«Несмотря на все факты, доказывающие несомненность наличия гнусного убийства, целый ряд лиц утверждает, что члены Царской семьи не были расстреляны, а были перевезены в Пермь или Верхотурье. Ввиду этого было произведено специальное расследование, которое, однако, не подтвердило эти слухи, так как не нашлось ни одного лица, которое само бы видело отъезд Царской семьи».
То, что министр вынужден был упомянуть об этих слухах, показывает, как широко они распространились.
Так появилась версия исчезновения Царской семьи из дома Ипатьева в Екатеринбурге, превратившая эту историю в легенду и вызвавшая появление целой толпы самозванцев. Версия эта появилась уже в самом начале белогвардейского расследования, но ее призрак витал и витает до сих пор над всем «Царским делом».
Капитан Д.А. Малиновский, первым взявшийся за поиски трупов, позднее, на допросе у следователя Н.А. Соколова (17–18 июля 1919 года), показал: «В результате моей этой работы по этому делу у меня сложилось убеждение, что Августейшая Семья жива. Мне казалось, что большевики расстреляли в комнате кого-нибудь, чтобы симулировать убийство Августейшей Семьи, вывезли ее по дороге на Коптяки, так же с целью симуляции убийства, здесь переодели ее в крестьянское платье и затем увезли отсюда куда-либо, а одежду Ее сожгли. Так я думал в результате моих наблюдений и в результате моих рассуждений… Мне и казалось, что все факты, которые я наблюдал при расследовании — это симуляция убийства…я не мог, и сейчас не могу себе представить, чтобы власть в Германской империи не приняла никаких мер к спасению Императрицы, немки по крови, связанной узами родства с Германским императорским Домом, а через нее и Императора и Их Семью. В то время Германия была сильна и я представлял себе, что, просто-напросто, вывезли Августейшую Семью куда-либо, симулировав ее убийство».
Тем не менее, группа Д.А. Малиновского получила единственное вещественное доказательство того, что в районе Ганиной Ямы находились не только сожженные вещи, принадлежащие членам Царской семьи, но могли находиться и чьи то трупы. В шахте, после того, как из нее откачали воду, был найден отрезанный человеческий палец и два кусочка человеческой кожи.
В подлинных материалах белогвардейского следствия имеется протокол допроса белогвардейского офицера Л.Н. Попова-Шабельского от 4 июня 1921 года, допрошенного следователем Н.А. Соколовым.
Этот свидетель, в составе группы офицеров под начальством генерала Дмитрия Ивановича Аничкова, был отправлен в г. Екатеринбург для спасения государя императора и его семьи. Но в Екатеринбург он прибыл 16 июля один, почти вся остальная группа была арестована в Перми.
Вот как он описывает обстановку в Екатеринбурге в конце июля 1918 года: «Тут мне удалось узнать, не помню от кого именно каким способом, что из Екатеринбурга в Москву была большевиками отправлена телеграмма: «Семью похитили. Что делать?» Ответ был такой: «Скрыть. Инициировать убийство». Затем мне удалось узнать, что в доме Ипатьева были найдены волосы великих княжон: очевидно, они были в последнюю минуту острижены.
В Екатеринбурге было почти всеобщее убеждение, что Царскую семью увезли и для отвода глаз кого-то расстреляли в доме Ипатьева. Увезли ее, несомненно, по дороге мимо Коптяков. К этому убеждению пришел и я…В Самаре, которая была в руках у чехов, мне чешская контрразведка (не помню кто именно) говорила: «Царская семья разделилась, и они спаслись, уехав в разные стороны»…Один эсер обратился однажды к Троцкому с ходатайством об освобождении каких-то арестованных. Троцкий ему ответил: «Отстаньте! Какие арестованные? Царя украли!»
Ротмистр Григорий Григорьев мне говорил, что Юлия Александровна Ден получила от Великой княжны Ольги Александровны письмо с датой от 5 ноября 1918 года, в котором она писала Ден, что все живы».
Не верил в расстрел Царской семьи и допрошенный следователем Сергеевым Сакович. Сакович был далеко не рядовым свидетелем: при советской власти в Екатеринбурге он был комиссаром здравоохранения при Уральском областном Совете депутатов и присутствовал на его заседаниях, когда принималось решение о расстреле Николая II и когда Юровский рассказывал о выполнении этого решения.