В структуре ХАД помимо стандартных отделов: разведки, контрразведки, оперативного, борьбы с бандитизмом, транспортной безопасности, специальных операций — существовал особый 7-й отдел (борьбы с контрреволюцией), возглавляемый Тафиком. Тайными операциями против моджахедов внутри Афганистана и за границей занимались также оперативный отдел (отдел № 5) во главе с Садыком и отдел внешней разведки во главе с Рашидом. Они отвечали за заброску агентов в афганские диаспоры Пакистана, Ирана, Индии, Европы и за карательные походы по стране спецназа ХАД и «оперативного полка ХАД».
Несколько удачных ликвидаций обезглавили моджахедов Исламского общества и Исламской партии (ИПА) в некоторых провинциях. Не останавливались и перед убийствами по другую сторону границы. В 1984 г. внедренный в Исламское общество тайный агент ХАД из отдела № 7 на пакистанской территории взорвал командира моджахедов Забиулло.
Часто убийцы-камикадзе из спецслужб взрывали себя вместе с противниками. По рассказам бежавшего после падения ДРА в Европу офицера ХАД Вахидуллы, готовили покушение со взрывом смертника на легендарного Шах-Масуда. Тот же Вахидулла рассказал об убийстве пакистанского доктора Эльмара, связанного с моджахедами, и о сотруднице ХАД, взорвавшей вместе с собой десяток полевых командиров оппозиции на совещании в пакистанском Пешаваре, где она под видом служанки разливала чай. Вахидулла признавал, что в такие «живые бомбы» ХАД вербовал и среди несовершеннолетних афганцев.
Отдельный спецназ ХАД, базировавшийся в Пагмане, специализировался на подобных методах войны. Его создавал, а затем долгое время курировал некто Бек (под этим именем выступал штатный инструктор КГБ Абдуллаев, киргиз по национальности).
В 1983 г. командир спецназа ХАД Башир в ходе рейда в тыл моджахедов попал в плен и был жестоко убит, сменивший его Бадам, по воспоминаниям Абдуллаева, в 1986 г. обвинен в работе на моджахедов; его расстреляли в тюрьме ХАД Пули-Чахри.
К 1986 г. не справлявшегося с ситуацией Кармаля афганские коммунисты по совету Москвы заменили Наджибуллой. Как и все главы государств, пришедшие на этот пост после руководства разведкой, Наджибулла не оставлял свои спецслужбы без личной опеки. Во главе ХАД он поставил Камеля, а затем еще более преданного Якуби, которого афганцы называли «цепным псом Наджиба», а во главе отдела ХАД по своей охране, по примеру Амина, — родного брата Ахмеди. Лишившись в 1989 г. поддержки выведенной из Афганистана Советской Армии, а также почти всех инструкторов КГБ — ГРУ, Наджибулла благодаря верным ему армии и ХАД продержался у власти до 1992 г. Он попытался провести некоторые реформы внутри спецслужб, особенно после того, как к моджахедам перебежали министр обороны Танай и начальник Разведуправления армии Халиль. ХАД в последние два года своей деятельности именовалось ВАД (Отдел госбезопасности), что мало изменило характер его работы.
Падение Наджибуллы стало в 1992 г. катастрофой для бойцов ХАД и военных разведчиков. Последний шеф ХАД Якуби застрелился в окруженном моджахедами Кабуле, сотни хадовцев были убиты исламистами после взятия столицы. Некоторые из них успели перебраться в Россию (Сепахи, Фарух, Омар, Мохаммад, экс-начальник КАМ Сарбари, бывший сотрудник ХАД и затем глава МВД Ватанджар и др.). Торгуя на московских и сибирских рынках вместе с другими «бывшими», они зарабатывали свой хлеб на чужбине. Другие, как Вахидулла или Моманд, бежали в Европу. Экс-начальник ХАД Камель и начальник кабульского управления ХАД Ходжа скрылись в Индии. Были и такие, кто перешел на службу моджахедам Шах-Масуда или в разведку узбекского генерала Дустума. Сам Наджибулла укрылся в миссии ООН в Кабуле, но в 1996 г. при взятии столицы талибами его вместе с братом Ахмеди схватили и после пыток повесили на кабульской площади. Смерть Наджиба подвела черту под историей социалистического эксперимента в Афганистане.
С захватом власти моджахедами в 1992 г. гражданская война не прекратилась, начались бои разных партий джихада. Многие из них, еще находясь в оппозиции, создали свои разведывательные органы. Лучшей разведкой считалась секретная служба партии Хекматиара «Сакхар» («Лучшие слуги Аллаха»), основанная с помощью пакистанской разведки в 1982 г. и занимавшаяся сбором разведданных, диверсиями против советских войск и Царандоя, ликвидацией активистов НДПА на местах. В 1992 г. моджахеды формально создали единое правительство президента Бурханудцина Раббани, Хекматиар стал премьер-министром, а знаменитый «лев Пандшера» Шах-Масуд — министром обороны. Но новые хозяева страны не распускали свои вооруженные отряды, воюя друг с другом, с шиитами, фанатиками «Талибана» и узбеками бывшего наджибовского генерала Дустума. По сути, их спецслужбы, как и у боснийцев, в условиях войны не сумели сформироваться в нечто постоянное и цельное. Хотя при Раббани в 1992–1996 гг. действовала Исламская служба безопасности во главе с Абдулхаком, убитым позднее в боях с талибами, и Военная разведка во главе с генералом Фахимом, костяк которой составили бывшие сотрудники подпольной «Сакхар» и других моджахедских разведок.
