Основную поддержку ДУМ РБ оказали именно башкирские общины, в то время как большинство татарских осталось в юрисдикции ДУМЕС. В целом сценарий возникновения ДУМ РБ очень напоминал аналогичный процесс первых лет советской власти, что позволило его лидерам учесть ошибки своих предшественников. Председатель ДУМ РБ муфтий Нурмухаммед Нигматуллин постоянно подчеркивал, что его муфтият является республиканским, но ни в коем случае не национальным. В подтверждение бинационального (башкиро-татарского) статуса ДУМ РБ пост первого заместителя муфтия был негласно закреплен за татарином (первоначально первым заместителем работал Нафигулла Аширов, впоследствии его сменил брат главы ДУМ Поволжья Айюб Бибарсов).
Несмотря на заверения лидеров ДУМ РБ, процесс сепарации башкирского муфтията резко обострил татаро-башкирские противоречия в республике. К счастью, эти трения не распространились за ее пределы и немалая часть имамовбашкир поддержала Талгата Таджуддина в начавшемся внутримусульманском противостоянии. Со временем национальная составляющая в конфликте ДУМ РБ и ДУМЕС отошла на второй план и в 1994 году верховный муфтий Талгат Таджуддин создал в рамках ЦДУМ Региональное ДУМ Республики Башкортостан (Салаватский муфтият) во главе муфтием-башкиром Рамилем Насыровым, ориентированное на воссоединение с ЦДУМ башкирских общин. Эта структура просуществовала недолго, однако сам факт ее создания стал своеобразным символом преодоления татаро-башкирского конфликта. 27 сентября 2001 года в Челябинске прошло открытое судебное заседание по рассмотрению иска лидеров Челябинского казыята ДУМАЧР Салеха Абдель Рахмана Гази и Мухамеда Габидуллина о защите чести, достоинства и деловой репутации к редакции газеты «Возрождение Урала» за публикацию статьи председателя комитета Челябинской областной администрации по делам национальностей, религиозных и общественных организаций Хамзиной A.M. «Ваххабизм пришел на Урал?». Все факты, изложенные в статье, за исключением упоминания о причастности Салеха к поджогу одного из административных помещений Белой мечети, были признаны соответствующими действительности. В статье А.М. Хамзиной, в частности, приводилась следующая цитата из письма председателя Мусульманского религиозного общества при мечети Исмаигила: «Подначивая верующих из числа лиц башкирской национальности, Салех допускает заявления типа «Истинным мусульманином является только татарин (в другой аудитории с точностью до наоборот он говорит об истинности мусульманства башкир – примечание Хамзиной)».
По данному факту суд опросил трех свидетелей, подтвердивших его достоверность. Следовательно, в данном случае ревнитель «чистого» ислама Салех Абдель Рахман Гази сознательно разжигал рознь между татарами и башкирами, надеясь ослабить позиции Челябинского муфтията ЦДУМ, возглавляемого муфтием-башкиром Габдуллой Шакаевым. Особых последствий для межнациональных отношений в Челябинской области эта сторона деятельности Салеха не имела, однако сам факт использования ваххабитскими эмиссарами трений между различными этническими группами весьма примечателен.
Трения между татарами и казахами не имели столь фатальных последствий для единства исламского сообщества России, как татаро-башкирский конфликт, однако в ряде регионов именно они послужили одной из предпосылок раскола.
В 1989 году в Омске началось противостояние между региональным лидером ДУМЕС татарином Зулькарнаем Шакирзяновым и имамом одной из омских мечетей Ануарбеком Джунусовым. Вследствие недальновидной политики обеих конфликтующих сторон этот конфликт привел к расколу мусульманской общины области на татарский и казахский лагеря, а также к обособлению от Омского мухтасибата нескольких казахских мечетей. В июне 1997 года Зулькарнай Шакирзянов, ставший к этому времени муфтием и председателем ДУМ Сибири и Дальнего Востока – Омского муфтията, вышел из состава Совета муфтиев России и к октябрю того же года вступил в прямое противостояние с этой организацией. В 1998 году мусульманские общины Омской области подверглись экспансии входящего в Совет муфтиев ДУМАЧР. Вполне предсказуемо главным союзником Нафигуллы Аширова в регионе стал лидер казахской диаспоры Ануарбек Джунусов. Именно Джунусову было поручено возглавить Омский казыят ДУМАЧР, костяк которого составили казахские общины. Наименее изученным среди этнических предпосылок раскола является конфликт между двумя субэтническими группами татар – мишарями и казанскими татарами. Ряд исследователей считают, что данный конфликт восходит своими корнями ко временам Ивана Грозного, когда во время штурма Казани мишари выступили вместе с русскими против казанских татар. Ведущие лидеры татарского ислама Талгат Таджуддин и Равиль Гайнутдин являются казанскими татарами, что создает у мишарей чувство собственной ущемленности, особенно сильно проявляющейся на их исторических территориях – Московской, Рязанской и Нижегородской областях. Среди лидеров как Совета муфтиев России, так и ЦДУМ постоянно циркулируют слухи о возможном «мишарском перевороте». Эти слухи не получили отражения в прессе, однако сомневаться в их достоверности не приходится.
