Выход нового издания перевода книги А. Секки сопровождался, естественно, новыми претензиями цензуры. Об этом подробно рассказывается в прошении Павленкова, направленном 22 декабря 1879 года на имя начальника Главного управления по делам печати В. В. Григорьева. «Третьего дня было заарестовано до выхода в свет изданное мною сочинение Секки “Единство физических сил” (2-е издание), — пишет Павленков. — Представитель цензурного комитета объяснил мне, что задержание книги последовало за приложение к книге Секки двух лекций Тиндаля и Баркера, и что если я соглашусь их вырезать, то издание будет немедленно выпушено. Так как я готовил 2-е издание Секки к съезду естествоиспытателей, уже открывшемуся, то арест книги нарушает все мои расчеты, а потому я готов пожертвовать обоими приложениями, лишь бы только “Единство физических сил” можно было выпустить до закрытия съезда. Вы крайне меня обяжете, если сделаете распоряжение о немедленном снятии ареста с опечатанной книги Секки, — только безотлагательное распоряжение может сколько-нибудь помочь делу в данном случае. Переводчик “Единства физических сил” Ф. Павленков».
Как видим, в короткие месяцы после возвращения из вятской ссылки Павленков не тратит времени даром. Но не долго продолжалось его увлечение работой. Издатель Павленков теперь ведь до самого своего последнего часа в царской России будет оставаться лицом политически неблагонадежным. Полиция постоянно проводила у него обыски: не обнаружится ли причастности издателя к тем или иным крамольным действиям противников самодержавного режима? 25 февраля 1879 года Флорентий Федорович подвергается аресту. До 5 мая, то есть в течение двух с половиной месяцев, он содержится в заточении в одиночной камере дома предварительного заключения. Причина ареста издателя так и не была прояснена. В. Д. Черкасов предполагал, что поводом послужили знакомство Ф. Ф. Павленкова и деловые отношения с арестованным тогда по делу Зиновьева М. П. Надеиным.
Имеются также свидетельства, что Павленков сочувственно относился к террористическим действиям против существующих в России самодержавных порядков, которые осуществлялись сторонниками «Народной воли». В. Г. Короленко в «Истории моего современника», коснувшись этой темы, так передавал умонастроение Павленкова той поры, когда они находились в одной камере в Центральной пересылочной тюрьме Вышнего Волочка, ожидая навигации, чтобы быть отправленными в административную ссылку в Сибирь.
«Он был “сочувствующий” — это несомненно. Однажды в нашей камере затеялся разговор о том, что можно делать для политического развития России, кроме террора. Я продолжал доказывать, что необходимо поднять уровень сознания в народе, что для этого необходимо идти с широкой проповедью культуры со стороны мирной интеллигенции и нелегально проводить только политические взгляды о необходимости изменения строя. Павленков резко возразил: просвещение подавляется, учитель превращен в казенную машину для обучения азбуке, а идейная работа требует совершенно “сверхсметных” качеств со стороны пропагандистов. Остается только один путь. Это — “террор”». Вслед за этим В. Г. Короленко приводит такой комментарий к этому эпизоду: «Меня поразил тогда решительный тон, прозвучавший в этом возражении. Вообще мягкий и слабый голос Павленкова звучал какими-то гневными тонами. Большинство собеседников с ним соглашались. Это носилось в воздухе… Это была сила вещей».
Подобное утверждение находим и в воспоминаниях еще одного павленковского товарища по несчастью С. П. Швецова. Ему также довелось коротать длинные месяцы вышневолоцкого заключения в одной камере с Флорентием Федоровичем. «Как ни возмутительно и по формам своим ни глупо было это постоянное преследование Ф. Ф. Павленкова со стороны администрации, — писал Швецов, — но я все-таки должен признать, что чутье не обманывало ее: Павленков, конечно, был одним из самых упорных врагов царской власти. Ко всему дому Романовых и к личности Александра II он питал глубокую ненависть, — иначе я не могу охарактеризовать его к ним отношения.
