Все было, однако, не так уж простенько, как описано у супругов Сванидзе. Поначалу у Путина никаких определенных планов относительно Медведева, видимо, не было. После первого разговора с ним он сказал: «Ему вроде бы нравится работать в нашей команде, а где конкретно — посмотрим». Реально события развивались так. Перед переездом в Москву в конце 1999 года Медведев вышел из числа официальных учредителей и бенефициаров всех коммерческих предприятий (кому и как передал он свои акции, не сообщалось). 9 ноября 1999 он был назначен заместителем Дмитрия Козака. 31 декабря 1999 года в связи с досрочным уходом президента России Б.Ельцина в отставку и. о. президента РФ был назначен Владимир Путин. В тот же день он определил состав своей администрации. Руководителем ее при Ельцине с 19 марта 1999 г. был А. С. Волошин, человек Березовского и В. Юмашева, зятя Ельцина. У него были очень сильные позиции в «Семье», и Путин оставил его на прежнем месте. Однако ему в заместители он поставил Игоря Сечина, своего зама по КВС в Питере и коллегу по КГБ. Другим замом Волошина в тот же день 31 декабря 1999 указом Путина был назначен Медведев.
В январе 2000 года впервые сообщили, что Медведев станет руководителем избирательной кампании В. Путина. 15 февраля 2000 он действительно возглавил его предвыборный штаб. Когда Путин победил на выборах 26 марта 2000 года, а 7 мая вступил в должность Президента России, Медведев был назначен первым заместителем руководителя Администрации Президента РФ. Сечин также сохранил свою должность в его администрации. Уже в июне 2000 года Путин перебрасывает еще одного своего человека в «помощь» Волошину на должность его заместителя — руководителя аппарата Правительства РФ Дмитрия Козака. Волошина, таким образом, обложили со всех сторон верными Путину питерцами. Он возглавлял президентскую администрацию вплоть до 30 октября 2003 года.
В этот период Путин блистательно провел операцию по отстранению от управления государством и от государственной кормушки всех, кто входил в ельцинскую «Семью», а главное, за что ему можно было бы простить все его неприглядные дела в собчаковском КВС, — попытался добиться невмешательства олигархов в государственные дела и не позволить им продать на Запад основные ресурсы газово-нефтяной отрасли и другие богатства России. Для этого Путин внедрил на руководящие посты в этой отрасли все тех же своих питерцев. 30 июня 2000 на годовом собрании акционеров ОАО «Газпром» Д. Медведев был избран председателем совета директоров компании вместо Виктора Черномырдина, которого отправили послом на Украину. Вскоре после этого Путин ввел в совет директоров «Роснефти» — на тот момент шестой по объему добычи нефти компании России — Игоря Сечина. 27 июля 2004 года он был избран председателем совета директоров «Роснефти».
То, что Волошин лоббировал интересы олигархов, было секретом Полишинеля. Он сыграл, в частности, не последнюю роль при продаже на залоговом аукционе за бесценок акций «Сибнефти». Волошин тогда возглавлял Федеральную фондовую корпорацию, где фактически стал агентом Березовского и Абрамовича. Их совместный бизнес 90-х годов стал предметом особого интереса правоохранительных органов, когда выяснилось, что конкурсные комиссии способствовали незаконному получению Б. Березовским и Р. Абрамовичем 85 проц. акций «Сибнефти», что нанесло крупный ущерб федеральному бюджету. Как выяснилось, и Ходорковский готовился продать ЮКОС, крупнейшую по тем временам нефтяную компанию России, Ротшильдам. Волошин же открыто поддерживал Ходорковского и других олигархов в их попытках окончательно захватить власть в стране, вернуть те позиции, которых они добились при Ельцине. Но именно этого и намерен был их лишить Путин. Драка была нешуточная.
Отставка этого «серого кардинала Кремля», как его называли, была сигналом всем олигархам, не только сбежавшему в Лондон Березовскому. Вторым сигналом стал арест руководителей ЮКОСа (сначала Лебедева, а затем Ходорковского). Этого было достаточно. «Семибанкирщина» кончилась. Но для олигархов это не было Версальским миром. Скорее было Брестским миром для чекистского клана.