Алхимик словно бы тяготился ограничениями, налагаемыми на него законами реального мира, и неотступно стремился выйти за его пределы. Философский камень (представлявшийся не только в виде собственно камня, например рубина, но и в виде жидкости — эликсира, а также в порошкообразном состоянии, в качестве так называемого порошка проекции темно-красного цвета и довольно тяжелого) не был единственным олицетворением этой тяги к невероятному. Алхимики искали также универсальный растворитель — алкагест, не смущаясь тем обстоятельством, что если бы алкагест действительно все растворял, то уничтожил бы и содержащий его сосуд. Но сколь бы ошибочна ни была гипотеза, порой она помогает открытию истины. Так и алхимики: занимаясь поисками алкагеста, они открыли много более прозаических, но весьма полезных веществ. Алхимики пробовали также извлекать Мировой Дух (Spiritus Mundi). Эта субстанция, якобы разлитая в воздухе, насыщенная планетным влиянием, по их мнению, обладает массой удивительных свойств, в частности может растворять золото, чтобы приготовить питьевое золото — чудодейственное лекарственное средство, против которого не устоит ни один недуг.
Существует расхожее мнение, что алхимики в своих исканиях продвигались на ощупь, точно слепые. Это справедливо лишь в отношении алхимиков-суфлеров, не знавших иных способов экспериментирования, кроме метода проб и ошибок — ошибок, которые им стоили порой слишком дорого. Что же касается адептов, «герметических философов», то они имели вполне определенные теории. В основании их концепции лежал великий закон единства материи. Материя, полагали они, едина, но принимает различные формы, комбинируясь сама с собой и производя бесконечное множество новых тел. Эту первичную материю адепты называли также «причиной», «хаосом», «мировой субстанцией». Первичная материя, считали они, не есть какое-либо определенное тело, но обладает свойствами всех тел. Исходя из этого предположения, они допускали возможность трансмутации, то есть превращения металлов — простых, неблагородных — в благородные серебро и золото. Единую материю они подразделяли на три начала — «серу», «ртуть» и «соль», которые представляли собой лишь отвлеченные понятия, применявшиеся для обозначения группы свойств. Так, если металл был желтый или красный и трудно плавился, то говорили, что в нем слишком много «серы». Поскольку же под «серой», «ртутью» и «солью» могло подразумеваться практически все что угодно (а не только химические элементы сера и ртуть и химические соединения, называющиеся солями), первая проблема, с которой сталкивался алхимик, приступая к выполнению операций Великого Делания, заключалась в том, чтобы определить, из чего должна состоять «первичная материя» его экспериментов.
Наряду с «серой», «ртутью» и «солью» (которые назывались также «философской серой», «философской ртутью» и «философской солью») алхимики признавали четыре элемента: «землю», «воду», «воздух» и «огонь». С точки зрения алхимии четыре элемента, как и три начала, представляют не природные стихии, а состояния материи, качества или свойства. «Вода» служила синонимом жидкости, «земля» — твердого состояния, «воздух» — состояния газообразного, «огонь» — состояния газа, наиболее тонкого, как бы расширенного теплотой. Позднее к четырем элементам прибавили пятый — «квинтэссенцию».
Алхимики работали главным образом с металлами, проводя аналогию между ними и семью известными в Средние века планетами: золото — Солнце, серебро — Луна, ртуть — Меркурий, свинец — Сатурн, олово — Юпитер, железо — Марс, медь — Венера. Они подразделяли их на металлы совершенные, неизменяемые, каковыми считались золото и серебро, и металлы несовершенные, изменяющиеся в «известь» (окись). Алхимик, совершая определенные манипуляции с несовершенными металлами, намеревался «вылечить» их, привести в совершенное состояние — превратить, например, свинец или ртуть в золото.
Проведение аналогии между металлами и планетами служило точкой пересечения двух оккультных наук — алхимии и астрологии. Каждый алхимик непременно являлся и астрологом, ибо наблюдение за звездами было неотъемлемой составной частью алхимического делания. Это современный химик сам решает, когда и как проводить лабораторные эксперименты, алхимик же постоянно ждал указаний от звезд: работу с первичной материей можно было начинать лишь в момент строго определенной конфигурации небесных светил, в дальнейшем неукоснительно сообразуя этапы Великого Делания с положением звезд на небе. При всей простоте инструментария, находившегося в распоряжении алхимика, он, как полагают некоторые исследователи (и эту точку зрения разделяет С. Ютен), мог достаточно точно проводить наблюдения и расчеты, необходимые для того, чтобы этапы его алхимических операций соответствовали фазам небесных светил. Без телескопа тут не обойтись, поэтому возникает вопрос о приоритете: кто же первым сконструировал этот астрономический прибор — Роджер Бэкон или все же, как считается, Галилео Галилей?
