В 1947 году именно таково было мнение американского военного трибунала. Скорцени вменили в вину многочисленные преступления, связанные с проведением операции «Грайф», в том числе убийство американских военнопленных. Во время суда судьи выслушали показания Форреста Йео Томаса, легендарного британского агента, который тесно сотрудничал с французским Сопротивлением. Йео Томас, известный также во время войны как Белый Кролик, рассказал суду, что поручал своим оперативникам задания, для выполнения которых требовалось переодеваться в немецкую форму. В результате этих и других свидетельских показаний в конце концов Скорцени был оправдан по всем пунктам обвинения, хотя и не выпущен на свободу.
После суда он провел несколько месяцев в лагере в немецком городе Дармштадте, ожидая начала процесса денацификации. Некоторые страны-союзники, такие, как Чехословакия и Бельгия, требовали экстрадиции Скорцени, чтобы он предстал перед судом по другим обвинениям. Когда он обратился за поддержкой к Йео Томасу, ответ британского героя был краток: «Беги!» Вскоре Скорцени последовал его совету. В июле 1948 года трое бывших эсэсовцев, переодетые в форму американской полевой полиции, подъехали на машине к воротам дармштадтского лагеря, в котором содержался Скорцени, и, предъявив якобы официальные бумаги, вывезли знаменитого пленника на свободу (по крайней мере так рассказывают). (Некоторые авторы утверждали, что побег Скорцени из лагеря организовало ЦРУ — с тем чтобы в дальнейшем пользоваться его услугами.)
Последние годы жизни Скорцени, которые он провел в Южной Америке и Испании, окутаны тайной. Они стали предметом самых невероятных домыслов. Впрочем, некоторые вполне могут соответствовать действительности. Так, например, ряд авторов утверждают, что в послевоенные годы Скорцени оказывал услуги ЦРУ, а также работал в Аргентине на чету Перонов (поговаривают даже, что у него был роман с супругой аргентинского диктатора Эвитой). Он также сыграл ключевую роль в создании сети «ОДЕССА» — подпольной организации, чьей целью был переезд из Германии бывших нацистов, чтобы те избежали карающей руки правосудия за границей.
Нередко правда оказывается даже фантастичнее вымысла. В 1989 году стало известно, что в начале шестидесятых годов Скорцени какое-то время работал на израильскую разведку «Моссад». Согласно сообщениям прессы, он помогал Израилю сорвать план Египта, намеревавшегося использовать нацистских специалистов с целью создания ракет.
Скорцени умер от рака в 1975 году в Мадриде.
После войны имя Отто Скорцени стало синонимом спасителя Муссолини. Сам он не имел ничего против. Разумеется, его слава служила источником вечного недовольства для генерала Штудента и немецких парашютистов, чья обида на Скорцени пережила даже холодную войну. По мнению историка Чарльза Уиттинга, который в семидесятые годы брал у Штудента интервью, бывший глава десантных войск даже спустя тридцать лет после похищения Муссолини имел на Скорцени зуб. Штудент умер в 1978 году.
До своей смерти в 2001 году майор Морс также продолжал восхвалять воинскую доблесть люфтваффе. «Операцию спланировали и провели десантники». Морс пояснял в своем интервью, опубликованном в 1987 году в «Лос-Анджелес Таймс»: «На протяжении сорока лет заслуги приписывались Скорцени. Его версия — это своего рода волшебная сказка. Дело в том, что Скорцени и его диверсанты-эсэсовцы участвовали в операции, скорее, как пассажиры самолета. Группу захвата возглавлял фон Берлепш».
По словам Морса, его собственная роль при проведении операции была многим непонятна, потому что он оставался в долине. «Я предпочел остаться с двумя ротами в долине на тот случай, что, если что-то пойдет не так с планерами, я смогу взять на себя руководство операцией и решать, что делать дальше. Позднее многие этого не поняли, однако моя задача заключалась в общем руководстве операцией, а не в каком-то отдельном ее аспекте».
Другой офицер-десантник, Арнольд фон Роон, служивший во время войны майором в штабе генерала Штудента, утверждал, что суть операции была искажена по политическим мотивам. «Как только Гитлер решил, чтобы именно Скорцени и диверсанты из числа эсэсовцев возглавляли операцию, в этом стало невозможным кого-либо переубедить. Генерал Штудент не хотел вступать в споры с Герингом по поводу того, кому принадлежат заслуги, и потому никогда не оспоривал расхожего мнения, полагая, что история сама все расставит по своим местам».
