Значение Миланского эдикта в истории христианства невозможно переоценить. Впервые после почти трехсот лет гонений христиане получили право на легальное существование и открытое исповедание своей веры. Если раньше они были изгоями общества, то теперь они могли участвовать в общественной жизни, занимать государственные посты. Церковь получила право на приобретение недвижимости, строительство храмов, благотворительную и просветительскую деятельность. Изменение положения Церкви было столь радикальным, что Церковь навсегда сохранила благодарную память о Константине, провозгласив его святым и равноапостольным. Сразу же после легализации христианства Церковь начали потрясать новые расколы и ереси. Донатистский раскол возник в Африканской Церкви после того, как часть христиан отказалась признавать законным избрание Карфагенского епископа Цециллиана. На место последнего нумидийские епископы рукоположили Доната, который и возглавил партию недовольных. Учение донатистов характеризовал крайний ригоризм: они, например, считали недопустимым принимать покаяние от лиц, отрекшихся от веры во время гонения, и ставили действенность Таинств в зависимость от нравственного состояния священнослужителя. Донатизм был осужден на церковных Соборах в Риме (313) и Арле (314). однако донатисты подали апелляцию императору Константину. В 316 году император вызвал донатистов на суд, и вновь их учение было осуждено. После того как донатисты не подчинились решению церковной и светской власти, Константин приказал отобрать у них церкви и имущество, а главарей отправить в ссылку. Это было первое открытое вмешательство императора в сугубо церковный спор. Несмотря на репрессивные меры, предпринимавшиеся периодически в течение всего IV века и в первой четверти V века, донатизм просуществовал вплоть до VII века.
В начале IV века в Александрии возникла ересь Ария (256—336), пресвитера, утверждавшего, что только Бог Отец вечен и безначален, а Сын родился во времени и не совечен Отцу. «Было (время), когда не было Сына», — подчеркивал Арий, доказывая, что Сын является одним из творений Божиих, всецело отличным от Отца и не подобным Ему по сущности. Учение Ария было осуждено на церковном Соборе в Александрии около 320 года, однако ересь начала распространяться за пределы Александрии и вскоре достигла Константинополя. В 325 году император Константин созвал в Никее I Вселенский Собор, в котором приняло участие 318 епископов. Значение этого Собора заключается не только в том, что это было первое после окончания эпохи гонений столь представительное собрание епископов, но прежде всего в том, что на этом Соборе вера в Святую Троицу была сформулирована в тех терминах, в которых она сохранилась в христианской Церкви на все последующие века. Символ веры Никейского Собора, начинающийся словами «Верую во единого Бога» и содержащий изложение православной триадологии, стал классическим выражением веры Церкви.
После Никейского Собора 325 года арианство не прекратилось. Наоборот, вторая и третья четверти IV века были временем распространения арианства и гонений на его противников, главным из которых был святитель Афанасий, епископ Александрийский (ок.296—373). Четыре раза этот исповедник Православия, возглавлявший Церковь Александрии, лишался своего престола и отправлялся в изгнание, где занимался написанием сочинений против арианской ереси. Арианам потворствовала гражданская власть в лице императора Константина, в последние годы своей жизни ставшего на их сторону, а также при его преемнике Констанции и при Валенте, императоре восточной части Римской империи.
В третьей четверти IV века главным экспонентом возрожденного арианства был Евномий, епископ Кизический, говоривший о «нерожденности» Отца как Его основном сущностном признаке и об «инаковости» Сына, Который не является нерожденным и, следовательно, не имеет никакого участия в Божестве. Сын, по Евномию, не произошел из сущности Отца, но сотворен Отцом: Он есть «порождение и творение» Отца, созданное из небытия. Опровержению этой ереси посвятили свои писания три «Великих Каппадокийца» — Василий Великий, Григорий Богослов и Григорий Нисский, настаивавшие, вслед за Афанасием Александрийским и никейскими отцами, на единосущии и равенстве Отца, Сына и Святого Духа. Одной из заслуг Великих Каппадокийцев стала выработка той терминологии, которая помогла четко сформулировать единство и различия в Троице. В качестве ключевого был избран термин «ипостась», которым Каппадокийцы обозначали личностное существование, в отличие от «сущности» — термина, которым обозначили онтологическую общность. Отец, Сын и Святой Дух суть три Ипостаси, равные и единосущные одна другой, то есть имеющие одну и ту же Божественную сущность.
