Монашеский путь, узкий, тернистый, но благодатный, был естественным выбором для чистой души сего избранника Божия. стремившегося к совершенству, избегавшего всякого греха и соблазна века сего, желавшего посвятить всего себя Богу.
Исключительно мудрое отеческое наставление дал подвижнику ректор МДА Епископ Федор (Поздеевский). "Я знаю и не хочу скрывать сейчас, в чем твоя жертва Христу. - сказал епископ Федор. - Ты искушался и, быть может, теперь еще искушаешься любовью к той школе, которой ты служишь, и чувством опасения, как бы иночество не лишило тебя этой школы. Но что такое Академия без Христа?! 'Это пустое место и мертвый дом."
Но на отце Иларионе буквально сбылись слова епископа Владыки Федора о том, что когда человек жертвует самым дорогим, то Господь возвращает ему дело, от которого он отрекался. В апреле 1913 года он был рукоположен во иеромонаха и определен исполняющим должность доцента Московской Духовной Академии, а 30 мая 1913 года назначен инспектором Академии с возведением в сан архимандрита. 3 декабря того же года утвержден в звании экстраординарного профессора Священного Писания Нового Завета.
Владыке Илариону как ученому-богослову было отпущено совсем немного времени для научной работы меньше десятилетия: но и за кратчайший временной отрезок он сделал немало. "Верую во едину. Святую, Соборную и Апостольскую Церковь!" так кратко можно определить направление и дух eго трудов. Тема магистерской диссертации нашла продолжение в работах "Христианство или Церковь". "О необходимости историко-догматической апологии девятою члена Символа веры", "Христианства нет без Церкви". "О жизни в Церкви и о жизни церковной". Есть. среди его трудов статьи по экзегетике, работы на церковно-общественные темы, которые часто печатались в "Богословском вестнике" и журнале "Христианин". Многие положения его речи "Прогресс и преображение" нашли отклик в умах и сердцах современников. Красной нитью проходит через эту речь идея о том, что стремление к прогрессу, созданию комфортных условий существования ведет к огрублению, овеществлению человека, а устремление человека к горнему, к нравственному обновлению ведет к подлинному обновлению и человека, и общества в целом.
Как инспектор отец Иларион заботился в первую очередь о воспитании в студентах церковности, привлекал их к активной церковной, просветительской и проповеднической деятельности. Заботился он и о внешней дисциплине. Один из его студентов. С. А. Волков, впоследствии дал такой портрет архимандрита Илариона в своих воспоминаниях "Последние у Троицы": "Высокий и стройный, с очень умеренной и пропорциональной полнотой, с ясным и прекрасным взглядом голубых глаз (он был немного близорук, но никогда не пользовался очками), всегда смотревший уверенно и прямо, с высоким лбом и волосами.... с небольшой окладистой русой бородой, звучным голосом и отчетливым произношением, он производил обаятельное впечатление. Им нельзя было не любоваться... Пожалуй, целостность и была главной чертой его личности. Это смелый, исключительно талантливый человек все воспринимал творчески... Иларион благодатно влиял на меня своей личностью-прямотой, властностью в отстаивании убеждений, восторженностью совершаемого им богослужения, энергией и жизнерадостностью... Иларион любил говорить, что насколько христианин должен осознавать свои грехи и скорбеть о них. настолько же он должен радоваться бесконечной милости и благодати Божией и никогда не сомневаться и не отчаиваться в своем жизненном подвиге. У него самого была поразительная востороженность и любовь ко всему, что было ему дорого и близко - к Церкви, к России, к Академии, и этой бодростью он заражал, ободрял и укреплял окружающих".
После событий февраля 1917 года в Академии произошли перемены. Новым обер-прокурором от Временного Правительства В. Н. Львовым с должности ректора был смешен епископ Федор, а временное управление Академией возложили на инспектора архимандрита Илариона. В новом учебном году (1917/1918) ректором был избран профессор А. П. Орлов, а архимандрита Илариона после его блестящей лекции в Академии в защиту Патриаршества единодушно избрали инспектором. В этой должности ему суждено было пережить закрьпне Духовной Академии Советской властью.
