В начале княжения Иоанна III в Новгороде образовалась сильная сторона людей, которые, видя усиление Москвы, грозившей их воле, хотели подчиниться великому князю Литовскому Казимиру на выгодных для Новгорода условиях; но была и другая сторона, которая хотела остаться при Москве, не хотела литовского князя, потому что он был католик. Первая сторона, во главе которой стояли бояре Борецкие со своей матерью, Марфою, вдовою бывшего посадника, взяла верх и отдала Новгород под покровительство Казимира, который обязался оставить в Новгороде все так, как было, и защищать его от Московского великого князя. Иоанн, узнавши об этом, пошел с войском на Новгород в 1471 году, разбил новгородцев и заставил их просить мира: они заплатили ему деньги и обязались не поддаваться Литве; а в 1478 году Новгород подчинился великому князю окончательно, отказавшись от веча и посадника, потому что Иоанн объявил: «Хочу властвовать в Новгороде, как властвую в Москве».
Великий князь взял у новгородцев, у архиерея, у монастырей и у светских людей часть их земель, которые должны были идти на поместья служилым людям. Новое Русское государство, составленное московскими князьями, было государство бедное, доходы великих князей были очень невелики, потому что народу было мало, мало городов, где процветали бы промыслы, торговля; а между тем опасности со всех сторон, надобно отбиваться от врагов, надобно, следовательно, иметь большое войско; но как его содержать, на войско идет много денег; денег нет, но много земли, и потому стали раздавать земельные участки тем, кто шел служить к князю; пока служил, земля оставалась за ним, переставал служить, землю отбирали; эти-то земельные участки и назывались поместьями, а владельцы их помещиками. Были и вотчинники, которые вечно владели своими землями, потому что получили их в наследство от предков; но богатых вотчинников, которые бы могли служить, не нуждаясь в пособии, в жалованье правительства, было немного; большей части из них великий князь раздавал также поместья.
Ко времени Иоанна III к двору великого князя в Москву набралось много князей, лишившихся своих княжеств вследствие собрания Русской земли; все они вступили в службу к великому князю и заняли главные места; но так как они не сохранили своих княжеств, а только несколько земель из них, то и они не были богаты, притом вотчины их все уменьшались, потому что делились поровну между детьми; наконец, вотчины уменьшались оттого, что каждому хотелось при смерти дать что-нибудь в церковь, особенно в какой-нибудь монастырь, на помин души, денег не было, и давали на помин души земли; монастыри обогащались, а светские землевладельцы беднели и должны были просить у великого князя поместий, чтоб иметь возможность служить, т. е. по первому призыву являться на войну на коне, в полном вооружении и приводить с собою некоторое число вооруженных людей, почему в старину и говорили, что служилый человек должен был являться на войну конен, люден и оружен. Много нужно было Иоанну III земель на раздачу в поместья, потому что много надобилось войска: войны были частые. В 1472 году покорена была Пермская страна, и русские воеводы ходили за Уральские горы: нужно было унять дикие народы, здесь жившие, от набегов на русские владения. В 1489 году подчинена была Вятка, поселение новгородское, которое хотело жить по-новгородски и не всегда слушалось великого князя.
Татарское царство в это время делилось на три независимые орды — Волжскую, или Золотую, Казанскую и Крымскую; хан Золотой Орды, Ахмат, все еще думал, что великий князь Московский должен платить ему дань, и сердился, не получая ее. В 1480 году, сговорившись с Казимиром Литовским действовать заодно, он подошел к московским границам со стороны реки Угры, чтоб получить литовскую помощь; но помощь эта не приходила; великий князь Иоанн, будучи чрезвычайно осторожен, не давал битвы татарам, и те, прождавши до половины ноября, когда начались лютые морозы, ушли назад в свои степи, где Ахмат погиб в междоусобии, а сыновья его были добиты крымцами. И, таким образом, Золотая Орда, куда так долго наши князья ездили с поклонами и дарами, разрушилась окончательно. Ссоры между ханами обещали и Казани скорое падение: в 1487 году родные братья здесь перессорились, и один из них, Магмет-Аминь, приехал в Москву просить великого князя о помощи; Иоанн послал войско под Казань и посадил в ней ханом Магмет-Аминя, который за это признал над собою верховную власть великого князя.