Непоколебимый Махфуз, одержимый тем же патриотизмом, что и его наставник Мусса, продолжил свой труд на писательском поприще еще двумя новеллами на тему эры фараонов: «Радубис» («Радопис Нубийская», 1943) и «Кифа Тиба» («Война и Фивы», 1944) и небольшими рассказами о Древнем Египте. Некоторые из них, в частности названные выше и такие, как «Пробуждение мумии» («Ягзат эль-мумийя», 1939), он использовал в качестве средств для критики текущих социальных и политических проблем под завесой исторической правдоподобности. Вдохновляясь романами Вальтера Скотта, он, по его же словам, намеревался создать серию из сорока новелл, которая вобрала бы в себя всю историю Древнего Египта. Хотя он и получил свою первую литературную награду за «Радописа Нубийской», а общественное признание — за «Войну и Фивы», ни одно из трех произведений Махфуза о фараонах не имело коммерческого успеха. Почему-то большинство критиков отзывались о них не слишком лестно. Может быть, то, что происходило в мире в те годы, волновало людей гораздо больше, чем дела давно минувших эпох.
Самым признанным из арабских писателей-романистов Нагиб Махфуз стал благодаря легендарной каирской трилогии — Прогулка во дворце», «Дворец страсти» и «Сахарная улица», события в которой главным образом развиваются в Гамалийе и Абазии во временном периоде между двумя мировыми войнами, за которую он 1957 году получил государственную премию. Два года спустя воинствующие шейхи-исламисты организовали массовые марши протеста против его следующего романа «Авлад харатина» («Дети переулка») — аллегории восхождения человечества и его конфронтации с тиранией со времен сотворения мира и до наших дней. Роман публиковался в ежедневной каирской газете «Аль-Ахрам». Отдельной книгой в своей стране этот роман так и не вышел, был запрещен. (В октябре 1994 года религиозный фанатик дважды ударил ножом Махфуза в шею из-за того, что он не раскаялся за написание этого романа. Это нападение едва стоило писателю жизни, и он замолчал на четыре с лишним года.) Потом будучи государственным служащим сначала в Министерстве религиозных дел, а затем работая в Министерстве культуры (до отставки в 1971 году), Махфуз тем не менее написал около шестидесяти художественных произведений, большей частью о Каире XX века. За семьдесят лет писательской жизни он перешел от жесткого реализма к различным формам аллегории, ведь именно аллегорически, иносказательно можно было описывать так называемые сны пробуждения, которые с блеском дают отпор критикам и фанатикам разного толка. Историк, исследователь, писатель, переводчик — Махфуз и сегодня безусловно превосходит многих своих коллег соотечественников.
Одновременная публикация трех ранних «фараоновых романов» Махфуза на английском языке, приуроченная к девяносто второму дню его рождения, исправила несправедливость по отношению к египетскому писателю. Издательство Американского университета в Каире начало публикации в 1998 году. Первым был выпущен в свет роман «Эль-Аииш фи-ль-хакика» («Эхнатон: живущий в истине», написан в 1985 году). Затем последовало издание сборника рассказов «Голоса с другой стороны: истории Древнего Египта». Осталась неопубликованной лишь одна его работа: роман-диалог (1983) «Амама эль-аарш» («Перед троном»), в котором многие властители нации египтян — от Мины (основатель I династии) до Анвара Садата — оказываются на суде Озириса, в соответствии с древними египетскими верованиями определявшего судьбу умерших.
Махфуз прочел очень много трудов по египтологии, чтобы использовать полученные знания в своей работе, но литературный вымысел ценил больше, нежели абсолютное соответствие описываемому времени. Например, в «Мудрости Хеопса (Хуфу)» египтяне используют лошадей и колесные повозки, хотя известно, что они появились в Египте спустя тысячелетие. Вряд ли также найдутся какие-либо свидетельства тому, что художники, жившие при Хеопсе, арендовали изостудии, либо вывешивали на папирусах рекламу своих творений, либо исполняли миниатюрные портреты, которые можно было спрятать в складках одежды. Находясь под огромным влиянием древнегреческих философов, а также работ Геродота и Страбона, Махфуз использовал эллинские названия (некоторые у него переиначены на египетский лад) и даже приписал Хеопсу мудрые мысли Платона о царе-философе. Сохранив мифические элементы из старинной сказки, вдохновившей его на написание романа, Махфуз желал, чтобы читатели смогли вообразить, пусть и с явными несоответствиями, среду, богатую смешением реальных поверий, мест и учреждений Древнего Египта. Ему удалось вдохнуть в фараона душу, как и в других персонажей романа.