Следующим ударом по планам Пилсудского в Царстве Польском стало отступление разгромленной на Люблинщине армии генерала Данкла и группы генерала Куммера на исходные позиции в первой декаде сентября 1914 года. Вместе с армией отступали и легионеры Пилсудского, так и не принявшие участие ни в одном сколько-нибудь серьезном бою. По свидетельству его подчиненных, будущий маршал внутренне протестовал против оставления Царства Польского и отступления в Галицию. 13 сентября его легионеры даже получили благодарность австрийского главного командования за образцовое отступление.
Уже в эти сентябрьские дни 1914 года австрийцам должно было стать понятно, что в лице Пилсудского они получили не самого дисциплинированного офицера ландштурма. Так, он отказался раздать бойцам своего полка черно-желтые нарукавные повязки, как он позже язвительно комментировал, «опасаясь, чтобы не были профанированы цвета опекающего нас государства». Получив приказ организовать оборону участка фронта на правом берегу Вислы, он самовольно приказал переправиться на противоположный берег. В результате было нарушено взаимодействие с соседями слева и справа и затруднена связь с основными силами армии. Если бы противник вдруг начал наступление крупными силами на позиции полка, трудно было бы предсказать его последствия. К счастью, русская армия вела боевые действия на других участках фронта, поэтому легионеры Пилсудского спустя несколько дней без помех вернулись на правый берег, причем Пилсудский переправился на последнем пароме.
8 октября он лично, без согласования с командованием легионов, присвоил группе своих подчиненных офицерские звания. До этого они пользовались названиями своих подразделений с добавлением, как в армии Тадеуша Костюшко во время восстания 1794 года, слова «гражданин»: гражданин отделенный, гражданин взводный и т. д. Не все его назначения были впоследствии подтверждены австрийцами, но в его полку, а затем бригаде они строго соблюдались. Сохранил Пилсудский в своем полку и фуражки-мацеювки, хотя все другие полки носили конфедератки (четырехугольные фуражки польских военных формирований конца XVIII – начала XIX века).
В это же время немецкая армия успешно развивала наступление на Варшаву. Ситуация на фронте подтолкнула Пилсудского к мысли о налаживании связей с Германией и выводе таким образом легионеров из-под австрийского командования. Не без его ведома 21 сентября 1914 года в Берлин выехали Йодко-Наркевич и Сикорский для налаживания взаимодействия с германскими политическими и военными кругами. Им удалось с помощью известного польского политика из Верхней Силезии, депутата рейхстага Войцеха Корфанты встретиться с рядом сотрудников военного министерства, министерства внутренних дел и министерства иностранных дел. Немцы много и охотно рассуждали о перспективах решения вопроса о Царстве Польском после победоносного окончания войны, но добиться от них каких-либо политических обещаний применительно к текущему моменту не удалось. Сикорский вернулся в Краков, а к Йодко-Наркевичу присоединился Сокольницкий, до этого безуспешно пытавшийся установить контакты со ставкой фельдмаршала Пауля фон Гинденбурга.
На этот раз объектом их усилий стало командование 9-й германской армии, которая вела боевые действия на территории Царства Польского. Партнером по переговорам был специально назначенный куратором польского направления капитан Людерс. 3 октября представителями штаба армии и Польской национальной организации было подписано тайное соглашение о сотрудничестве. Немцы разрешали ПНО вербовку на оккупированной ими территории добровольцев в польский легион, их военную подготовку и сбор необходимых для этого материальных и финансовых средств, а также ведение политической деятельности. Со своей стороны, ПНО обязалась осуществлять диверсии, саботаж и сбор разведывательной информации в занятых русскими районах Царства Польского. В документе прямо говорилось, что немцы в ближайшее время не собирались использовать польские полки в боевых действиях на фронте, то есть у Пилсудского почти не оставалось шансов на серьезное воздействие и на этого союзника при решении вопроса о будущем Царства Польского. А этот момент, как тогда казалось, мог наступить в самое ближайшее время – германская армия находилась на ближних подступах к Варшаве.
