Ядро Президиума ЦК КПСС, состоявшее после ликвидации Берии из 9 членов, было по многим причинам против слишком радикальных политических реформ Хрущева. Они не имели реального представления о действительно катастрофическом положении в сельском хозяйстве, боялись кардинальных реорганизаций и совсем не были заинтересованы в выходе разоблачений прежних времен за пределы простой ликвидации «банды» Берии, представлявшей угрозу и для них самих. Кроме того, между Хрущевым и Маленковым существовали антагонистические личные отношения с 1949 года, а еще более острый конфликт между Хрущевым и Кагановичем начался с 1947 года. Молотов, как Председатель Совета Народных Комиссаров с 1930 по 1940 год и второй человек после Сталина в предвоенные годы, считал свое положение в партии после его смерти недостаточно влиятельным и препятствовал активному вмешательству Хрущева в работу Министерства иностранных дел. Ворошилов нес существенную долю ответственности за неподготовленность СССР к войне с Германией (тяжелейшие репрессии в армии в 1937–1938 годах происходили с одобрения наркома обороны), и он же нес часть ответственности за неудачное начало войны с Финляндией в 1939 году и за плохое руководство фронтами в 1941 году.
Сталин все же считал Хрущева достаточно преданным исполнителем и питал к нему какие-то симпатии. Поэтому он не спешил удалять его из Политбюро или из Президиума ЦК КПСС, несмотря на неоднократные попытки «разоблачить» Хрущева, главным образом со стороны Кагановича и Маленкова. Первая серьезная попытка такого рода была предпринята в марте 1947 года, когда Хрущев по обвинению в недостатке бдительности в борьбе с национализмом на Украине был отстранен с поста Первого секретаря ЦК КПУ и на этот пост был направлен из Москвы Каганович. Хрущев, бывший также и Председателем Совета министров УССР, сохранил эту должность, как и пост члена Политбюро, но на Украине, где он был до этого полным и достаточно популярным руководителем, он оказался в подчинении у Кагановича, которому поручалось навести порядок в республике. Назначение на Украину Кагановича было только частично связано с «национализмом» – считалось, что Каганович как еврей будет более беспощаден в ликвидации националистических тенденций. Он был направлен на Украину в основном в качестве «твердой руки» для ликвидации возможных беспорядков из-за угрозы голода, вызванного сильнейшей засухой 1946 года (наиболее сильной после засухи 1891 года). В 1932 году именно Украина больше всего пострадала от голода, вызванного неурожаем и коллективизацией. От него умерло около двух миллионов человек, и горькая память об этой трагедии еще была жива в памяти народа. Засуха 1945 года не вызвала столь драматических последствий, но случись 1947 год снова неурожайным, и голод на Украине мог бы принять столь же губительные масштабы. Принципиальным вопросом в политической борьбе между Кагановичем и Хрущевым стала дискуссия вокруг преимуществ яровой или озимой пшеницы для Украины, и Хрущев проявил достаточную твердость и смелость, хотя и рисковал собственным положением. В это послевоенное время, когда над странной нависла реальная угроза голода, именно сельскохозяйственная политика того или иного руководителя становилась особенно важна для его положения в партийной иерархии.
В феврале 1947 года специальный пленум ЦК по вопросам сельского хозяйства (по докладу А. А. Андреева) рекомендовал резкое расширение на Украине посевов яровой пшеницы за счет озимой. Эту рекомендацию поддерживал Президент Академии сельскохозяйственных наук Т. Д. Лысенко. Идея о преимуществах яровой пшеницы основывалась на чисто теоретических построениях травопольной системы земледелия, разработанной почвоведом В. Вильямсом в 1933–1938 годах и дополнявшей многие псевдонаучные идеи самого Т. Д. Лысенко. Хрущев отлично понимал недостатки и рискованный характер этого проекта для Украины, да и для крестьян озимая пшеница была более традиционной и надежной культурой, чем яровая. Яровую пшеницу сеяли на Украине главным образом в качестве резерва, когда из-за неблагоприятной зимы посевы озимой были сильно повреждены. В среднем же по Украине и по югу СССР вообще озимая пшеница была в 1,5–2 раза более урожайной и менее чувствительной к периодическим засухам. Как известно, озимая пшеница, высеваемая в начале осени, когда в почве достаточно влаги, успевает дать большую вегетативную массу, а весной, также при достаточной влажности почвы, быстро переходит к репродуктивному росту и созревает в середине лета. Летняя засуха, частая в южных районах, уже не оказывает существенного влияния на урожай озимой пшеницы, а более длинный в целом вегетационный период (с осени и до середины следующего лета) обеспечивает большую «кустистость» (число репродуктивных стеблей от одного семени) и больший урожай по отношению к массе использованных семян. Яровая пшеница дает более ценное «твердое» зерно с большим содержанием белка, но поскольку ее высевают только весной, то репродуктивное развитие начинается в середине лета, а созревание наступает в конце лета и летние засухи, даже слабые, резко снижают урожай. Более сильные засухи полностью губят посевы. Поэтому расширение на Украине именно яровой пшеницы в ущерб озимой было крайне рискованным и непопулярным мероприятием. Тем не менее Каганович настаивал на резком расширении яровых посевов, Т. Д. Лысенко обосновывал это мероприятие с «научной» точки зрения, и сельскохозяйственный отдел Госплана СССР (заведующий B. C. Дмитриев и его заместитель С. Ф. Демидов) требовали выполнения соответствующих плановых заданий посевов яровой пшеницы. Этот сельскохозяйственный спор быстро перерос в политический конфликт, и летом 1947 года стали распространяться слухи о том, что Хрущев смещен и с поста Председателя Совета министров УССР. Однако попытка Кагановича полностью устранить Хрущева оказалась неудачной, планировавшаяся расправа с «националистической» украинской интеллигенцией также не была успешной и прекратилась из-за опасения еще большего национализма. К тому же аппарат МГБ на Украине в значительной степени состоял из сторонников Хрущева, и Каганович, направленный в Киев из Москвы с министерского поста, не мог быстро создать на Украине достаточно влиятельного собственного круга доверенных лиц. Деятельности Кагановича мешало, по-видимому, и его еврейское происхождение, так как уже почти открыто поощрявшийся Сталиным после воины антисемитизм имел более традиционные корни именно на Украине, а не в центральной России. Каганович, кроме того, был крайне непопулярен на Украине с 1933 года, когда он был направлен туда и на Северный Кавказ для разгрома «национализма» и довольно безжалостно расправлялся с местной интеллигенцией. Умело используя эти тенденции, Хрущев сумел удержаться, а Каганович уже в конце 1947 года был снова отозван в Москву. После этого Хрущев вернул себе пост Первого секретаря КПУ. Вскоре на большой научной конференции украинских ученых и работников сельского хозяйства он получил полную поддержку обоснованной демонстрацией более высокой урожайности озимой пшеницы. Т. Д. Лысенко, чтобы избежать ответственности за неправильные рекомендации, опубликовал в «Правде» статью «Об агрономической теории В. Р. Вильямса», в которой отметил, что мнение Вильямса о преимуществах яровой пшеницы на Украине было ошибочным. Поскольку сам Вильямс умер еще в 1939 году, то вся ответственность легко могла быть взвалена на него.
