Каменных истуканов, виденных генералом Дэ Йо, спустя полстолетие нашел русский топограф А. Ф. Голубев в районе Тюпа, на восточном побережье. Но Голубев не был ни историком, ни археологом и потому не обратил на них особого внимания.
В 1842 году недалеко от мыса Кара-бурун, на восточном побережье, волны озера выбросили медный котел огромной величины. Котел этот был доставлен нашедшими его киргизами кокандскому хану.
В 1847 году на древних развалинах крепости по течению речки Кара-кол найден клад, состоящий из 96 серебряных монет. В 1850 году на северном побережье местные киргизы снова нашли медный котел.
Сохранилось предание о том, что в 40-х годах XIX века беглый русский каторжник, нашедший убежище у киргизского манапа Урмана, ходил по озеру на плоту и затем рассказывал, что посередине озера есть мель и на ней под водой видны какие-то камни, напоминающие развалины города.
Таковы первые сведения об археологических памятниках Иссык-Куля, дошедшие до нас. Основы их серьезного изучения заложил П. П. Семенов-Тян-Шанский. Он первым из русских путешественников узнал о предметах, выбрасываемых волнами озера, и о существовании подводных развалин. Правда, сам Семенов развалин этих не видел, но он не сомневался в их существовании и полагал, что развалины эти — остатки усуньского города Чи-гу.
После сообщений П. С. Семенова у русских ученых пробуждается интерес к Иссык-Кулю и его историческому прошлому, а в научной литературе до революции появилось свыше двух десятков статей, посвященных этому вопросу. Иссык-кульские археологические памятники заинтересовали и западноевропейских ученых, о них писали венгерский историк академик У. Ковешд в 1879 году, французский историк Р. Пампелли в 1905 году и другие.
Более всего занимали исследователей подводные развалины в районе современного курорта Койсары, в урочище, носящем то же название, на восточном берегу озера. Поражало, что здесь, в прибрежной полосе, в изобилии находились обожженные кирпичи и черепки глиняной посуды, указывавшие на существование значительного поселения в прошлом. На побережье озера исследователи не раз обнаруживали остатки зданий. Находили также жернова, куски стекла, различные монеты, медные вещи и прочее. От местных рыбаков были получены сведения о существовании каких-то стен на дне озера. Вот эти-то развалины и получили особо громкую известность — изучение их представляло большой интерес для науки, но в те времена они были недоступными исследователям, так как находились под водой. Вокруг этих развалин разгорелся научный спор. Одни исследователи утверждали, что, ведя наблюдение с лодок, они ясно видели на дне кирпичные стены, составлявшие отдельные здания и даже целые кварталы улиц. Другие же говорили, что так называемые стены есть лишь плод богатого воображения и что в действительности это гряды сланцевых пород.
Решить, кто был прав, так и не смогли. Ведь найти одно и то же место на дне озера двум различным людям в разное время очень трудно, и то, что увидел один, другой мог проглядеть.
Подводные развалины находили также при устье реки Тюп на северо-восточном побережье, в районе селения Туроайгыр и деревни Чон-Койсу (Курское) на северном берегу.
Тут снова возникли разногласия: одни считали остатками города Чи-гу развалины в устье Тюпа, другие — развалины в районе Койсары.
Академик В. В. Бартольд, посетивший озеро в 1893/94 году, обнаружил у Койсары кирпичи с остатками глазури и кусок стены здания с чисто мусульманским орнаментом, а это говорило о том, что развалины относятся не к эпохе усуней, а к значительно более позднему времени — средним векам. Кроме того, как утверждал Бартольд, усуни были кочевым племенем, поэтому у них не могло быть значительных оседлых поселений, тем более городов с фундаментальными кирпичными постройками.
По мере того как все новые исследователи появлялись на Иссык-Куле, росло количество обнаруженных ими различных археологических памятников. Кроме подводных развалин, каменных изваяний и отдельных предметов домашнего обихода, тут нашли наземные остатки крепостей и поселений, земляные и каменные сооружения из кирпича, курганы и могильники, старые мусульманские кладбища с загадочными письменами на надгробных плитах и христианские кладбища, отдельные камни с надписями, остатки оросительных сооружений — так называемые «калмыцкие» арыки, человеческие кости, кости мамонта и наскальные рисунки. Одним словом, целый музей древностей.
