Богословские формулировки сочинений Оригена, как правило, достаточно осторожны: в тех случаях, когда в церковном Предании нет ясного ответа на тот или иной догматический вопрос, Ориген либо оставляет его без ответа, ссылаясь на его недостаточную разработанность, либо предлагает свое толкование, при этом подчеркивая, что оно является его личным мнением. В то же время в трактате «О началах» наличествуют идеи, которые последующей церковной традицией были отвергнуты и осуждены. Так, например, в этом трактате обнаруживается мысль о том, что души разумных тварей первоначально пребывали в созерцании Бога, однако вследствие грехопадения охладели и были посланы в тела. В результате духовно–нравственного очищения, а также благодаря воплощению Сына Божия, души могут быть восстановлены в свое прежнее состояние: это восстановление (апокатастасис) охватит все разумное естество, включая людей, диавола и демонов. В то же время оно не будет окончательным, поскольку свобода разумных тварей влечет за собой возможность нового падения и возвращения в тела, а следовательно, и необходимость нового Боговоплощения. Идея бесконечного круга перевоплощений, вытекающая из этой теории, противоречит христианскому учению о соединении души и тела, о единственности и уникальности искупительного подвига Христа.
Личность и сочинения Оригена оказали огромное влияние на последующих церковных писателей и во многом определили дальнейшее развитие христианской мысли. Характерный для Оригена аллегорический метод толкования Ветхого Завета широко использовался в последующей христианской традиции. Почитателями Оригена в IV веке были святители Василий Великий и Григорий Богослов, составившие из сочинений Оригена сборник под названием «Добротолюбие» («Филокалия»), а также Григорий Нисский, усвоивший его богословский метод и многие его догматические взгляды.
В то же время еще при жизни Оригена начались споры вокруг некоторых пунктов его доктрины. После его смерти эти споры не прекратились. Уже в конце III века святитель Мефодий Олимпийский оспаривал учение Оригена о предсуществовании душ и природе воскресших тел. В IV веке против Оригена писали на Востоке святитель Епифаний Кипрский, а на Западе — блаженный Иероним. В 400 году в Александрии был созван Собор, осудивший оригенизм. Однако влияние Оригена сохранялось в монашеских кругах Египта и Палестины, где вплоть до середины VI века продолжались споры по тем или иным пунктам учения Оригена. В конце концов на Константинопольском Соборе 543 года, а затем и на V Вселенском Соборе 553 года оригенизм был официально осужден Церковью. Осуждению подверглись, в частности, следующие пункты, вытекающие из учения Оригена или его сторонников: о том, что человеческие души предсуществовали в мире идей, но потом отпали от божественного созерцания и для наказания посланы в тела; о том, что душа Иисуса Христа предсуществовала и соединилась с Богом Словом раньше воплощения от Девы, а тело в утробе Пресвятой Девы сначала было образовано и уже после этого соединилось с Богом Словом; о том, что Бог Слово уподобился всем небесным чинам, став для Херувимов Херувимом, для Серафимов Серафимом; о том, что тела людей воскреснут в шарообразной форме; о том, что небо, солнце, луна, звезды и превышние воды одушевлены; о том, что Христос будет распят в будущем веке за демонов, так же как за людей; о том, что сила Божия ограничена в пространстве и что Бог Сам сотворил столько вещей, сколько мог объять; о том, что наказание демонов и нечестивцев — временное и будет иметь после некоторого срока свой конец, т. е. что будет восстановление (апокатастасис) демонов и нечестивых людей. Значительная часть сочинений Оригена была после V Вселенского Собора утрачена, некоторые сочинения дошли только в латинском переводе.
Христианские писатели II–III веков, помимо защиты христианства от внешних врагов, вынуждены были реагировать на ереси, возникавшие внутри Церкви. Наиболее значимыми ересями этого периода, помимо упоминавшегося уже гностицизма, были монтанизм, савеллианство и манихейство.
