Как ни критиковали моралисты и мистики нравы новых школ и новые методы образования, именно отсюда, а не из монастырей, выходило все большее число церковных руководителей — будущих епископов и кардиналов. Так, папа Александр III некогда был блестящим преподавателем права в Болонье. При нем церковь попыталась навести порядок в хаосе школ. III Латеранский собор 1179 г. постановил, чтобы в каждом диоцезе выделялись церковные доходы на содержание преподавателей, дабы те не брали платы с учеников. Клирикам рекомендовалось не гнаться за науками, сулящими земную выгоду: за римским правом, медициной. Право на преподавание — лицензию — нужно было выдавать лишь достойным, подвергать их экзамену, и ни в коем случае не брать за это денег.
В городах школяры были чужаками, а к таким людям в те времена относились с подозрением (часто обоснованным), заступиться за них было некому. Между ними и горожанами случались стычки и споры. В 1158 г. император Фридрих Барбаросса взял студентов под свою защиту, даровав им право судиться особым, церковным судом. В 1200 г. такую же грамоту король Филипп II Август выдал парижским магистрам и студентам. Но в первую очередь им приходилось рассчитывать на себя, на силу солидарности.
Для взаимопомощи студенты и магистры создавали союзы, связанные клятвой. Им удалось вскоре добиться независимости не только от городских властей, но и освободиться от контроля епископов, от имени которых выдавались лицензии. Теперь они подчинялись только римскому папе или (реже) императору. Корпорация магистров и студентов судила своих членов, решала вопросы преподавания, следила за правильностью выдачи лицензий. Такие корпорации назывались «университетами». Собственно университетами первоначально назывались также союзы горожан, союзы ремесленников и прочие, но термин этот сохранился впоследствии лишь за объединением магистров и студентов.
Грозным оружием в руках университетов была сецессия: в случае конфликта с местными властями студенты и магистры покидали этот город и переселялись в более благоприятные места. Потеря университета ощутимо подрывала престиж властей и наносила значительный экономический ущерб. После конфликтов в Болонье студенты основывали университеты по соседству — в Виченце, Ареццо, Падуе, Верчелли. В 1229 г. парижские королевские чиновники после драки студентов с горожанами поддержали последних. Университет в полном составе покинул Париж: кто-то уехал в Оксфорд, кто-то в Анжер, Орлеан, Тулузу. В 1231 г. при посредничестве папы Григория IX университет торжественно «вернулся» в Париж, получив полное подтверждение своих прав и вольностей.
Подобно крупным феодалам и вольным городам, университеты добились определенных свобод и привилегий (право забастовки — сецессии, право своего суда, свободу от налогов и др.) и столь же упорно готовы были их защищать. Если первые университеты в Болонье, Париже, Монпелье, Оксфорде возникли сами собой (поэтому никто не может назвать дату их образования), то начиная с XIII в. университеты основывали папство, а позже — короли, князья, города, наделяя их правами и уставами по готовым образцам, чаще всего — по парижскому. На пустом месте, конечно, университеты создать было трудно — они приживались там, где ранее были какие-то образовательные центры. Но далеко не все прославленные школы XII столетия стали университетами — пришли в упадок школы в Салерно и Толедо, так и остались соборными школы в Реймсе, Лане, Шартре. От школ XII в. университеты отличались своей жесткой структурой, корпоративным устройством. Они образовывали единую систему, их статуты при всех различиях все же походили друг на друга. В определенной последовательности изучались одни и те же предметы, присваивались одни и те же степени. Официальное название университетов — "всеобщие школы" (studium generale) означало, что степени, выдаваемые там, признавались во всем христианском мире. Они, кстати, назывались: "право преподавать повсюду". Были случаи, когда один университет отказывался признавать степени, полученные в другом университете. Но в принципе универсальность степеней гарантировалась папством и теми властями, кто выдавал привилегии университетам. К концу средних веков вся Европа была охвачена сетью университетов (их было уже около восьмидесяти).
