В таких действиях патриарха протопопы должны были увидеть личную измену прежнего приятеля, но вместе с тем, эта измена приобретала для них особенное значение благодаря той почве, на которой она совершилась. Патриарх предпочел чуждую науку русскому правоверию, сошелся с еретиками, которых сам прежде хулил; очевидно, он готовится внести ересь в русскую церковь. Такое впечатление породили действия Никона в его бывших приятелях и единомышленниках, и они с враждебной подозрительностью смотрели на патриарха, готовясь увидеть в его дальнейших распоряжениях признаки еретической новизны. Ожидания не замедлили оправдаться.
Великим постом 1653 года Никон разослал по церквам указ не творить земных поклонов в четыредесятницу, исключая лишь четырех больших при чтении молитвы Ефрема Сирина, и креститься тремя перстами, а не двумя. Для подозрительно и враждебно настроенного кружка Неронова этот указ явился началом ожидавшейся “еретической зимы”. “Мы же задумалися, сошедшеся между собою, – рассказывал впоследствии Аввакум, – видим, яко зима хощет быти: сердце озябло и ноги задрожали. Неронов мне приказал церковь, а сам един сокрылся в Чудов, – седмицу в палатке молился. И там ему от образа глас бысть во время молитвы: время приспе страдания! Подобает вам неослабно страдати!” Сильный ропот поднялся среди всего кружка Неронова. Аввакум и Даниил задумали выступить с протестом и, составив “выписку” о поклонах и о крестном знамении, подали ее Алексею Михайловичу. Этот шаг не имел последствий, но и протопопы решили не подчиняться распоряжениям патриарха и, не стесняясь, громко осуждали их. Между двумя партиями завязывалась решительная борьба, и как характеры лиц, принявших в ней участие, так и глубокое различие борющихся сторон должны были сделать ее упорной и ожесточенной.
Никон был не таким человеком, чтобы оставить без ответа брошенный ему вызов на борьбу и смиренно проглотить оскорбление. Решив показать противникам свою власть, он выжидал для этого только удобного случая, который скоро ему и представился. В июне того же года пришел от муромского воеводы донос на тамошнего протопопа Лонгина, будто он хулит иконы и лик Спасов. Обвинение было вздорное, но оно пригодилось Никону, и он, распорядившись отдать Лонгина за “жестокого пристава”, созвал для суда над ним собор из низших духовных властей – архимандритов, игуменов и протопопов. На этом соборе разразилось уже открытое столкновение между патриархом и Нероновым с товарищами. Последние горячо вступились за Лонгина, доказывая, что Никон не имел права подвергать его такому тяжелому наказанию, особенно до полного расследования дела. Всех ревностнее выступил на защиту муромского протопопа сам Неронов, который попутно подверг резкой критике все действия патриарха. “Прежде сего, – говорил он Никону, – ты имел совет с протопопом Стефаном (Вонифатьевым), и на дом ты к протопопу Стефану часто приезжал, и о всяком деле советовал, когда ты был в игуменах, в архимандритах и в митрополитах, и которые боголюбцы посланы государем блаженныя памяти к патриарху Иосифу, чтобы ему поставити по его государеву совету оных в митрополиты и в архиепископы и епископы, иных в архимандриты, игумены и протопопы, а с государевым духовником Стефаном ты тогда был в советех, и не прекословил нигде, и на поставлении их не говорил: анаксиос, а ныне у тебя те же люди недостойны стали, и протопоп Стефан за что тебе враг стал? Везде ты его поносишь и укоряешь, а друзей его раззоряешь, протопопов и попов с женами и детьми разлучаешь: доселе ты друг нам был, а ныне на нас восстал”. По словам раздраженного протопопа, Никон всему верил, в чем бы ни обвиняли их друзей, повторяя, “так-де они делают, такие-де нечестивые, а Стефан-де протопоп и Иоанн им ворам потакают”... При всем преобладании в этой критике личных мотивов, за ними слышался и более общий протест, направленный не против каких-либо отдельных действий Никона, а против всей принятой им системы, против замены благоверных московских людей “иностранными иноками, ересей вводителями”, и такой протест не мог быть удовлетворен частичными уступками.