Выступления противников Геккиева продолжались целый день и в итоге деморализованные дагестанские власти были вынуждены признать легитимность новых лидеров Северокавказского муфтията. Оппозиция официальному мусульмайскому духовенству одержала вторую знаковую победу, которая, как и задумывалось, быстро спровоцировала междоусобное противостояние. Наблюдавшие за смещением Геккиева делегаты из Чечено-Ингушетии, Кабардино-Балкарии и Ставропольского края были шокированы той легкостью, с которой заслуженного духовного лидера, олицетворявшего для них межэтнический характер ДУМСК, вышвырнули из своей резиденции. Им было хорошо известно, что большинство выдвинутых против председателя ДУМСК обвинений были надуманы и в действительности его моральный облик никаких нареканий не вызывал.
Трения между дагестанскими и недагестанскими мусульманами получили публичную огласку в середине октября 1989 года, когда в Махачкале открылся съезд мусульман Северного Кавказа, призванный избрать нового председателя ДУМСК.
Съезду предшествовали активные интриги Зайдуллы Алибекова, возомнившего себя лидером дагестанских мусульман. Вскоре после майской конференции он угрозами заставил Магомеда-Мухтара Бабатова стать исполняющим обязанности муфтия, однако сил таркинского имама хватило только на полтора месяца – 10 июля он сложил с себя все полномочия «по состоянию здоровья и в связи с семейными обстоятельствами» и поручил Совету ДУМСК подготовиться к съезду. В тот же день под председательством Алибекова было созвано экстренное заседание Совета алимов Северного Кавказа, на которое собралось около 60 делегатов из Дагестана и Чечено-Ингушской АССР. В ходе заседания Алибеков озвучил малоприемлемые для недагестанцев критерии, которым должен был соответствовать новый глава ДУМСК, чем еще более обострил межэтнические отношения. Таким образом, исход октябрьского съезда был предрешен. Все выдвинутые на пост муфтия кандидаты оказались дагестанцами и вскоре съезд свелся к жесткой полемике между представителями составляющих этот народ этническими группами. Делегаты от других северокавказских регионов оценили происходящее как откровенное ущемление своих интересов и уполномочили казыя Карачаево-Черкесии Ануарбека Абишева изложить общую точку зрения на сложившуюся проблему. Эта точка зрения сводилась к тому, что, коль скоро никаких шансов сохранить межэтнический баланс в ДУМСК нет, то и оставаться в этой структуре для недагестанцев бессмысленно. Поэтому Абишев, не ограничившись жесткой критикой алибековцев, заявил о намерении создать собственное, независимое духовное управление мусульман.
Это заявление положило конец прениям и подвело черту под историей ДУМСК. Новый председатель этой структуры так и не был выбран и уже через месяц на Северном Кавказе возник первый независимый от нее муфтият – ДУМ Кабардино-Балкарской Республики, который возглавил молодой кабардинский имам Шафиг Пшихачев. В декабре 1989 года было образовано также автономное ДУМ Чечено-Ингушской Республики во главе с чеченцем Шахидом Газабаевым.
Между тем дагестанское духовенство еще надеялось спасти ДУМСК. Назначенный на июльском Совете алимов исполняющим обязанности муфтия Абдулла Алигаджиев вскоре после съезда сложил с себя полномочия и назначил своим преемником имама села Новый Хушет Махачкалинского района Ахмеда Магомедова, которому была поручена подготовка нового съезда ДУМСК. Новый и.о. муфтия предпринял энергичные меры по восстановлению порядка и вскоре создал оргкомитет по проведению очередного съезда ДУМСК, во главе которого встал имам центральной махачкалинской мечети Багаутдин Исаев.
Последний съезд ДУМСК открылся в Махачкале 27 января 1990 года. На нем вновь проявилось соперничество основных народов Дагестана и связанное с этим желание дагестанских властей предрешить итоги голосования, исходя из собственных представлений об этническом паритете. В результате и.о. муфтия даргинец Ахмед Магомедов, имевший наилучшие шансы на успех, под давлением Хапсат Гамзатовой, главного куратора религиозных вопросов в Совете министров Дагестана, был вынужден снять свою кандидатуру. По итогам голосования 76 из 173 бюллетеней было подано за имама махачкалинской соборной мечети кумыка Багаутдина Исаева, который набрал большинство голосов и стал новым муфтием. Протеже дагестанского правительства аварец Абдулла Эльдарханов получил только 56 голосов. На съезде был также избран Совет алимов, места в котором пропорционально распределились между всеми мусульманскими народами республики. ДУМСК решением съезда было преобразовано в ДУМ Дагестана, что сократило зону его юрисдикции до границ этой республики. Глава «инициативной группы» Зайдулла Алибеков не получил ожидаемых должностей в новой структуре и вскоре перешел в оппозицию к своим бывшим союзникам. В настоящее время он имеет репутацию маргинального имама, видящего смысл своей жизни в бесконечной борьбе с любыми официальными структурами. Впрочем, истинным лидером «инициативной группы» был не он.
