, отказавшись от всяких сношений с его священниками, и отправился в дом Неронова. Там решил он отбывать церковные службы, и сторонники его убеждали народ собираться к нему, замечая по адресу казанских попов, что “в иную пору и конюшня лучше церкви бывает”.
Но положение главы протестующего кружка, принятое на себя Аввакумом среди начавшейся борьбы, навлекало на него неизбежную месть со стороны патриарха, которого извещали обо всех его действиях. 13 августа, в субботу, когда Аввакум собрался “с братиею о Господе побдети” в сушиле в Нероновском доме, служба была прервана появлением патриаршего боярина Бориса Нелединского со стрельцами. Протопопа арестовали и отвезли на патриарший двор, где его приковали на цепь и так продержали до утра. Утром, с цепью на шее, его посадили в телегу, отвезли в Андроньев монастырь и там посадили на цепь в темном погребе. Три дня и три ночи держали здесь протопопа, не давая ему ни пищи, ни воды; только на третий день нашелся какой-то добрый человек, который тайно принес Аввакуму щей и хлеба, и в воображении узника он представлялся не то человеком, не то ангелом. На четвертый день вывели Аввакума из погреба, и архимандрит с братиею стали уговаривать его подчиниться патриарху, но не имели успеха. Перенесенные истязания, не сломив протопопа, лишь утвердили его в мысли, что он страждет за правую веру. “Журят мне, – рассказывает сам он, – что патриарху не покорился, а я от писания его браню да лаю”. Видя безуспешность первых своих попыток, монастырские власти отдали протопопа под начало, осудив его тем на целый ряд физических и нравственных мучений. “У церкви за волосы дерут, – вспоминал впоследствии Аввакум, – и под бока толкают, и за чепь торгают, и в глаза плюют”. Четыре недели провел Аввакум в таком искусе, и невеселые вести доходили до него за это время через монастырские стены. Слышал он, что и другие члены недавно еще столь сильного кружка подверглись гонению, что протопоп костромской Даниил сослан в Астрахань, протопоп темниковский Даниил заточен в Новоспасский монастырь, Лонгин расстрижен; но были вести и еще более безотрадные. Не все единомышленники Аввакума в одинаковой степени обладали твердостью духа, необходимой для того, чтобы бестрепетно выдержать гонение, и в монастырь, где под строгим началом содержался узник, дошел слух, что самый видный после Неронова и наиболее влиятельный по близости своей к царю приятель его, протопоп Вонифатьев, “ослабел”, не стоит уже так сильно за правую веру, не ратует против Никона. Но как истязания и надругательства, к которым Аввакум привык еще в первые годы своей деятельности, так и общее гонение на единомышленников и отступничество некоторых из них, смущая и опечаливая его дух, не могли все же отвлечь его от того, что он считал своим подвигом. В нем и теперь сказалась та же твердая воля аскета, неспособная отступить перед мучениями, какую он обнаруживал и раньше, только теперь изменилось его отношение к мучителям, и уже не благословениями отвечал он на истязания: убежденный в том, что он защищает православную веру от готовой поглотить ее ереси, он не жалел резких обличений, проклятий и брани по адресу еретиков – патриарха Никона и его помощников.