Постоянные внешние войны и внутренние конфликты пагубно сказывались на делопроизводстве Совета муфтиев, которое велось крайне неаккуратно. Временами складывалось впечатление, что лидеры Совета даже приблизительно не представляют, сколько в него входят организаций и сколько духовных лидеров имеют право голоса на заседаниях меджлиса. К примеру, в переданном в Министерство юстиции списке членов Совета (по состоянию на середину 2002 года) можно насчитать около 20 грубых ошибок – как орфографических, так и фактических. Так, в числе учредителей Совета муфтиев указывалось ДУМ Республики Северная Осетия – Алания, представители которого не принимали участие в создании этой организации; среди членов Совета упоминались все северокавказские муфтияты, которые на самом деле входили в состав КЦМСК и неоднократно подчеркивали свою независимость от муфтия Равиля Гайнутдина; названные членами Совета ДУМ Поволжья и ДУМ Республики Чувашия не существовали в природе, а в ДУМах Мордовии и Ульяновской области были неправильно указаны фамилии председателей. Менее авторитетная организация за подобные упущения могла бы лишиться регистрации, и это обстоятельство было прекрасно известно недругам московского муфтия.
Помимо затянувшегося правления Равиля Гайнутдина и сомнительной деятельности его помощников, многих сопредседателей Совета смущали чересчур скромные успехи Московского муфтията. Несмотря на значительные финансовые вливания и режим наибольшего благоприятствования со стороны властей, ДУМЕР за 12 лет своего существования сумело построить лишь несколько скромных мечетей и создать карликовый Московский исламский университет, который не мог удовлетворить потребностей даже малочисленных общин Центральной России. В самой Москве по инициативе Равиля Гайнутдина не было построено ни одной мечети, зато целый ряд таких проектов был торпедирован именно по его настоянию. Дополнительно усугубляла ситуацию и начавшаяся в 2005 году реконструкция московской Соборной мечети, которая требовала значительных средств. Несмотря на заверения московского муфтия в том, что столичная умма превышает три миллиона человек и состоит преимущественно из обеспеченных людей, он ездил собирать деньги по всему миру и все равно не набиралнужной суммы. Финансовое положение Совета муфтиев стало резко ухудшаться и вскоре появились первые признаки банкротства его головной структуры ДУМЕР, которая не смогла вернуть беспроцентные займы на очень крупную сумму. Создавалось впечатление, что либо Равиль Гайнутдин не умеет привлекать средства, либо спонсоры ему просто не доверяют.
В период острого конфликта с ЦДУМ упомянутые проблемы отходили на второй план вследствие «военного положения», однако после одностороннего прекращения этого противостояния они снова приобрели актуальность. Прекрасно понимая, что Совет муфтиев России жизнеспособен только во время отражения внешних атак, идеологи этой структуры стали искать замену ЦДУМ, однако ни Русская Православная Церковь, ни КЦМСК, ни даже «сионистская закулиса» на эту роль определенно не подходили. И тогда раздиравшие Совет муфтиев противоречия начали выплескиваться наружу.
Первый раз это произошло летом 2005 года, когда прессслужба Совета муфтиев России денонсировала заявления сопредседателя Совета муфтия Исмаила Шангареева, который подверг резкой критике политику властей и намекнул, что в случае «цветной» революции ее организаторы смогут рассчитывать на его единоверцев. Особой любви к действующей власти у Исмаила Шангареева действительно не было – в сентябре 2004 года правоохранительные органы окончательно закрыли созданное им медресе «Аль-Фуркан» в Бугуруслане, а в марте 2005 года арестовали его брата Мансура, обвиненного в незаконном хранении оружия и разжигании религиозной розни. Весьма показательным здесь выглядело то, что удары, нанесенные по Исмаилу Шангарееву, вызвали у коллег не столько сочувствие, сколько злорадство – активно расширяющее свое жизненное пространство ДУМ «Ассоциация мечетей России» давно раздражало и саратовского муфтия Мукадасса Бибарсова, и казанского муфтия Гусмана Исхакова; и уфимского муфтия Нурмухаммада Нигматуллина.
