Первый открытый расстрел был произведен 3 ноября 1918 года, в три часа дня, во дворе тюрьмы. В этот день интервенты расстреляли Степана Николаевича Ларионова и пять товарищей из его красноармейского отряда. Во время расстрела Ларионова всех заключенных тюрьмы выстроили по камерам и под угрозой расстрела приказали не расходиться до свистка.
Как разбойники с большой дороги, которые связывают себя общим участием в убийствах, интервенты поручили расстрел сводному отряду англичан, американцев, французов и итальянцев. Итальянские солдаты, узнав для чего их вызвали, отказались расстреливать осужденных.
Перед расстрелом Степану Ларионову и его товарищам предложили завязать глаза. Товарищ Ларионов гордо, с презрением ответил предлагавшему: «Если тебе стыдно, закрой свои глаза, а мы сумеем умереть с открытыми глазами!» После двух залпов красноармейцы упали, тяжело раненый Ларионов продолжал стоять. Выстрелом в упор было покончено и с ним. Так погиб пламенный большевик, агитатор, организатор Красной гвардии Архангельска, командир красноармейского отряда Степан Ларионов.
Впоследствии массовые расстрелы стали обычным явлением. Но прежде чем покончить с обреченными, палачи подвергали их мучительным пыткам. Чтобы продлить предсмертные мучения своих жертв, палачи сбрасывали в могилу больных или недобитых в момент расстрела и зарывали их живыми.
Свидетель из числа заключенных, привлекавшихся к обязанностям могильщика, рассказывал суду:
«Затем последовал расстрел, и надзиратели потащили нас закапывать могилу. Закапывая, мы слышали голос:
— Товарищи! Я знаю, кто нас закапывает… Ведь я еще живой!»
В апреле 1919 года расстреляли пять пленных красноармейцев. Один из них был брошен в могилу живым и зарыт вместе с убитыми.
Командира ледокола «Святогор» Н. А. Дрейера, больного настолько, что он не мог ни ходить, ни стоять, к месту казни доставили на носилках и расстреливали привязанным к столбу.
Осужденные на казнь встречали смерть с высоким, благородным мужеством и непоколебимой верой в правоту дела большевистской партии и Советской власти.
Председатель судового комитета ледокола «Святогор» военный моряк Александр Терехин, когда его повели на расстрел, бросил тюремщикам: «За мою голову сотни ваших слетят!» Терехина вернули в камеру смертников и расстреляли только через неделю.
На 12 августа 1919 года в губернской тюрьме, ее отделениях (в подвалах таможни и на Кегострове) содержалось восемьсот семьдесят шесть заключенных. Кроме того в Архангельске и его окрестностях наравне с заключенными содержалось свыше двух тысяч пленных красноармейцев и более тысячи белогвардейских солдат, отказавшихся служить интервентам. Такой состав заключенных вызывал у интервентов и белых серьезную тревогу. Летом 1919 года по всем участкам их фронта прокатилась волна восстаний. На Онеге восстал и влился в Красную Армию целый полк белых. С восстаниями на фронте могло слиться восстание в тылу.
13 августа 1919 года при главнокомандующем белогвардейскими формированиями области с участием представителя разведывательного отдела интервентов состоялось «совещание об очищении Архангельска и его окрестностей от опасных и неблагонадежных элементов». Для разгрузки архангельских тюрем совещание решило пополнить Мудьюгскую каторжную тюрьму на восемьсот заключенных и для двух тысяч заключенных открыть тюрьмы на островах Анзерском и Кондо в Онежском заливе Белого моря.
При обсуждении вопроса, как поступить с военно-пленными и отказавшимися служить интервентам солдатами белой армии, представитель интервентов довел до сведения собравшихся, что этот вопрос уже решен, что сортировка солдат и военнопленных будет произведена союзным разведывательным отделом (контрразведкой интервентов). Подчеркивая холуйскую зависимость от интервентов, совещание писало в своих решениях: «Просить союзный разведывательный отдел… Просить Главнокомандующего английским экспедиционным корпусом…»
Вспыхнувшее через месяц восстание и побег каторжан с Мудьюга изменили намеченные совещанием мероприятия. Новая, еще более жуткая ссыльно-каторжная тюрьма была открыта за полярным кругом, на Мурманском побережье Ледовитого океана, в заброшенном становище Иоканьга.
