На определение линии поведения в изменившихся обстоятельствах Пилсудскому потребовалось некоторое время. Для начала, в конце августа 1914 года, когда австрийцы уточняли свое отношение к польским добровольческим формированиям и ГНК, а также решали личную судьбу командира стрелков, он попытался обеспечить себе серьезное влияние на военный департамент ГНК. С этой целью для работы в этом учреждении были откомандированы офицеры его полка Мариан Янушайтис, Мариан Кукель, Казимеж Фабрицы, Мечислав Трояновский. По свидетельству Славека, они якобы должны были саботировать, по возможности, работу австрийского командования, а также убеждать, что только полностью независимое от Центральных держав национальное движение и Пилсудский могут пробудить повстанческие настроения в русской Польше. Но из задумки коменданта ничего не вышло – по разным причинам эти офицеры отказались или не смогли сыграть отведенную им Пилсудским роль. Но зато у него была возможность получать конфиденциальную информацию о действиях военного департамента.
В связи с тем, что австрийцы решительно требовали ликвидации военных комиссариатов Национального правительства на местах, а общество Царства Польского не проявляло к ним ни малейшего интереса, Пилсудский в начале сентября 1914 года принял решение о их преобразовании в Польскую национальную организацию (ПНО), состоявшую исключительно из выходцев из Царства Польского. Возглавили ПНО его старый соратник по ППС Йодко-Наркевич, что было равнозначно его политической реабилитации, а также Сокольницкий, в августе назначенный Пилсудским гражданским комиссаром Келецкой земли. Актив новой организации составили старые, испытанные товарищи Пилсудского Василевский, Малиновский, Перль, Сулькевич, а также Владислав Мех, Иза Мощеньская-Жепецкая, Казимеж Праусс, Вацлав Токаж и др.
С помощью ПНО Пилсудский предполагал решить несколько задач. Во-первых, устранить с политической сцены призрак тайного Национального правительства в Варшаве, который совершенно не вписывался в новую реальность. Нельзя было служить одновременно двум политическим центрам, один из которых был чистой воды мистификацией и давал о себе знать только устами Пилсудского. Во-вторых, следовало попытаться сохранить под новым названием созданную усилиями прибывших из Галиции соратников сеть военных комиссариатов, которая могла понадобиться в будущем, в изменившихся условиях. В-третьих, ПНО в случае успеха плана мог стать политической базой Пилсудского в Царстве Польском, так как ГНК ограничил свою деятельность только Галицией.
Кроме того, он планировал использовать ПНО в контактах с немцами. Первое непосредственное знакомство с германскими военными произошло 19 – 21 августа в Кельце. Они произвели на Пилсудского позитивное впечатление, так как, в отличие от австрийцев, не требовали от него роспуска комиссариатов и демонстрировали готовность к сотрудничеству.
Согласно опубликованной программе ПНО ее официальными целями являлись содействие вооруженному антирусскому восстанию в Царстве Польском и созданию польской армии, а также формирование в обществе понимания целей борьбы Пилсудского и его единомышленников.
К этому же времени относится начало конфликта Пилсудского с военным департаментом ГНК и командованием Западного легиона. О конфликте пишут все биографы Пилсудского, обычно, вслед за ним самим и его окружением возлагая вину на противоположную сторону, особенно на В. Сикорского и В. Загурского. Представляется, что вопрос не столь прост. Причина конфликта крылась не в том, что эти и другие офицеры отговаривали волонтеров от вступления в 1-й полк Пилсудского под тем предлогом, что это не воинская часть, а политиканы, банда, не желающая носить предписанные черно-желтые нарукавные повязки. Ведь еще в первые дни войны Пилсудский назначил Сикорского военным комиссаром Галиции, чем даже вызвал недовольство своего ближайшего сподвижника Славека, а уже месяц спустя зачислил его в разряд своих недоброжелателей. Значит, в течение нескольких недель во взаимоотношениях соратников произошли какие-то серьезные события. Известно лишь одно из них, Пилсудский из лидера движения и руководителя всех стрелков превратился в командира всего лишь одного полка легионов, а Сикорский стал руководителем военного департамента ГНК и де-факто начальником Пилсудского. Поневоле закрадывается подозрение, что причина крылась в ущемленном честолюбии Пилсудского. Не способствовало сохранению прежних доверительных взаимоотношений и нежелание Сикорского, Загурского, Янушайтиса быть марионетками в политических играх Пилсудского, а также объясняться перед главным командованием армии, почему полк Пилсудского не носит предписанные формой одежды ополченцев нарукавные повязки, обеспечивающие им статус комбатантов.
