Иностранная помощь делилась на финансовую, гуманитарную, предполагавшую поставки религиозной литературы, оргтехники, издательского оборудования и даже продуктовых наборов, и опосредованную, позволявшую получать бесплатные путевки на хадж и умру, обучать студентов за счет зарубежных медресе и привилегированно участвовать в различных конференциях и семинарах. Наличие или отсутствие доступа к такой помощи поставило мусульманские организации в неравные стартовые условия, причем, как выяснилось по прошествии нескольких лет, в более выгодном положении оказались именно радикальные общины или даже целые муфтияты.
К 1999 году мусульманские структуры России окончательно определились со своими спонсорами. ЦДУМ старалось вести дела только с государственными турецкими структурами;центральный аппарат Совета Муфтиев России и ДУМЕР поддерживали особо тесные отношения с куветским комитетом мусульман Азии 809 саудовскими фондом «Ибрагим Бин Абдулазиз Аль Ибрагим», Лигой исламского мира (Всемирной исламской лигой) и Исламским банком развития; мусульмане Северного Кавказа, в особенности ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья, получали помощь от азербайджанского Высшего религиозного совета народов Кавказа; ДУМ РТ продолжало сотрудничать с организацией «Тайба» и смогло установить тесные контакты с государственными структурами Катара; ДУМАЧР и сблизившийся с ним ИКЦ России ориентировались на самый широкий круг спонсоров, в число которых попало даже правительство Ирана, спонсировавшее также некоторые проекты маргинального философа-шиита Гейдара Джемаля; братья Шангареевы заручились поддержкой саудовского муфтия Абдель Азиза Бин База и подконтрольных ему структур; сибирские духовные лидеры братья Шакирзяновы получали транши от пакистанского Всемирного исламского университета, а ДУМ Нижнего Новгорода и Нижегородской области вело дела с саудовским Исламским банком развития. Заметное финансирование из-за рубежа получали также Карельский муфтият и ДУМ РБ. Организация Исламской конференции, Международный гуманитарный призыв, Комиссия по научным знакам в Коране и Сунне, Исламское агентство помощи и спасения, Всемирная ассамблея исламской молодежи, Всемирный исламский конгресс, Всемирная организация «Исламский призыв» и пакистанский «Таблиг» работали со многими мусульманскими центрами, предпочитая, правда, оппозиционные ДУМЕС-ЦДУМ организации.
«Терроризм в России финансируют 60 исламских экс тремитских организаций, около ста коммерческих фирм за пределами РФ и 10 банковских групп». Эти данные привел заместитель начальника центра общественных связей ФСБ Николай Захаров в ходе «круглого стола» «Международный терроризм – взгляд из России», который был организован РИА «Новости» и Российским институтом культуры. Среди таких организаций назывались, в частности «АльХарамейн», «Исламик релиф», «Тайба», «Аль-Игаса», «Ассамблея мусульманской молодежи», «Организация исламского спасения Чечни», «Возрождение исламского наследия», «Общество социальных реформ», «Благотворительное общество Катара», «Общество исправления» и «Всемирная организация исламского спасения». О масштабах вкладываемых в боевиков денег можно судить по цифрам, приводимым в статье «Деньги едут на войну», опубликованной в журнале «Коммерсант-Власть».
«В Дагестане до последнего времени действовал филиал саудовского международного благотворительного общества «Катар». Летом 1999 года руководство «Катара» из зарубежных источников получило и передало боевикам, воевавшим в Ботлихском, Цумадинском и Новолакском районах республики, около полумиллиона долларов. В августе МВД Дагестана возбудило против главы фонда уголовное дело, обвинив его в мошенничестве.
Саудовские благотворительные организации «ХаятульИгаса» и «Исламский конгресс» собрали в Саудовской Аравии, Кувейте и ОАЭ несколько миллионов долларов и также переправили на Северный Кавказ. «Хаятуль-Игаса», или «Международная исламская организация спасения», штабквартира которой находится в городе Джидда в Саудовской Аравии, официально спонсирует исламские учебные заведения, ее миссионеры проповедуют по всему мира идеи ваххабизма. Однако деятельность организации этим не ограничивается. Ее представители воевали в Боснии, Афганистане, Таджикистане, Косово и Чечне.