Другим проблемным сопредседателем для Совета муфтиев России неожиданно стал председатель ДУМ Нижнего Новгорода и Нижегородской области Умар Идрисов, который все сильнее подпадал под влияние своего молодого заместителя Дамира Мухетдинова. В ноябре – декабре 2005 года на официальном сайте его муфтията появилось несколько статей с резкой критикой нового государственного праздника – Дня народного единства, инициатива по введению которого была поддержана Советом муфтиев России. В материале «О необходимости выхода мусульманских организаций из Межрелигиозного совета России» муфтий Равиль Гайнутдин прямо обвинялся в предательстве мусульманских интересов и некомпетентности.
«В том, что день почитания списка иконы стал государственным праздником, видится огромная «заслуга» прежде всего не столько идеологов РПЦ, сколько некомпетентных участников Межрелигиозного Совета России», – утверждал анонимный идеолог Нижегородского муфтията. Впоследствии отношения Умара Идрисова с Равилем Гайнутдина ухудшились еще сильнее, став откровенно враждебными.
Свою посильную лепту в развал Совета муфтиев вносили и активисты Российского исламского наследия. 5 декабря 2005 года на сайте Вячеслава-Али Полосина появилась подборка мнений ряда мусульманских деятелей, которые требовали убрать христианскую символику с Герба России. Причины, по которым верховный муфтий Нафигулла Аширов, карельский муфтий Висам Бардвил и первый заместитель муфтия Нижегородской области Дамир Мухетдинов заметили на гербе кресты и святого Георгия Победоносца только через пять лет после его утверждения Государственной Думой, так и остались неизвестными, однако резонанс их высказывания вызвали самый широкий.
Дискуссия об изменение герба быстро переросла в скандал, в котором все ведущие СМИ подвергли резкой критике «гербофобов». Не менее резкие заявления сделали представители Русской Православной Церкви, ЦДУМ и КЦМСК, иудейских и буддийских центров. Муфтий Равиль Гайнутдин был приглашен в Администрацию Президента, где ему напомнили о недопустимости подобных выступлений и настоятельно рекомендовали денонсировать сделанные его соратниками заявления. На следующий день московский муфтий заявил, что «мы живем в светском государстве и уважаем государственную символику Российской Федерации, принятую Государственной Думой и утвержденную президентом России», однако его сопредседатели остались при своем мнении. И Аширов, и Бардвил, и Полосин, и солидаризировавшийся с ними муфтий Пензенской области Аббас Бибарсов продолжали настаивать на изменении герба, поскольку были прекрасно осведомлены о реальных границах полномочий Равиля Гайнутдина.
Через месяц после «гербового» скандала его инициаторы спровоцировали новую резкую дискуссию, предложив узаконить в России многоженство. Ее отправной точкой стало предложение и.о. премьера чеченского правительства Рамзана Кадырова о легализации полигамии в его родной республике. Идеи Кадырова нашли самое горячее понимание у Нафигуллы Аширова и его единомышленников, которые моментально развили эту мысль. В интервью «Интерфаксу» верховный муфтий азиатской части России с гордостью сообщил, что до 10% российских муфтиев имеют более одной жены, а саратовский имам Мукаддас Бибарсов прямо заявил, что живет с двумя женами и нормы Семейного кодекса для него значения не имеют. Не остался в стороне от дискуссии и Вячеслав-Али Полосин, заявивший, что «моногамия, возведенная в ранг государственного закона и обязательная для всех граждан любого мировоззрения, является продуктом христианского клерикализма и атавизмом средневекового тоталитарного государства». Наученный горьким опытом Равиль Гайнутдин уже не пытался опровергать прозвучавшие заявления, намекнув, правда, что лично он к изменению закона не призывает. Помимо отношения к гербу и полигамии мнения лидеров Совета муфтиев России расходились и по другим принципиальным вопросам. Несмотря на резкие выпады Совета организации против введения в школах «Основ православной культуры» (ОПК), ее сопредседатели Исмаил Шангареев и Висам Бардвил солидаризировались с позицией Русской Православной Церкви. ДУМ Нижнего Новгорода и Нижегородской области поддержало введение института военного духовенства, против которого также выступал Совет муфтиев, а первый заместитель муфтия Татарстан Валиулла Якупов демонстративно похвалил ненавистную Равилю Гайнутдину книгу «Новейшая история исламского сообщества России». Периодически напоминал о своей независимости от Гайнутдина и саратовский имам Мукаддас Бибарсов. Так, после предложения Мансура Шакирова, заместителя председателя Совета муфтиев России, усилить безопасность российских мечетей, пресс-секретарь ДУМ Поволжья назвал подобную инициативу «попыткой вторжения в личную жизнь мусульманина, и вследствие этого – контроля над деятельностью исламской общины в целом. От имени ДУМ Поволжья Ахмед Махметов отметил, что Шакиров не является заместителем председателя Совета муфтиев России. ДУМ Поволжья осудил ставшую чуть ли не модной среди чиновников от Ислама практику делать заявления для пиара собственных персон, чтобы попасть на страницы газет и Интернет-сайтов. Кроме того, Ахмед Махметов подчеркнул, что у Шакирова нет полномочий для приказа оборудовать мечети приборами слежения за верующими. Он предложил Мансуру Шакирову оборудовать камерой видеонаблюдения собственный дом, если тот опасается за свою безопасность». Помимо внутренних раздоров положение Совета муфтиев осложнялось также переоценкой его деятельности со стороны внешних сил. Скандальная и непоследовательная политика этой организации, особенно ярко проявившаяся в истории с гербом, вызывала недоумение госструктур, которые все чаще задавались вопросом: от чьего имени может выступать Равиль Гайнутдин, если он не контролирует даже собственных заместителей и советников? Можно ли рассчитывать на Совет муфтиев в критической ситуации, если его руководство то требует изменить действующее законодательство, то угрожает «цветными» революциями, то вообще защищает террористов?