К концу марта в последней стадии дистрофии он был подобран «скорой помощью» и доставлен в больницу на Каменном острове. Замечательные врачи, сестры Пластинины и М. П. Семенова, сделали все, чтобы спасти его. Эти же врачи спустя некоторое время спасли от смерти Александру Васильевну, мать писателя.
А в это время дело его уже решилось, нелепая ошибка была исправлена, только узнал он об этом много позже. 6 июля 1942 года А. А. Фадеев вывез тяжелобольного Пантелеева на самолете в Москву. Несколько месяцев Алексей Иванович провел в санатории и в госпитале. Несмотря на слабое еще состояние здоровья, в это время он уже работал в полную силу: привел в порядок и обработал ленинградские записные книжки написал рассказы и повести «На ялике», «Долорес», «Костя», «Голос Суворова», «Маринка», «Первый подвиг», «Главный инженер», пьесы «Анечка» и «Ночные гости».
В апреле 1943 года Пантелеев подал заявление в ГлавПУРККА с просьбой призвать его в армию. Он был направлен в Военно-инженерное училище в Болшеве, затем служил в инженерных войсках, был редактором ежедневной батальонной газеты «Из траншей по врагу».
Осенью того же года его отозвали из армии в распоряжение ЦК ВЛКСМ. Некоторое время он работал в Военном отделе, потом его направили на работу в издательство «Молодая гвардия». Несколько лет он был членом редколлегии журналов «Дружные ребята» и «Мурзилка».
В январе 1944 года по командировке ЦК ВЛКСМ Пантелеев едет в Ленинград: это было время решающих боев, окончательного разгрома немецкой группировки.
И вот снова Ленинград, город, уде все «до спазмов в горле, до слез, до сердцебиения знакомо». Целых — и каких! — полтора года прошло со времени отъезда. «Хожу, хожу — и не могу насытиться, наглядеться, налюбоваться и — нагореваться». И казалось еще, целая жизнь прошла со дня приезда и до того лня, когда прозвучал салют в честь освобождения города от блокады. Не знаю, как описать и с чем сравнить мгновенье, когда на углу Ковенского и Знаменской толпа женщин — не одна, не две, а целая толпа женщин навзрыд зарыдала, кода мальчишки от чистого сердца — и также со слезами в голосе — закричали «ура», когда у меня у самого слезы неожиданно хлынули из глаз».
В 1947 году, отказавшись от предложения перебраться на постоянное жительство в Москву, Пантелеев в звании капитана запаса возвращается в родной Ленинград.
Так выглядела внешняя биография Пантелеева в годы Великой Отечественной войны. Но за этим стояла большая жизнь писателя-патриота, подлинного ленинградца. Он не растерялся в труднейших условиях, в каких находился почти год блокады: не имея возможности печататься и оружием слова участвовать в непреклонной борьбе, которую вели писатели за свой город, он работал ежедневно, уверенный в необходимости этой работы, убежденный, что об этих днях человечество должно будет узнать — и узнать всю правду. Потому и писалось ему «легко, как никогда легко и свободно». Вот декабрьская запись 1941 года:
«Сил нет, а тянет писать, работать. Сознание, как никогда, ясное… у стола моего до сих пор висит приколотый кнопками, начертанный еще в позапрошлом году девиз: «Nulla dies sine linea!». Плакатик закоптел, съежился, еле виден при свете коптилки, но — живет, вызывает, требует. Требует записывать то, что происходит вокруг, сегодняшнее, сиюминутное, писать правду и только правду (эти события лжи не потерпят…)».
В Музее истории Ленинграда хранится множество дневников времен блокады: обессиленные люди, не бравшиеся, быть может, никогда раньше за перо, считали себя обязанными запечатлеть по возможности дни и часы своей жизни, убежденный в том, что пережитое ими должно стать достоянием человечества и что дневник будет в этом смысле самым достоверным документом. Форма дневника, к которой стихийно обратились сотни никогда не писавших людей, оказалась близкой и многим литераторам. Не случайно одно из лучших произведений о блокаде получило название «Февральский дневник» (О. Берггольц), широко известны относящиеся к Ленинграду дневники военных лет Веры Инбер «Почти три года», Вс. Вишневского.