Осенью 1606 года воевода Шеин принимал участие еще в одном сражении, на этот раз под командованием Михаила Скопина-Шуйского. Сражение произошло на реке Цахре, было длительным и упорным, и фактически сорвало прямой поход на Москву войска Ивана Болотникова — восставшим пришлось обходить Москву с запада. Разрядная книга сообщала, что на реке Пахре «воровских людей побили», но другая разрядная запись скорее свидетельствует о том, что ни та, ни другая стороны не сумели добиться победы: «Многое множество обоих падоша, не хотяше бо ни едино войско вспетитися, и не возмогоша, и тако разыдошеся».
Во время осады восставшими Москвы воевода Михаил Шеин вместе с князем Иваном Голицыным командовал полком смоленских дворян и, видимо, снова отличился: в 1607 году ему был пожалован чин боярина. Показательно, что еще до получения боярского чина разрядная книга упомянула имя Шеина в списке главных воевод царского войска: пять бояр-воевод и один окольничий — Михаил Шеин!
В мае 1607 года, в «походе царя и великого князя Василия Ивановича всеа Русии под Тулу», Михаил Борисович Шеин уже включен в число шести бояр, которые находились непосредственно с государем. Это означало признание его как большого воеводы и, по существу, сделало возможным назначение главным воеводой в Смоленск.
В Смоленск Михаил Шеин был послан из-под Тулы, сразу после ее взятия царскими войсками и пленения Ивана Болотникова в том же, 1607 году. Вот запись разрядной книги: «Из-под Тулы же послан в Смоленск боярин Михайло Борисович Шеин да князь Петр княж Иванов сын Горчаков».
В 1608 году разрядная книга уже сообщала о воеводстве Шеина в Смоленске как о свершившемся факте: «В Смоленске: боярин и воевода Михаил Борисович Шеин, да князь Петр Иванович Горчаков, да дьяк».
Это были имена будущих героев Смоленской обороны!
В первый год своего воеводства Михаил Шеин почти не занимался чисто военными делами: Польша и Россия формально еще не находились в состоянии войны, шла скрытая интервенция, польские и литовские отряды выступали как бы самовольно, без королевской санкции. Но спокойной жизнь смоленского воеводы, конечно, не была. На границе происходили постоянные стычки между «смолянами» и «литовскими людьми», те и другие жаловались своим воеводам на нападения соседей. По этому вопросу Михаил Шеин постоянно сносился с оршинским старостой Андреем Сапегой и с велижским старостой Александром Гонсевским. Сапега в своих ответных посланиях утверждал, что именитые паны вторгаются в пределы Московского государства самовольно, будто бы без ведома и даже против желания короля. От имени польского короля оршинский староста даже просил, чтобы не было нарушений перемирия со стороны московского царя, а что касается польского короля, то тот и впредь будет соблюдать все условия перемирия.
В действительности набеги на пограничные русские земли были организованы велижским старостой Александром Гонсевским и являлись частью общего плана завоевания России. Не случайно основные удары были направлены на самые северные уезды Смоленской земли — Щучейскую и Порецкую волости, через которые шла прямая дорога из Литвы к Москве.
Но были у этих набегов и другие, скрытые цели. Угрозой постоянных разорений Гонсевский и его воеводы — бывшие смоленские помещики Иван и Григорий Хрипуновы, изменившие России, — пробовали склонить на королевское «покровительство» местных дворян и крестьянское население. Так, осенью 1608 года «при шел из-за рубежа, из Литвы, с Велижа, в Щучейскую волость велижский урядник Семен Александров, брат Гонсевского, а с ним литовских людей 300 человек гайдуков, и Щучейской волости землю отводят (присоединяют) к Велижу вдоль на 70 верст, а поперек на 20 верст; а из Щучейской волости итти им в Порецкую волость» В Щучейской волости поляки «выграбили четыре деревни, животы и статки поимали, а иных в полон взяли». Весной 1609 года начались нападения на Порецкую волость, сопровождавшиеся грабежами и угоном в плен крестьян. Пострадавшие крестьяне засыпали смоленского воеводу слезными челобитными, из которых складывается картина поголовного разорения и литовских грабежей. Вот что писали, например, крестьяне трех деревень Порецкой волости — Козыревой, Немытковой и Кондратовой: «Нас, бедных сирот твоих государевых, воевали, да сожгли, государь, в трех деревнях пятнадцать дворов и на тех дворах сожгли и ржи и ярового всякого хлеба 1000 и 30 в смоленскую меру, да на тех дворах сожжено коров и всякой дробной животины пятьсот, да взяли наших животов в полон с тех с трех деревень пятьдесят лошадей на сорок коров дойных и быков, да выдроли, государь, семьдесят роев пчел, а мы, государь, сироты твои государевы бедные, воеванные, от тех литовских людей убежали на лесы и за реки с женишками и с детишками. Нам, бедным, воеванным, жити негде, на тех пожженных деревнях жить немочно и пахать не на чем и твои государевы пошлины платить нечем».
