После ухода армии в Азове остался сильный гарнизон из выделенных полков дивизий Лефорта, Гордона, Головина и Ригемана. Покорители Азова стали его защитниками. Всего гарнизон насчитывал пять тысяч пятьсот девяносто семь солдат и две тысячи семьсот девять стрельцов — этого было вполне достаточно для защиты крепости. Воеводой в Азове оставили стольника князя П. Львова, а с ним дьяков В. Русинова и И. Сумороцкого.
Но Петр 1 считал, что для прочного закрепления в низовьях Дона и на Азовском море необходимо окружить Азов цепью крепостей и построить морскую гавань в Таганроге (место для гавани он выбрал лично). Кроме того, летом ожидался демарш турецко-татарской армии — примириться с потерей Азова султан конечно же не сможет!
Следовательно, нужно готовиться к летней кампании 1697 года и вновь посылать к Азову сильную армию.
На этот раз не было сомнений в выборе главнокомандующего — им мог стать только Алексей Семенович Шеин. 6 января 1697 года назначение состоялось. Учитывая предстоящие большие и сложные фортификационные работы, в помощь генералиссимусу был придан генерал Гордон, опытный военный инженер. Гордон писал в своем дневнике: «6-го в среду рано утром я был вызван ко двору и получил приказ итти в Азов с боярином А. С. Шеиным». Шеин возглавил Пушкарский приказ, а затем еще два военных приказа — Иноземный и Рейтарский, получив, таким образом, всю полноту военной власти в стране.
Сборы проходили быстро, без пресловутой московской волокиты, в чем не без оснований можно увидеть твердую руку нового командующего.
10 января шести московским стрелецким полкам было «сказано» идти в Азовский поход.
22 января был объявлен поход в Азов московскому дворянству.
Готовились к походу солдатские полки.
Всего армию Шеина предполагалось составить из тридцати семи тысяч четырехсот семидесяти пяти человек, фактически же в ней оказалось тысячи на четыре меньше: дворянская конница — шесть тысяч четыреста девятнадцать человек, два московских выборных солдатских полка Лефорта и Гордона — девять тысяч шестьсот двадцать пять человек, пять полков городовых солдат — четыре тысячи пятьсот человек, шесть стрелецких полков — четыре тысячи восемьсот восемьдесят один человек, два смоленских полка — девятьсот тридцать шесть человек, казаков и калмыков — семь тысяч восемьсот девяносто два человека.
Значительное количество конницы (немногим меньше половины армии) вполне объяснимо: именно конница нужна была для войны в степях с крымскими татарами, для охраны дорог и обозов. Штурмовать новые турецкие крепости никто не собирался, война предполагалась чисто оборонительного характера: прочно закрепить за Россией Приазовье. Поэтому не нужна была Шеину тяжелая осадная артиллерия.
Генералиссимус получил приказ закончить укрепления Азова, построить против города на северной стороне Дона новую крепость, устроить гавань в Таганроге и соорудить для защиты города крепость Троицы и форт Павловский на Петрушинской косе.
Был еще один «наказ», грандиозный, но, к сожалению, неосуществимый: прорыть канал между Волгой и Доном на месте старинного казачьего «волока». Весной 1697 года для этого строительства было даже собрано двадцать тысяч землекопов, назначен инженер — иностранец Бреккель.
Еще одна армия, под командованием князя Я. Ф. Долгорукова, формировалась в Белгороде. Ей предназначалась вспомогательная роль — отвлекать на себя силы крымского хана и турецких пашей, стоявших гарнизонами в приморских городах. Такой же приказ получил гетман Мазепа.
«Цесарский» посланник при русской армии Плейер доносил в Вену: «Белгородской и гетманской армии предписано приблизиться к Крыму и удержать татар от всякого соединения с турками. Однако в этом году решено воздержаться от всякого наступления, разве что только представится случай покорить в подданство его царского величества кубанских и приазовских татар, — и по возможности заняться укреплением Азова и других лежащих при Черном море мест».
Генералиссимусу Шеину предстояло действовать совершенно самостоятельно: в марте 1697 года Петр I отбыл в Европу с Великим Посольством. Но царь постоянно интересовался азовскими делами и получал донесения от Шеина. Из этих писем мы узнаем и о ходе подготовки похода, и о военных действиях. 8 апреля в Риге царь получил почту из Москвы, датированную 26 марта 1697 года, в которой сообщалось, что генерал Гордон выступит в поход на следующий день, что царские распоряжения о постройке Таганрога приняты к исполнению, что сам Шеин собирается в путь, но Большая казна скупится на деньги для «ратных людей», что полтавские казаки разгромили большую крымскую орду, приблизившуюся к русским владениям.