Вследствие сложной этнической ситуации в крае и трений между даргинцами, ногайцами и карачаевцам инициатором создания Ставропольского муфтията выступил Совет по экономической и общественной безопасности Ставропольского края. По его указанию 20 марта 1999 года в селе Канглы Минераловодского района была проведена встреча шести имамов из сел Кара-Тюбе, Канглы, Серноводское и Иргаклы, договорившихся провести учредительный съезд ДУМ Ставропольского края. По итогам этой встречи была образована инициативная группа по подготовке съезда, призвавшая все общины края включиться в процесс создания нового муфтията. Через два года, 27 августа 2001 года, в селе Новкус-Артезиан Нефтекумского района прошло учредительное собрание имамов Нефтекумского и Степновского районов края, на котором был сформирован Совет имамов Ставрополья и вновь поставлен вопрос о Ставропольском муфтияте. По совету властей имамы направили верховному муфтию Талгату Таджуддину обращение с просьбой создать Региональное ДУМ Ставропольского края в составе ЦДУМ, однако не получили положительного ответа.
К 2004 году Совет имамов Ставропольского края уже приобрел некоторый опыт самостоятельной работы и процесс сепарации ставропольской уммы вновь активизировался. 7 июля 2004 года в Ставрополе открылся учредительный съезд ДУМ Ставропольского края, однако благодаря вмешательству муфтия Исмаила Бердиева и обострившимся национальным противоречиям он не достиг поставленных целей.
Интересно отметить, что после съезда Бердиев направил письма на имя генерального прокурора РФ и губернатора Ставропольского края, в которых подчеркивал, что «подготовка к «съезду» проводилась не мусульманами, а местными, районными и краевыми органами государственной власти… которые закрыли заседание, увидев, что нужная им кандидатура не получает необходимого числа голосов».
Похожая ситуация сложилась и в Краснодарском крае.
При выделении адыгейской части края в самостоятельный субъект Федерации, реальная зона влияния ДУМ Республики Адыгея и Краснодарского края (ДУМ РАиКК) сузилась до границ Республики Адыгея и межрегиональный статус этого муфтията был поставлен под сомнение. Мусульманское сообщество Краснодарского края, так же, как и ставропольское, оказалось этнически неоднородным, что не позволило лишенному эффективной поддержки краевых властей Адыгейскому муфтияту установить контроль над всеми его общинами. Большинство татарских общин края предпочли ориентироваться сначала на Региональное ДУМ Ростовской области и юга России в составе ЦДУМ и ДУМ «Ассоциация мечетей», а затем и на ДУМЕР. Лидеры ДУМ РАиКК с пониманием отнеслись к сложившейся ситуации и не стали оспаривать присутствие в Краснодарском крае других мусульманских централизованных структур, однако отсутствие единого мусульманского центра в регионе продолжает создавать серьезные предпосылки для возникновения самостоятельного ДУМ Краснодарского края. Впрочем, краевые власти относятся к Адыгейскому муфтияту лояльно и не поощряют центробежные процессы.
«Административно-территориальные» расколы проявились и в пределах Поволжской уммы. Немалую роль в их возникновении сыграло решение пленума ДУМЕС об образовании 25 мухтасибатов – структур, представляющих средний уровень властной вертикали. Растущее в геометрической прогрессии количество общин действительно требовало кардинальной реформы управления, однако мухтасибатная реформа ДУМЕС привела в итоге не только к ужесточению иерархизации, но и к выделению из общей массы имамов относительно небольшой группы региональных лидеров – имам-мухтасибов и фактически заложила границы будущего раскола, совпавшие с границами мухтасибатов.
В 1992 и 1994 годах именно имам-мухтасибы стали лидерами новых муфтиятов. Для этого им было нужно только сменить духовное звание имам-мухтасиба на более высокое – муфтия. Все административные рычаги воздействия на свои общины они уже имели, а хорошие отношения с региональными властями гарантировали моральную поддержку и финансовую помощь.
Из духовных управлений Поволжской уммы от раздела регионов более всего пострадало ДУМ Тюменской области, в конце концов лишившееся контроля над общинами ХантыМансийского и Ямало-Ненецкого автономных округов. Следует отметить, что дополнительные расколы вызовет и укрупнение регионов, начавшееся в 2005 году.
