Дьяки становились дворянами, получали поместья, дослуживались даже до боярских чинов. Многие дворяне, которые не могли выдвинуться в толчее князей и бояр у трона, шли служить в приказы. В период правления Ивана Грозного уже создалась наследственная приказная бюрократия, обязанная своим возвышением «первому лицу» и тесно связанная между собой и с поместным дворянством. Образованные люди, видя, как управляется государство родовитыми боярами, захотели это сделать лучше, захотели вотчины и чины. Их деятельность можно было направлять на благо Родины, давая чины и земли за заслуги, а можно было использовать их как «пушечное мясо» в борьбе за самодержавную власть. В итоге «пушечное мясо» быстро научилось стрелять само, а «учитель и поводырь» Иван IV, использовавший дворян и дьяков в войне с боярами и князьями, прервал династию Рюриковичей и чуть не погубил страну. Впоследствии дьяки, пройдя горнило коллегий, сменили приказы на министерства, став чиновниками, и именно их деятельность определила ход российской истории в XIX веке.
Количество приказов в разные годы доходило до сотни. Рабочий день в приказах продолжался 16–12 часов, включая праздничные дни. Приказы были завалены нерешенными государственными делами – их число доходило иногда до 10000. До частных дел руки доходили в последнюю очередь.
Местное управление в стране осуществляли воеводы, сменившие посадников и наместников. Постепенно воеводы сосредоточили в своих руках всю полноту административной, полицейской и судебной власти. Их должность была ликвидирована только в 1775 году.
В 1552 году была взята Казань, в 1556 – без боя сдалась Астрахань. В начавшейся в 1558 году Ливонской войне после первых успехов русские войска были разбиты армиями польского короля Стефана Батория, с трудом остановленного у Пскова. По Ям – Запольскому миру 1582 года Московское царство потеряло завоеванные западные земли и устье Невы. На страну опустилась опричная ночь. Выдающийся русский историк Л.Н. Гумилев писал: «Опричнина была создана Иваном Грозным в припадке сумасшествия в 1565 году и официально просуществовала семь лет. Задачей опричников было «изводить государеву измену», причем определять «измену» должны были те же самые опричники. Таким образом, они могли убить любого человека, объявив его изменником. Одного обвинения было совершенно достаточно для того, чтобы привести в исполнение любой приговор. Самыми мягкими были обезглавливание и повешение, но, кроме того, опричники жгли на кострах, четвертовали, сдирали с людей кожу, замораживали на снегу, травили псами, сажали на кол. Главным содержанием опричнины стали совершенно безпрецендентные и бессмысленные убийства ради убийств».
Неограниченные полномочия позволяли маньяку и садисту на троне право без совета с Думой подвергать опалам и казням всех, кого он считал нужным, «с отбором на государя» их казны и земель. Для реализации «задач» по разгрому государства и был создан особый корпус опричников, разросшийся до 6000 «человек». Личная гвардия царя прославилась жестокостью, трусостью и подлостью.
Иван IV казнил всех, кто ему возражал, доказательно противоречил, был уважаем в народе, был талантливее его. Земли опальных бояр царь присваивал. Возможно, это и было главной целью опричнины. Княжеское землевладение было уничтожено, боярская оппозиция царю-маньяку подавлена.
В Московском царстве началось «великое разорение». Упадок экономики, сельского хозяйства, голод, чума в тридцати городах привели к гибели сотни тысяч людей. Некоторые историки пишут, что Иван IV казнил меньше людей, чем было убито во Франции в Варфоломеевскую ночь 1572 года, забывая добавить к казненным заваленную трупами Россию – холуи маньяка вовсю старались уподобиться хозяину.
Опричники резали, убивали, грабили страну, не делая исключение даже для монастырей. В 1571 году войска крымского хана без особых проблем подошли к Москве и сожгли столицу царства. Перепуганный «Грозный», убежавший к опричникам в Ростов, предложил вернуть татарам Астрахань. Поддержанное турками Крымское ханство решило ликвидировать власть трусливого царя-убийцы и подчинить себе все Русское государство. Только возможная гибель страны смогла остановить опричный террор.