«Товарищи Берия, Маленков, Вознесенский ведут себя в особом комитете как сверхчеловеки. В особенности тов. Берия. Правда, у него дирижерская палочка в руках. Это не плохо, но вслед за ним первую скрипку должен играть ученый. У тов. Берия основная слабость в том, что дирижер должен не только махать палочкой, но и понимать партитуру. С этим у товарища Берии слабо… У него один недостаток — чрезмерная самоуверенность, и причина ее, по-видимому, в незнании партитуры. Я ему прямо говорю: «Вы не понимаете физику, дайте нам, ученым, судить об этих вопросах», на что он мне возражает, что я ничего не понимаю в людях.
…У меня с Берией совсем ничего не получается. Его отношение к ученым, как я уже писал, мне совсем не по нутру… Следует, чтобы все руководящие товарищи, подобные Берии, дали почувствовать своим подчиненным, что ученые в этом деле ВЕДУЩАЯ, а не подсобная сила…
Мне хотелось бы, чтобы тов. Берия познакомился с этим письмом, ведь это не донос, а полезная критика. Я бы сам ему все это сказал, да увидеться с ним очень хлопотно…»
Что же не устраивало академика? Капица возражал против предложения Берии, чтобы он и Курчатов вносили альтернативные проекты и дублировали в своих научных лабораториях эксперименты. В принципе, демагогическими фразами Капица прикрывал нежелание допустить конкуренции различных научных идей.
Считая свою точку зрения единственно правильной, Капица видел в коллегиальной работе спецкомитета вред и настаивал: «Единственный путь тут — единоличное решение, как у главнокомандующего, и более узкий военный совет». Правда, Капица не называл кандидата на роль ученого — «главнокомандующего», но было очевидно, что он намекал на себя.
Сталин выполнил просьбу ученого и показал письмо Берии. Не откладывая дело в долгий ящик, нарком позвонил Капице и, отправившись в институт, попытался найти компромисс во взаимоотношениях. Однако вместо деловых предложений академик продолжал толочь в ступе воду, навязчиво повторяя свою позицию о приоритете ученых.
В историографии бытует мнение, что ученый стал «жертвой интриг» Берии. Но так ли это? Не вдаваясь в существо возникавших в тот период научных споров, следует предположить, что, видимо, они были связаны с конкретными решениями. При этом, оспаривая какие-то утверждения Капицы, Курчатов и Берия основывались на информации, полученной из зарубежных источников, происхождение которой они вряд ли афишировали. Капица об этом не знал.
Впрочем, Берия пытался использовать авторитет ученого и даже его профессиональные связи. Он получил от Капицы рекомендательное письмо к Нильсу Бору. Берия хотел выяснить, не согласится ли он сотрудничать с советскими учеными в создании атомной бомбы. В Данию сначала отправился начальник 2-го отдела НКВД Лев Василевский, а затем с рекомендацией Капицы молодой ученый Яков Терлецкий.
Бор на контакт не пошел и откровенно надсмеялся над «вербовщиками». Ответив лишь в общих чертах на поставленные вопросы, он вручил молодому ученому книгу Г.Л. Смита «Атомная энергия для военных целей». При этом Бор сказал: «В ней вы найдете более подробные ответы на интересующие советских ученых вопросы». После отъезда «делегатов» из Копенгагена об их визите он информировал датскую контрразведку.
Однако Сталин обошелся без либерального ученого Бора. Он обошелся и без Капицы. Правда, можно сказать, что он внял рекомендациям последнего… Но он сделал выбор — наоборот. Чтобы устранить препятствия в работе, он дал возможность осуществлять «единоличные решения» одному ученому, но им оказался не Капица, а академик Курчатов. 21 декабря 1945 года Капицу вывели из состава спецкомитета, а в конце года он был снят с должности директора Института физических проблем.
Позиция Капицы вредила ходу работы. Она вошла в противоречие с интересами государства. В качестве причин отстранения указывалось, что Капица «занимался только экспериментальной работой со своими установками, игнорируя лучшие заграничные установки и предложения советских ученых».
То, что Сталин отстранил Капицу от проекта — не случайно. Решение было осмысленным. Понять его позицию позволяет краткая запись беседы, сделанная Курчатовым. 25 января 1946 года Сталин вновь пригласил академика к себе. Описывая в черновых заметках эту встречу, Курчатов отмечает: «…беседа продолжалась приблизительно один час с 7.30 до 8.30 вечера. Присутствовали т. Сталин, т. Молотов, т. Берия. Основные впечатления от беседы. Большая любовь т. Сталина к России и В.И. Ленину, о котором он говорил в связи с его большой надеждой на развитие науки в нашей стране…