Секретари обкомов, горкомов и райкомов КПСС стали практически полными хозяевами в пределах своих территорий, и эта руководящая элита страны перестала бояться неожиданного ареста. В результате главным образом этой реформы Хрущев мог рассчитывать теперь на полную поддержку со стороны секретарей обкомов партии, которые по существу и составляли большинство пленума ЦК КПСС. Отношения между ЦК КПСС и Правительством СССР стали примерно такими же, как и отношения между обкомом КПСС и исполкомом области. Директивы правительству шли от Хрущева, и Хрущев стал наиболее влиятельным лидером не только в партии, но и во всей стране.
Были ликвидированы существовавшие при органах безопасности внесудебные «Особые совещания» («тройки»), имевшие ранее полномочия выносить приговоры по всем делам, следствие по которым проходило в НКВД или в МГБ. Эти «Особые совещания» чаще всего не руководствовались никаким Уголовным кодексом. До 1953 года большинство обычных судов рассматривало лишь дела о бытовых, экономических и служебных преступлениях, дела о разводах, гражданские дела и т. д. Теперь они получали большие полномочия по всем делам. Но в 1953–1954 годах эти народные суды практически не были готовы рассматривать и выносить решения по политическим делам. Поэтому рабочие секции карательной машины, которая ранее непрерывно поставляла в лагеря десятки тысяч политических заключенных, были разъединены, и это почти сразу прекратило поток новых жертв по политическим обвинениям. За все время, пока Хрущев находился у власти, не было ни одного нового сколь-либо серьезного политического процесса. В провинции, в отдаленных районах, по указаниям теперь уже обкомов, а не по директивам из Москвы, какое-то количество арестов политического характера, несомненно, производилось, но это был результат инерции и местного произвола. Политический террор, как обычный метод управления, при Хрущеве заменили административные методы.
Но, с другой стороны, после быстрой расправы в 1953 году над наиболее близкими сотрудниками Берии и после суда над несколькими десятками генералов МГБ и МВД в 1954–1955 годах, каких-либо серьезных мер для наказания исполнителей и организаторов сталинского террора не было. Значительная часть кадровых офицеров МГБ была уволена на пенсию. Более молодые назначались в спецохрану секретных предприятий и научных учреждений, в отделы кадров и на другие должности. Это касалось и офицеров МГБ, уволенных в связи с ликвидацией лагерей для политических заключенных. Например, бывший министр КГБ Эстонской ССР Почай, виновный во многих репрессиях, был назначен Начальником отдела кадров Института научной информации Академии наук СССР; полковник МГБ, начальник концлагеря «Озерлаг» Евстигнеев – заместителем начальника Братской гидроэлектростанции. Это же было типично и для менее ответственных работников МГБ. Один из авторов книги работал с 1962 по 1969 год в Обнинске в Институте медицинской радиологии. Начальница отдела кадров в нем раньше была начальницей женской тюрьмы, заведующий «спецотделом» института – бывшим полковником МГБ, инспектором северных лагерей, заместитель директора по хозяйственной части – начальником охраны концлагеря в Калужской области.
«Секретный» доклад Хрущева на XX Съезде КПСС считается важнейшим событием политики прекращения сталинского террора и основой для реабилитации многих миллионов людей, еще томившихся в лагерях (или уже погибших). Но в 1953 году в связи с проведением следствия по делу Берии и его «сообщников» был подготовлен обширный секретный документ о преступлениях Берии и других руководителей системы НКВД – МГБ. Его читали только на закрытых заседаниях партийного актива (руководство обкомов, исполкомов, райкомов, республиканских ЦК КПСС и т. д.). Документ имел характер «закрытого» письма ЦК КПСС и был намного подробнее и обширнее чем «Обвинительное заключение», напечатанное в газетах. Хотя закрытое письмо касалось прежде всего преступлений Берии, Меркулова и других, по существу оно бросало очень большую тень и на Сталина, ибо вряд ли кто-нибудь мог серьезно поверить в то, что проводившиеся группой Берии репрессии против крупных деятелей партии, особенно в послевоенный период, не были одобрены Сталиным.